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title: TFM Paula
tags: [tutorials, 16S rRNA, Estudiantes]

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# TFM Paula 
###### tags: `Estudiantes` `16S rRNA` `tutorials`
Para el pre-procesamiento y procesado de datos de 16S vamos a utilizar **Qiime2** (Quantitative Inside In Microbial Ecology), es un pipeline que integra todos los pasos y programas necesarios para ejecutar este tipo de análisis. Lo primero, es que te familiarices con los términos que utiliza qiime2 y los programas que vamos a usar, por lo que te recomiendo estas lecturas: 

- Corto y básico [qué es 16S.](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4828026/) 
- [Qiime2 paper](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20383131/) y [qiime2 conceptos básicos](https://docs.qiime2.org/2021.11/concepts/).
- [DADA2 paper](https://sci-hub.st/https://www.nature.com/articles/nmeth.3869) el programa que usaremos para crear las tablas de Amplicon Sequence Variants (ASV).

Qiime2 está diseñado para usarse en Linux, por lo que es importante que manejes la línea de comandos. [Aquí](https://drive.google.com/file/d/18g4uhlencY7GlcrxrYWtclnjK-z6BD2h/view?usp=sharing) hay un tutorial que tienes que descargar y abrir en tu ordenador donde te explica cosas básicas i.e: cómo crear directorios, y cómo usar la línea de comandos.

Posteriormente el análisis de datos lo llevaremos a cabo usando el paquete `phyloseq` de R. (Pero ésto lo vamos viendo más adelante :slightly_smiling_face:) 


### Instalación de Qiime2 

Qiime2 está diseñado para ejecutarse en Linux, si tu sistema operativo es diferente se puede instalar una máquina virtual donde ejecutar el programa. Dependiendo de tu sistema operativo de base hay varias opciones: 

Para trabajar con **Mac**

1. Instalar una máquina virtual [Virtual Box.](https://www.virtualbox.org/)
2. Seguir los pasos de instalación del qiime2 que están [aqui](https://docs.qiime2.org/2021.11/install/virtual/virtualbox/). 


Para trabajar con **Windows**: 

1. Instalar una máquina virtual. Puede ser [Linux subsystem for windows](https://docs.microsoft.com/en-us/windows/wsl/install) si no Docker o [Virtual Box.](https://www.virtualbox.org/)
2. Seguir los pasos de instalción de qiime2 que están [aqui.](https://docs.qiime2.org/2021.11/install/virtual/virtualbox/)

### Tutoriales de Qiime2
Luego que lo tengas instalado, te recomiendo empezar con el tutorial de Moving Pictures of the microbiome, que utiliza datos de microbiota de 4 partes del cuerpo de dos individuos diferentes [(Link al tutorial)](https://docs.qiime2.org/2021.11/tutorials/moving-pictures/) Siguiendo la opción 1 para el control de calidad de las secuencias y la construcción de la tabla de ASV, es decir con DADA2.
Después hacer el de ["Atacama Soil"](https://docs.qiime2.org/2021.11/tutorials/atacama-soils/) ya que se usan datos de 16S Paired-End, como con los que vamos a trabajar. Y al hacer primero el otro éste te resultará más facil. 

A medida que vayas teniendo resultados me los puedes ir enseñado y vamos solucionando las dudas que puedan surgir. 

Por ahora creo que con esto tienes bastante! 

**Ánimo** :muscle:


