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title: '[Minicurso 2025] 01. Introdução ao Projeto'
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# [Minicurso 2025] 01. Introdução ao Projeto

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![](https://i.imgur.com/wJSvH5C.png =500x)

# Introdução
- A parte “Hands-on” do curso se baseará no processamento de parte dos dados oriundos do ***sequenciamento parcial do gene 16S rRNA (região V4 [~250pb])***, produzidos para o artigo: ***[“The rhizosphere microbiome plays a role in the resistance to soil-borne pathogens and nutrient uptake of strawberry cultivars under field conditions”](https://www.nature.com/articles/s41598-021-82768-2)***. 

- Em resumo, o trabalho explora o efeito de estresse biótico na microbiota de 16 cultivares de morango. Para isso, utilizou-se dois diferentes fungos patogênicos: *Verticillium dahliae* e *Macrophomina phaseolina*. Dentre as cultivares, existiu, também, um gradiente de resistência face a esses dois patógenos. As amostras foram obtidas do solo livre (***Bulk soil***) e do solo rizosférico (***Rhizosphere***). 

- ***[Verticillium dahliae](https://en.wikipedia.org/wiki/Verticillium_dahliae)*** (Comum)
![](https://i.imgur.com/wX4rjCu.png =500x250)

- [***Macrophomina phaseolina***](https://en.wikipedia.org/wiki/Macrophomina_phaseolina) (Emergente)
![](https://i.imgur.com/kaRlcKj.jpg =500x250)

- Aqui, utilizaremos apenas 4 cultivares, sendo essas:

| Cultivar | Patógeno | Resistência |
| -------- | -------- | ----------- |
| GNA | *M. phaseolina* | Alta      |
| UCJ | *M. phaseolina* | Baixa     |
| UC  | *V. dahliae*    | Alta      |
| BA  | *V. dahliae*    | Baixa     |

- Para cada cultivar, temos os dois ambientes (**solos livres e rizosféricos**) em triplicatas. Dessa forma, compõe-se um total de 24 amostras. Essas amostras passaram por sequenciamento segunda geração, em plataforma *Illumina*, com design do tipo ***paired-end***. Logo, para cada amostra possuiremos duas bibliotecas (uma *forward*, uma *reverse*), totalizando 48 a serem processadas.

- Os identificadores das bibliotecas, revelam as condições as quais essas representam:

![](https://i.imgur.com/7J0kjzz.png =500x250)

# Link do WinSSHTerm
- **Download:** [Link](https://drive.google.com/file/d/1JyXdrjOlsCHDicuJhBk_SvwNb05P0PVK/view?usp=drive_link)

# Análise dos dados
- Os dados serão analisados seguindo a o seguinte fluxo de trabalho:

![](https://i.imgur.com/WmjZRDf.png =500x)

- **Acesse os tutoriais e passo-a-passo específicos por meio dos links abaixo:**
    - [Tutorial] Introdução ao Linux e linha de comando
    https://hackmd.io/@lamoroso92/minicurso25-linux
    
    - [Análise dos dados] Pré-processamento
    https://hackmd.io/@lamoroso92/minicurso25-preproc
    
    - [Tutorial] Introdução ao R
    https://hackmd.io/@lamoroso92/minicurso25-r
    
    - [Análise dos dados] Processamento com DADA2
    https://hackmd.io/@lamoroso92/minicurso25-dada2
    
    - [Análise dos dados] Análises descritivas e comparativas do microbioma 
    https://hackmd.io/@lamoroso92/minicurso25-microbiome
    
# Link Aula Introdutória
- **Download:** [Link](https://drive.google.com/file/d/12LuVPXYVY1vnURwBum_6Y4v4BIojb7DO/view?usp=drive_link)

# Link do Material das Aulas Práticas
- **Dados:** [Link](https://drive.google.com/file/d/1ZDiBinGvj7xv2cefvmx5ROVHSNOyhI6c/view?usp=sharing)
- **Informativos:** [Link](https://drive.google.com/file/d/1N_CzAp7NiF7Wdi5Apjwa9OJBbg7FAJjk/view?usp=sharing)
- **Scripts:** [Link](https://drive.google.com/file/d/1T8eWYEURuOgNs3QHV2hTTjwrtc_4fFq4/view?usp=sharing)
- **Tabelas para MicrobiomeAnalyst:** [Link](https://drive.google.com/file/d/1qogxlsUo1oF9_h-RUnzsMTA5fR3CdBMX/view?usp=sharing)
