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title: 'Seminario VII:'
tags: [Estudiantes, UAX]

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###### tags: `UAX` `Estudiantes`
# Seminario VII: 
 <font color = 'gray'>
    <p style="text-align:right;">Prof.: Laura J. Marcos-Zambrano </font>

## Tema 6: Introducción a las ómicas. 

### Uso de herramientas web para el análisis de metagenómica

1. Continuaremos con el análisis realizado en el [laboratorio 5](https://hackmd.io/@laurichi13/Bk3ERLYBs). Interpretando los datos :wink: 

* Con respecto a las gráficas de abundancia. 
    * ¿Hay diferencia en algun microorganismo a nivel de género, familia o phylum? ¿Son similares las gráficas?
    
* En cuanto a los resultados de diversidad. 
    * Tomando en cuenta lo visto en clase. ¿Qué significa el índice Chao1, Shanon y Simpson? 
    * ¿En que grupo hay mayor diversidad del microbioma, qué significa esto? 
    * ¿Qué vemos en el gráfico de Beta diversidad? 

* En el laborartorio hicimos un análisis diferencial de abundancia.¿Qué encontramos, esto como se puede relacionar con el experimento? 


### Análisis de enriquecimiento de taxones. 

A partir de una lista de microbios de interés estudiamos si hay enriquecimiento de taxones. 
Un "Taxón" se define en este caso como *grupos de microbios que tienen algo en común*. Por ejemplo: microbios que comparten los mismos rasgos fenotípicos, asociación con estilos de vida o bioquímica del huésped (como la forma, la motilidad, el requerimiento de oxígeno, la dieta, los alimentos, el IMC, etc.)


1. Selecciona el archivo "ibd_tsea_list.txt" descargado en el Laborartorio 5. (Lo puedes volver a descargar (https://www.microbiomeanalyst.ca/MicrobiomeAnalyst/resources/data/ibd_data.zip))
2. Vé a [microbiomeAnalyst](https://www.microbiomeanalyst.ca/) y selecciona "TAXON SET ANALYSIS"
3. Explora el enriquecimiento de "Host-intrinsic taxon sets". 


![](https://i.imgur.com/cDlwoAC.jpg)

Ejemplo de resultado: 

![](https://i.imgur.com/2SRxT9d.png)

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Utiliza la información obtenida para explicar mejor los posibles marcadores microbiológicos identificados relacionados con la Enfermedad de Crohn (CD) 
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