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# Seminario VII:
<font color = 'gray'>
<p style="text-align:right;">Prof.: Laura J. Marcos-Zambrano </font>

## Tema 6: Introducción a las ómicas.

### Uso de herramientas web para el análisis de metagenómica

1. Continuaremos con el análisis realizado en el [laboratorio 5](https://hackmd.io/@laurichi13/Bk3ERLYBs). Interpretando los datos :wink:

* Con respecto a las gráficas de abundancia.
* ¿Hay diferencia en algun microorganismo a nivel de género, familia o phylum? ¿Son similares las gráficas?

* En cuanto a los resultados de diversidad.
* Tomando en cuenta lo visto en clase. ¿Qué significa el índice Chao1, Shanon y Simpson?
* ¿En que grupo hay mayor diversidad del microbioma, qué significa esto?
* ¿Qué vemos en el gráfico de Beta diversidad?

* En el laborartorio hicimos un análisis diferencial de abundancia.¿Qué encontramos, esto como se puede relacionar con el experimento?

### Análisis de enriquecimiento de taxones.

A partir de una lista de microbios de interés estudiamos si hay enriquecimiento de taxones.
Un "Taxón" se define en este caso como *grupos de microbios que tienen algo en común*. Por ejemplo: microbios que comparten los mismos rasgos fenotípicos, asociación con estilos de vida o bioquímica del huésped (como la forma, la motilidad, el requerimiento de oxígeno, la dieta, los alimentos, el IMC, etc.)

1. Selecciona el archivo "ibd_tsea_list.txt" descargado en el Laborartorio 5. (Lo puedes volver a descargar (https://www.microbiomeanalyst.ca/MicrobiomeAnalyst/resources/data/ibd_data.zip))
2. Vé a [microbiomeAnalyst](https://www.microbiomeanalyst.ca/) y selecciona "TAXON SET ANALYSIS"
3. Explora el enriquecimiento de "Host-intrinsic taxon sets".


Ejemplo de resultado:


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Utiliza la información obtenida para explicar mejor los posibles marcadores microbiológicos identificados relacionados con la Enfermedad de Crohn (CD)
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