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# RMarkdown e informes dinámicos:

En numerosas ocasiones, puede resultar muy útil presentar nuestros resultados en informes dinámicos que podemos construir en RStudio gracias a ficheros R Markdown, que usan la extensión .Rmd.

* Hacer click en la ventana sobre el editor el icono de nuevo e ir a "nuevo markdown"

* Seleccionatr el nombre y tipo de markdown que queremos hacer. (Poner nuestros datos, fechas y elegir .pdf)

* Ya tenemos nuestro markdown creado, ahora podemos escribir nuestros script
> Recuerda que los comentarios siempre van con "#" delante

En esta plantilla podemos distinguir las tres clases de elementos que componen un archivo Rmarkdown:

* La cabecera: como vemos, la plantilla comienza con una cabecera limitada por tres guiones (- - -) por encima y por debajo, donde figuran el título del documento, el autor, la fecha y el formato de salida (html en este caso). En esta cabecera se pueden incluir otras instrucciones para especificar otros formatos de salida, el aspecto de la salida (colores, tamaño de letra), etc.

* Los chunks: son las cajitas grises que contienen código R. Estas cajas están enmarcadas por tres acentos graves (```)al inicio y al final. En la primera linea de la caja, junto a los tres acentos y entre llaves se puede asignar un nombre a cada chunk, así como diversas opciones sobre el comportamiento del mismo. Así, por ejemplo, la opción echo=TRUE indica que el contenido de chunk se muestra en la salida, y echo=FALSE que no se muestra.

* El texto: se escribe directamente en el editor sobre el fondo blanco. Para dar formato al texto se usan una serie de marcas. Así por ejemplo, un hashtag (#) indica que el texto que viene a continuación es un título de primer nivel. Dos hashtags (##) indican un título de segundo nivel. Un texto que se encierre entre parejas de asteriscos (dos asteriscos delante y dos detrás) se muestra en negrilla. Un solo asterisco indica cursivas. En este enlace podemos ver un resumen en español del lenguaje markdown.

Cuando se procesa un documento Rmarkdown:

El texto se formatea de acuerdo con lo que especifican las marcas utilizadas en el mismo.
El código R se ejecuta y realiza los cálculos o gráficos especificados, que se incluyen en el documento de salida en la posición de los chunks correspondientes.

Para procesar el archivo Rmarkdown y generar el documento definitivo basta con hacer click en "knit" con el icono de una bola de tejer

Al finalizar ir a "Knit" y en la flechita poner knit to word


### Insertar un nuevo chunk:

Para insertar un nuevo chunk en nuestro documento Rmarkdown tenemos dos opciones:

Pinchar el icono  en la parte superior de la ventana de edición de Rstudio.

Pulsar Alt-Ctrl-I (en Windows y Linux) o Alt-Cmd-I en Mac

### Ejecución interactiva del código R:
Como hemos visto, al pinchar el botón knitr se procesa el documento completo. No obstante es posible, desde la misma ventana de edición de Rstudio, ir ejecutando el código R a medida que lo vamos introduciendo en los chunks. Tenemos varias opciones para ello:

* Para ejecutar una linea, basta poner el cursor sobre ella y pulsar Ctrl-Enter (en windows y linux), o Cmd-Enter (en Mac).

* Para ejecutar varias lineas, basta marcarlas con el ratón y pulsar también Ctrl-Enter (en windows y linux) o Cmd-Enter (en Mac)

* Para ejecutar el contenido completo de un chunk basta situar el ratón en cualquier lugar del chunk y pulsar Alt-Ctrl-C (en windows) o Alt-Cmd-Enter (en Mac). De modo alternativo, se puede pulsar el botón triangular verde  de la esquina superior derecha del chunk.

* En la parte superior de la ventana de edición de Rstudio se puede pulsar en el botón Run  que mostrará varias opciones: ejecutar una linea, varias lineas o el chunk completo.

## Opciones para Rmarkdown en Rstudio
En Rstudio al lado del botón knit hay una ruedecilla dentada:

que al pulsarla nos despliega un menú de opciones. Podemos elegir:

* Si los documentos procesados por knit en html se muestran en una ventana nueva (“Preview in Window”, es la opción por defecto), o en el panel lateral derecho dentro de Rstudio (“Preview in Viewer Pane”).

* Si los resultados de ejecutar los chunks de R interactivamente se muestran en la misma ventana de edición donde estamos escribiendo el código (opción Chunk Output Inline), o si se muestran en la consola de Rstudio (opción Chunk Output in Console)

* Pinchando en Output Options aparece el menú:


en el que podemos elegir si incluir o no una tabla de contenidos (índice de las distintas secciones del documento), el tipo de coloreado (highlightning) de la sintaxis de R, y el tema global del archivo resultante (el tema especifica el tipo de letra, su tamaño, los colores de los títulos, …)

## Más información sobre markdown:

* [Guía sobre Markdown.](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/)
* [Cheat sheet RMarkdown.](https://raw.githubusercontent.com/rstudio/cheatsheets/main/translations/spanish/rmarkdown_es.pdf)