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# System prepended metadata

title: 'Seminario III: BD bioinformáticas'
tags: [Estudiantes, UAX]

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###### tags: `UAX` `Estudiantes`
# Seminario III 
 <font color = 'gray'>
    <p style="text-align:right;">Prof.: Laura J. Marcos-Zambrano </font>

## Bases de datos Bioinformáticas

Antes de empezar la actividad, entra en la web del [NCBI](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) y [EMBL/EBI](https://www.ebi.ac.uk/) para conocerlas y ver el entorno. 

Encuentra las BD de taxonomía, literatura (PubMed), proteínas... Recuerda que ambas web son una base de datos de "bases de datos".  

### Actividad I: 

Busca el gen de AmpC de *Klebsiella pneumoniae* en la base de datos de [Nucléotidos del NCBI](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) y en la base de datos de [ENA del EMBL. ](https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home)
 
:::warning
:microscope: Las AmpC son serin-betalactamasas. Enzimas responsables de la resistencia a antibióticos betalactámicos. Por lo general son producidas por bacterias gram negativas entre ellas *Klebsiella pneumoniae*
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- De las secuencias encontradas en ambas bases de datos: ¿Los formatos son iguales? 
- Intenta  descargar  en  tu  ordenador,  en  un  fichero  de  texto,  alguna  de  estas secuencias en cualquiera de los formatos disponibles. ¿Será lo mismo almacenar la secuencia en un fichero de un editor de textos como el Bloc de notas o notepad (.txt) que en un fichero tipo Word?

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Puedes ver en estas páginas información sobre formatos de secuencias: 
http://emboss.sourceforge.net/docs/themes/SequenceFormats.html
http://bioperl.org/formats/sequence_formats/
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### Actividad II: 

Trabajas en una laboratorio de Biología molecular, te ha llegado para analizar una secuencia de parte del gen 16S RNA de un microorganismo aislado de una conocida marca de **chocolate** :chocolate_bar:. 

Descarga [aquí](https://drive.google.com/file/d/1i36ckg-Wh4EyYWMcWFxnYnYhnO0rnNo4/view?usp=sharing) la secuencia. 

:::warning 
:pushpin: El ARN ribosomal 16S (ARNr 16S o 16S rRNA) es el componente de la subunidad menor (30S) de los ribosomas procariotas. Los genes que lo codifican son conocidos como genes del ARNr 16S (16S rRNA), y se utilizan para la reconstrucción de filogenias debido a sus bajas tasas de evolución. **Se utilizan para la identificación bacteriana**. 
:::
- Utiliza la herramienta [BLAST.](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) 
- ¿A qué organismo pertence la secuencia? ¿Con qué nivel de certeza lo puedes decir? (:mag: Mira los porcentajes de identificación) 
- Utiliza bibliografía científica para darle un significado biológico a lo que acabas de encontrar (Usa la BD Pubmed para buscar la información). 

:::info
Para la búsqueda bibliográfica incluye palabras clave (la especie identificada, la fuente de aislamiento :chocolate_bar:), operadores booleanos y etiquetas (buscar en el título [TI]) para hacer la búsqueda bibliográfica y en un párrafo corto explica lo que has encontrado :wink:
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### Actividad III: 
Investigando a fondo el Fibrinógeno humano. 
:::warning
:syringe: El fibrinógeno o Factor I de la coagulación, es una proteína plasmática producida por el hígado. Es precursor de la fibrina una proteína fibrilar capaz de formar redes tridimensionales de vasos sangíneos, indispensable para la formación de los coágulos. 
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- ¿En qué BD podemos encontrar  **la  secuencia  que  codifica**  para  el fibrinógeno  humano? 
- Utilizando la BD NCBI (Nucleotide) haz una búsqueda para encontrar todas las secuencias nucleotídicas registradas en la BD que codifican para el fibrinógeno humano: 
    - ¿Cuántas  entradas  aparecen  después  de  una  búsqueda  simple  con  las palabras “human” y “fibrinogen”? (Utiliza el carácter booleano AND) 
    - ¿Qué tipo de moléculas hemos encontrado (DNA, mRNA, cDNA, etc)? 
    - ¿Son todas las secuencias encontradas humanas? ¿Por qué?, ¿En qué otras especies aparece?  
- Repite la búsqueda del gen del fibrinógeno humano pero en este caso haciendo  una  búsqueda  avanzada.  Para  ello  filtremos  la  búsqueda  solo  para  secuencias  estrictamente  de  origen  humano  [primary  organism  = Homo  sapiens].  Con  esta  estrategia  de  búsqueda,  ¿cuántas  entradas aparecen ahora en la base de datos de nucleótidos del NCBI? 
- Intente una nueva búsqueda avanzada teniendo en cuanta estos factores: 
    - Primary organism = Homo sapiens 
    - El fibrinógeno tiene tres pares de cadenas de polipéptidos (2 cadenas Aα, 2 Bβ y 2γ) cada  una  codificada  por  un  gen  diferente.  Nos centraremos  en  la  secuencia que  codifica  para  las cadenas gamma [protein name = fibrinogen gamma chain]. Con esta nueva estrategia de búsqueda: ¿Cuántas entradas aparecen ahora  en  la  base  de  datos  de  nucleótidos  del  NCBI?  ¿Cuál  es  la diferencia entre estas entradas en cuanto al origen de las secuencias? ¿Cuántas son mRNA?
- Utiliza la BD [Uniprot](https://www.uniprot.org/) para estudiar a fondo la proteína del Fibrinógeno humano. Repita la búsqueda refinada. 
    - ¿Qué información encuentra?
    - ¿Qué referencias cruzadas - con otras BD- aparecen? 
     
### Actividad IV: 
(No hay que entregar nada de esta actividad, es sólo por vuestra curiosidad :wink:)

Elige otra de las bases de datos que hemos visto en clase: 
![](https://i.imgur.com/ksmrYdY.jpg)

- Realiza búsquedas generales usando los operadores booleanos. 

:::info
:bulb: Ejemplos por si te quedas sin ideas: Buscar proteínas (insulina, hemoglobina, caseína), genes de resistencia bacterianos (blaA, sat3, AmpC), metabolitos (indol, cadaverina, butirato), vías metabólicas de lípidos, biosíntesis de colina...
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    <img src="https://i.imgur.com/zoLqVfj.png" width=20% height=20%>
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