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# Seminario:
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<p style="text-align:right;">Prof.: Laura J. Marcos-Zambrano </font>

## Proteínas

Vamos a trabajar con la siguiente secuencia de proteína:

MHSITVVCISVVLALLLLLWMKISNLAGTSVRSDVLFVFAHPDDEAMFFTPLLHSLRTQRVTVHFLCLSNGNYAGMGKEREKELYASGAF
FGVQRRNIRVVDHADLQDGMCNIWSPLLIRREIESYMQKAGNISTIVTFDKYGVSGHPNHIAVHNGVRELKENMPPGILHLQLRTRSLL
WKYVGLLAVLPYALWSSTCVSRASFVAVIPPASVWESMAAMRKHAGQLVWFRYLFVIFSSYTYVNEIEEL

* Identifica de qué proteína se trata usando [BLASTprotein](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE=Proteins).
* ¿En qué organismo está presente?
* ¿Cuántos aminoácidos la conforman?
* ¿Qué gen la codifica?

### Clasificación estructural

Utiliza el servidor CATH para identificar la estructura de la proteina.
* Ve a la web de [CATH](https://www.cathdb.info/search/by_sequence), búsqueda por sequencia.
* En la pestaña de "Clasificación/Dominios (Classification/Domains)" observa la clasificación CATH.
* ¿Qué clasificación estructural tiene la proteína para cada nivel de la clasificación CATH (Clase, Arquitectura, Topología, Superfamília)?


### Predicción de estructura secundaria.

* Reliza la predicción de la estrutura secundaria con el servidor [Jpred](https://www.compbio.dundee.ac.uk/jpred/).
* ¿Qué estructuras se predicen? Recuerda consultar el [manual/F.A.Q](http://www.compbio.dundee.ac.uk/jpred4/faq.shtml#Q12) si surge alguna duda.
> :memo: puede resultarte más facil viendo la opción "View simple results in HTML"

### Modelado por homología

Usaremos el servidor de [SwissModel](https://swissmodel.expasy.org/interactive).

* Haz la búsqueda de template, selecciona el que tenga mejor cobertura y parámetros globales de alineamiento para realizar el modelado.
* Realiza el modelado.
* ¿Tiene algún ligando?

> :memo: Recuerda consultar el [manual](https://swissmodel.expasy.org/docs/help#GMQE) si tienes dudas.

### Predicción mediante Deep learning con AlphaFold

Usaremos el servidor de [AlphaFold](https://alphafold.ebi.ac.uk/)

* Predice la estructura 3D usando el nombre de la proteína o el gen que la codifica, recuerda verificar el organismo en el que está presente.
* ¿La predicción es similar a la obtenida por SwissModel?

:::warning
**Uniprot y AlphaFold:**
Con el identificador Uniprot de la proteína podemos obtener una mejor predicción, uniprot tiene referencia cruzada con alphafold y directamente predice la estructura... Así que ve a [Uniprot](https://www.uniprot.org/) y busca la proteína por el nombre obtenido en el BLAST, ve la estructura predicha por AlphaFold.
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