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# Laboratorio IV: Control de calidad secuencias de NGS con FastQC
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<p style="text-align:right;">Prof.: Laura J. Marcos-Zambrano </font>

**Objetivos:**
1. Comprender la importancia del control de calidad de secuencias.
2. Familiarizarse con FastQC.
3. Identificar problemas comunes en secuencias.
4. Interpretar los resultados de FastQC y aprender a tomar decisiones basadas en el control de calidad.

**Preparación:**
- Tener instaldo el programa FastQC (Y Java)
- Descargar los siguientes archivos:
- [reads_1](https://drive.google.com/file/d/1P2lY2ro8WptR-kKHXNLrgYEp-aoCsnAn/view?usp=drive_link)
- [reads_2](https://drive.google.com/file/d/1wHZxQPo9HJ_YSbewiqGmKw45JUhGV2oB/view?usp=drive_link)
- [reads_3](https://drive.google.com/file/d/1zOPfGSuQDP3uExv5NSXS1FUHp0NCNKpd/view?usp=sharing)
- [Raw GBS](https://drive.google.com/file/d/1Cn_Ube12uFHwJQ4Er-7pJprZTlm2rsAS/view?usp=sharing)
- [Clean GBS](https://drive.google.com/file/d/1m5TyaS6eHoYnLI3S4SLyqtb-tPt_r9FP/view?usp=sharing)
- Crear una carpeta llamada Laboratorio4 donde ubiques los archivos descargados.
- Tener a mano el [Seminario de QC](https://hackmd.io/@laurichi13/BkGsLMQz6) (A partir de la Actividad 2) y la [ayuda](https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/Help/) de FastQC.

### Ejercicio:
Usando el programa FastQC analiza los archivos descargados.
- Abre FastQC ve a "Open" y busca la carpeta de "Laboratorio3" con los archivos descargados.
- Ve abriendo uno por uno los archivos.
- Mira cada punto del informe generado por FastQC y en cada caso evalua la calidad general y los posibles problemas y causas.
- Determina cual sería el paso de pre-procesamiento a seguir en cada caso. *Ejemplos:* Utilizar un programa para eliminar primers/adapatadores, eliminar secuencias de baja calidad, repetir la secuenciación...
- Investiga qué programas se suelen usar para continuar con el pre-procesamiento.
- Los archivos **Raw GBS** y **Clean GBS** son la misma muestra antes (Raw GBS) y después (Clean GBS) de hacer el pre-procesamiento. ¿Qué cambia de una con respecto a la otra?

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:memo: Deberás entregar un pdf con los resultados. Puedes hacer una tabla para cada archivo. Ejemplo:
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