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# System prepended metadata

title: 'Laboratorio IV: Control de calidad secuencias con FastQC'
tags: [Laboratorio, Prácticas, Estudiantes, UAX]

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###### tags: `UAX` `Estudiantes` `Laboratorio` `Prácticas` `2024-2025`
# Laboratorio IV: Control de calidad secuencias de NGS con FastQC
 <font color = 'gray'>
    <p style="text-align:right;">Prof.: Laura J. Marcos-Zambrano </font>
   
**Objetivos:**
1. Comprender la importancia del control de calidad de secuencias.
2. Familiarizarse con FastQC.
3. Identificar problemas comunes en secuencias. 
4. Interpretar los resultados de FastQC y aprender a tomar decisiones basadas en el control de calidad. 

**Preparación:**
- Tener instaldo el programa FastQC (Y Java)
- Descargar los siguientes archivos: 
    - [reads_1](https://drive.google.com/file/d/1P2lY2ro8WptR-kKHXNLrgYEp-aoCsnAn/view?usp=drive_link)
    - [reads_2](https://drive.google.com/file/d/1wHZxQPo9HJ_YSbewiqGmKw45JUhGV2oB/view?usp=drive_link)
    - [reads_3](https://drive.google.com/file/d/1zOPfGSuQDP3uExv5NSXS1FUHp0NCNKpd/view?usp=sharing)
    - [Raw GBS](https://drive.google.com/file/d/1Cn_Ube12uFHwJQ4Er-7pJprZTlm2rsAS/view?usp=sharing)
    - [Clean GBS](https://drive.google.com/file/d/1m5TyaS6eHoYnLI3S4SLyqtb-tPt_r9FP/view?usp=sharing)
- Crear una carpeta llamada Laboratorio4 donde ubiques los archivos descargados. 
- Tener a mano el [Seminario de QC](https://hackmd.io/@laurichi13/BkGsLMQz6) (A partir de la Actividad 2) y la [ayuda](https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/Help/) de FastQC.

### Ejercicio:
Usando el programa FastQC analiza los archivos descargados. 
- Abre FastQC ve a "Open" y busca la carpeta de "Laboratorio3" con los archivos descargados. 
- Ve abriendo uno por uno los archivos. 
- Mira cada punto del informe generado por FastQC y en cada caso evalua la calidad general y los posibles problemas y causas.
- Determina cual sería el paso de pre-procesamiento a seguir en cada caso. *Ejemplos:* Utilizar un programa para eliminar primers/adapatadores, eliminar secuencias de baja calidad, repetir la secuenciación... 
- Investiga qué programas se suelen usar para continuar con el pre-procesamiento. 
- Los archivos **Raw GBS** y **Clean GBS** son la misma muestra antes (Raw GBS) y después (Clean GBS) de hacer el pre-procesamiento. ¿Qué cambia de una con respecto a la otra? 

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:memo: Deberás entregar un pdf con los resultados. Puedes hacer una tabla para cada archivo. Ejemplo:
![](https://hackmd.io/_uploads/HJohSR8MT.jpg)
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