Setting up your conda environment on your account on the cstocean.tu.temple.edu server === **This is a guide for getting your conda environment set up to begin working on your account on our cstocean.tu.temple.edu analysis server. An environment consists of a certain Python version and all the packages you need for your work (if you're interested you can read more here.) This is another great resource: https://whiteboxml.com/blog/the-definitive-guide-to-python-virtual-environments-with-conda. This first step is to download conda, which is a python package manager. To do so, follow the instructions layed out in this guide. Once you have confirmed that you have conda installed and some version of python (in my case, the base environment created by Anaconda installed Python version 3.9.13 by default) and have achieved printing the __"Zen of Python" poem__ and are able to launch Jupyter Lab you are ready to go. 1. Log into your account on the server following the directions here: https://hackmd.io/ES5n7zfET1q2LI6Sn0SU2g?view 2. Install __miniconda__ from your home directory issuing the following command at your terminal: `wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh` 3. __Execute__ the downloaded .sh file and accepted the terms: ``` bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ``` ``` Do you accept the license terms? [yes|no] [no] >>> yes Miniconda3 will now be installed into this location: /home/ees_student/miniconda3 - Press ENTER to confirm the location - Press CTRL-C to abort the installation - Or specify a different location below [/home/ees_student/miniconda3] >>> PREFIX=/home/ees_student/miniconda3 Unpacking payload ... Installing base environment... Downloading and Extracting Packages Downloading and Extracting Packages Preparing transaction: done Executing transaction: done installation finished. Do you wish the installer to initialize Miniconda3 by running conda init? [yes|no] [no] >>> yes ``` 3. You must then log out of the server and back in for conda to intialize. To logout simply issue `logout` at the command line. 4. Log back into your account and issue the following at the command line: `which conda` `python` 5. Once Python launches, type `import this` and make sure the __Zen of Python__ appears as shown below. ![Screen Shot 2024-05-01 at 5.23.26 PM](https://hackmd.io/_uploads/SkpRz4xGA.png) 6. Go ahead and exit out of Python by typing `exit()` after the `>>>`. 7. Update conda: ``` conda update -y --all ``` 8. Once miniconda was sucessfully installed, install __mamba__ and update: ``` conda install -c conda-forge mamba mamba update --all ``` 6. Install __git__ with apt. Run the following commands to update the package index and ensure we are working with the latest software versions, install git from Ubuntu, and verify the installation. ``` sudo apt update sudo apt install git ``` ``` git --version git version 2.25.1 ``` 7. To create your __custom conda environment__ with all necessary python packages for the course, we first need to down load a .yml file that contains all of the dependencies needed. One of the cleanest ways to create an environment is through the use of a YML file. A YML file is text document that contains data (text) formatted using YAML (YAML Ain't Markup Language). In our case, our YML file will contain a list of the Python version and packages and their specific versions that we will install into a newly created conda environment. 8. The `occ_basic.yml` file can be directly downloaded via wget using the command below and contains the following contents: ``` wget https://raw.githubusercontent.com/oceanclimateconnections-temple/setup/main/occ_basic.yml ``` ``` # Conda environment descriptor # To install, type the following in a terminal window in the # directory that contains this .yml file # conda env create -f occ_basic.yml # or with mamba (recommended): # mamba env create -f occ_basic.yml # Sets the name of the environment name: ees3506_5506_1 # This block of text identifies the "channels" from which python packages are # hosted and installed from. By default, the conda packae manager installs packages # from the defaults channel, but Conda-forge is a community led channel that maintains # up to date packages with the help of thousands of contributors. channels: - defaults - conda-forge ## the Python packages you want to install and their versions. If version is not ## specified, it will dowbload the latest version available from the default or ## conda-forge channel dependencies: - python=3.9 # Python version 3.9 - cmocean # Oceanography colormaps - cartopy - cftime - dask # Parallel processing library - dask-jobqueue # Deploy dask on job queue systems - dask-labextension - datashader - gcsfs # Google Cloud Service - gsw # TEOS-10 seawater library - holoviews - ipykernel - ipython # IPython interpreter and tools - jupyter # Jupyter federation architecture - jupyterlab - jupyterlab-git - jupyter-server-proxy - matplotlib # 2D plotting library - nc-time-axis - netcdf4 # Wrapper for netcdf4 - nodejs - numpy=1.23.5 # N-d array and numerics - ocetrac - pandas # Labeled array library - pytest - scipy # Common math/stats/science functions - s3fs - xarray # N-d labeled array library - xhistogram - zarr - pip - xgcm - pip: - momlevel # ignore for now - xgcm==0.6.0 ``` 9. Once this file has downloaded, if you issue `ls` you should see a file called `occ_basic.yml` in your home directory. Go ahead and issue the following command to begin creating the environment: `mamba env create -f occ_basic.yml` You will see the following process taking place as the envorment is created by gathering and installing all the necessary packages indicated and their dependencies (other packages they depend on.) ``` (base) bc-d0-74-20-2d-f3:antarctic_atmosphere tuq41374$ mamba env create -f occ_basic.yml Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done Downloading and Extracting Packages nbdime-3.1.1 | 4.4 MB | ############################################################################################################################ | 100% aiosignal-1.2.0 | 12 KB | ############################################################################################################################ | 100% jupyter-server-mathj | 2.3 MB | ############################################################################################################################ | 100% nc-time-axis-1.4.1 | 18 KB | ############################################################################################################################ | 100% hdf4-4.2.13 | 682 KB | ############################################################################################################################ | 100% libuv-1.40.0 | 334 KB | ############################################################################################################################ | 100% nodejs-16.13.1 | 9.2 MB | ############################################################################################################################ | 100% executing-0.8.3 | 18 KB | ############################################################################################################################ | 100% fsspec-2022.10.0 | 219 KB | ############################################################################################################################ | 100% notebook-shim-0.2.2 | 23 KB | ############################################################################################################################ | 100% cftime-1.5.1.1 | 182 KB | ############################################################################################################################ | 100% python-3.9.15 | 12.7 MB | ############################################################################################################################ | 100% colorspacious-1.1.2 | 30 KB | ############################################################################################################################ | 100% botocore-1.27.59 | 5.6 MB | ############################################################################################################################ | 100% gitdb-4.0.7 | 50 KB | ############################################################################################################################ | 100% pyqt-5.12.3 | 5.2 MB | ############################################################################################################################ | 100% ipython-8.6.0 | 1.0 MB | ############################################################################################################################ | 100% matplotlib-base-3.5. | 6.4 MB | ############################################################################################################################ | 100% jupyterlab_server-2. | 76 KB | ############################################################################################################################ | 100% openssl-1.1.1s | 2.8 MB | ############################################################################################################################ | 100% numba-0.53.0 | 3.3 MB | ############################################################################################################################ | 100% cytoolz-0.12.0 | 331 KB | ############################################################################################################################ | 100% dask-jobqueue-0.7.0 | 28 KB | ############################################################################################################################ | 100% holoviews-1.15.2 | 4.3 MB | ############################################################################################################################ | 100% notebook-6.5.2 | 507 KB | ############################################################################################################################ | 100% libnetcdf-4.8.1 | 947 KB | ############################################################################################################################ | 100% matplotlib-3.5.3 | 8 KB | ############################################################################################################################ | 100% python_abi-3.9 | 4 KB | ############################################################################################################################ | 100% mysql-common-8.0.25 | 1.5 MB | ############################################################################################################################ | 100% mysql-libs-8.0.25 | 1.8 MB | ############################################################################################################################ | 100% pure_eval-0.2.2 | 14 KB | ############################################################################################################################ | 100% markupsafe-2.1.1 | 21 KB | ############################################################################################################################ | 100% pyshp-2.1.3 | 37 KB | ############################################################################################################################ | 100% glib-2.68.0 | 2.7 MB | ############################################################################################################################ | 100% libllvm10-10.0.1 | 16.4 MB | ############################################################################################################################ | 100% xhistogram-0.3.2 | 21 KB | ############################################################################################################################ | 100% libtiff-4.4.0 | 504 KB | ############################################################################################################################ | 100% numcodecs-0.9.1 | 709 KB | ############################################################################################################################ | 100% libclang-11.1.0 | 14.4 MB | ############################################################################################################################ | 100% dbus-1.13.18 | 445 KB | ############################################################################################################################ | 100% aioitertools-0.7.1 | 20 KB | ############################################################################################################################ | 100% gsw-3.6.16 | 2.2 MB | ############################################################################################################################ | 100% s3fs-2022.10.0 | 55 KB | ############################################################################################################################ | 100% nbclassic-0.4.8 | 5.8 MB | ############################################################################################################################ | 100% ocetrac-0.1.4 | 10 KB | ############################################################################################################################ | 100% libzip-1.8.0 | 115 KB | ############################################################################################################################ | 100% icu-68.1 | 11.3 MB | ############################################################################################################################ | 100% libgfortran5-11.3.0 | 1.4 MB | ############################################################################################################################ | 100% cmocean-2.0 | 178 KB | ############################################################################################################################ | 100% libwebp-1.2.4 | 75 KB | ############################################################################################################################ | 100% fasteners-0.16.3 | 24 KB | ############################################################################################################################ | 100% simpervisor-0.4 | 9 KB | ############################################################################################################################ | 100% jupyter_core-4.11.2 | 82 KB | ############################################################################################################################ | 100% asciitree-0.3.3 | 10 KB | ############################################################################################################################ | 100% aiobotocore-2.4.0 | 106 KB | ############################################################################################################################ | 100% shapely-1.8.4 | 325 KB | ############################################################################################################################ | 100% ca-certificates-2022 | 125 KB | ############################################################################################################################ | 100% scipy-1.9.3 | 20.6 MB | ############################################################################################################################ | 100% libwebp-base-1.2.4 | 316 KB | ############################################################################################################################ | 100% soupsieve-2.3.2.post | 66 KB | ############################################################################################################################ | 100% stack_data-0.2.0 | 22 KB | ############################################################################################################################ | 100% cartopy-0.18.0 | 1.7 MB | ############################################################################################################################ | 100% libcurl-7.85.0 | 310 KB | ############################################################################################################################ | 100% llvmlite-0.36.0 | 296 KB | ############################################################################################################################ | 100% netcdf4-1.5.7 | 402 KB | ############################################################################################################################ | 100% zlib-1.2.13 | 96 KB | ############################################################################################################################ | 100% urllib3-1.26.12 | 183 KB | ############################################################################################################################ | 100% asttokens-2.0.5 | 20 KB | ############################################################################################################################ | 100% toolz-0.12.0 | 106 KB | ############################################################################################################################ | 100% gitpython-3.1.18 | 125 KB | ############################################################################################################################ | 100% dask-labextension-6. | 41 KB | ############################################################################################################################ | 100% numpy-base-1.23.4 | 6.3 MB | ############################################################################################################################ | 100% zarr-2.8.1 | 106 KB | ############################################################################################################################ | 100% panel-0.14.1 | 12.7 MB | ############################################################################################################################ | 100% numpy-1.23.4 | 11 KB | ############################################################################################################################ | 100% freetype-2.12.1 | 592 KB | ############################################################################################################################ | 100% jupyterlab-git-0.39. | 923 KB | ############################################################################################################################ | 100% yarl-1.8.1 | 82 KB | ############################################################################################################################ | 100% idna-3.4 | 96 KB | ############################################################################################################################ | 100% datashader-0.14.2 | 16.8 MB | ############################################################################################################################ | 100% aiohttp-3.8.1 | 500 KB | ############################################################################################################################ | 100% expat-2.4.9 | 127 KB | ############################################################################################################################ | 100% multidict-6.0.2 | 45 KB | ############################################################################################################################ | 100% geos-3.8.0 | 815 KB | ############################################################################################################################ | 100% readline-8.2 | 328 KB | ############################################################################################################################ | 100% jupyter-server-proxy | 30 KB | ############################################################################################################################ | 100% setuptools-65.5.0 | 1.1 MB | ############################################################################################################################ | 100% frozenlist-1.2.0 | 72 KB | ############################################################################################################################ | 100% jinja2-3.1.2 | 215 KB | ############################################################################################################################ | 100% async-timeout-4.0.2 | 13 KB | ############################################################################################################################ | 100% cryptography-38.0.1 | 1.1 MB | ############################################################################################################################ | 100% colorcet-3.0.1 | 1.9 MB | ############################################################################################################################ | 100% gettext-0.19.8.1 | 2.7 MB | ############################################################################################################################ | 100% libgfortran-5.0.0 | 142 KB | ############################################################################################################################ | 100% smmap-4.0.0 | 23 KB | ############################################################################################################################ | 100% curl-7.85.0 | 74 KB | ############################################################################################################################ | 100% libllvm11-11.1.0 | 17.7 MB | ############################################################################################################################ | 100% proj-7.0.1 | 2.6 MB | ############################################################################################################################ | 100% tzdata-2022f | 115 KB | ############################################################################################################################ | 100% qt-5.12.9 | 87.8 MB | ############################################################################################################################ | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done Installing pip dependencies: / Ran pip subprocess with arguments: ['/Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/bin/python', '-m', 'pip', 'install', '-U', '-r', '/Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt'] Pip subprocess output: Collecting momlevel Downloading momlevel-0.0.5.post1-py3-none-any.whl (8.9 MB) ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 8.9/8.9 MB 9.2 MB/s eta 0:00:00 Collecting xgcm==0.6.0 Downloading xgcm-0.6.0-py3-none-any.whl (59 kB) ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 59.9/59.9 kB 1.8 MB/s eta 0:00:00 Collecting future Downloading future-0.18.2.tar.gz (829 kB) ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 829.2/829.2 kB 8.1 MB/s eta 0:00:00 Preparing metadata (setup.py): started Preparing metadata (setup.py): finished with status 'done' Requirement already satisfied: numpy in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from xgcm==0.6.0->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 2)) (1.23.4) Requirement already satisfied: xarray>=0.17.0 in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from xgcm==0.6.0->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 2)) (0.20.1) Requirement already satisfied: dask in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from xgcm==0.6.0->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 2)) (2022.7.0) Requirement already satisfied: nc-time-axis in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from momlevel->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 1)) (1.4.1) Requirement already satisfied: importlib-metadata<5.0.0 in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from momlevel->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 1)) (4.11.3) Collecting scikit-learn>=1.0.1 Downloading scikit_learn-1.1.3-cp39-cp39-macosx_10_9_x86_64.whl (8.7 MB) ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 8.7/8.7 MB 11.1 MB/s eta 0:00:00 Requirement already satisfied: netcdf4 in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from momlevel->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 1)) (1.5.7) Requirement already satisfied: zipp>=0.5 in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from importlib-metadata<5.0.0->momlevel->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 1)) (3.8.0) Requirement already satisfied: scipy>=1.3.2 in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from scikit-learn>=1.0.1->momlevel->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 1)) (1.9.3) Collecting joblib>=1.0.0 Downloading joblib-1.2.0-py3-none-any.whl (297 kB) ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 298.0/298.0 kB 5.4 MB/s eta 0:00:00 Collecting threadpoolctl>=2.0.0 Downloading threadpoolctl-3.1.0-py3-none-any.whl (14 kB) Requirement already satisfied: pandas>=1.1 in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from xarray>=0.17.0->xgcm==0.6.0->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 2)) (1.4.4) Requirement already satisfied: partd>=0.3.10 in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from dask->xgcm==0.6.0->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 2)) (1.2.0) Requirement already satisfied: pyyaml>=5.3.1 in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from dask->xgcm==0.6.0->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 2)) (6.0) Requirement already satisfied: toolz>=0.8.2 in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from dask->xgcm==0.6.0->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 2)) (0.12.0) Requirement already satisfied: fsspec>=0.6.0 in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from dask->xgcm==0.6.0->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 2)) (2022.10.0) Requirement already satisfied: cloudpickle>=1.1.1 in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from dask->xgcm==0.6.0->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 2)) (2.0.0) Requirement already satisfied: packaging>=20.0 in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from dask->xgcm==0.6.0->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 2)) (21.3) Requirement already satisfied: matplotlib in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from nc-time-axis->momlevel->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 1)) (3.5.3) Requirement already satisfied: cftime>=1.5 in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from nc-time-axis->momlevel->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 1)) (1.5.1.1) Requirement already satisfied: pyparsing!=3.0.5,>=2.0.2 in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from packaging>=20.0->dask->xgcm==0.6.0->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 2)) (3.0.9) Requirement already satisfied: python-dateutil>=2.8.1 in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from pandas>=1.1->xarray>=0.17.0->xgcm==0.6.0->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 2)) (2.8.2) Requirement already satisfied: pytz>=2020.1 in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from pandas>=1.1->xarray>=0.17.0->xgcm==0.6.0->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 2)) (2022.1) Requirement already satisfied: locket in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from partd>=0.3.10->dask->xgcm==0.6.0->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 2)) (1.0.0) Requirement already satisfied: kiwisolver>=1.0.1 in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from matplotlib->nc-time-axis->momlevel->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 1)) (1.4.2) Requirement already satisfied: pillow>=6.2.0 in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from matplotlib->nc-time-axis->momlevel->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 1)) (9.2.0) Requirement already satisfied: cycler>=0.10 in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from matplotlib->nc-time-axis->momlevel->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 1)) (0.11.0) Requirement already satisfied: fonttools>=4.22.0 in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from matplotlib->nc-time-axis->momlevel->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 1)) (4.25.0) Requirement already satisfied: six>=1.5 in /Users/tuq41374/opt/anaconda3/envs/antarctic_southernocean/lib/python3.9/site-packages (from python-dateutil>=2.8.1->pandas>=1.1->xarray>=0.17.0->xgcm==0.6.0->-r /Users/tuq41374/Desktop/Projects/antarctic_atmosphere/antarctic_atmosphere/condaenv.vb579idj.requirements.txt (line 2)) (1.16.0) Building wheels for collected packages: future Building wheel for future (setup.py): started Building wheel for future (setup.py): finished with status 'done' Created wheel for future: filename=future-0.18.2-py3-none-any.whl size=491058 sha256=0906b91f7f12f3bbe38701ec968370a7531291556bfa9c8ffec5c5df7cf481ce Stored in directory: /Users/tuq41374/Library/Caches/pip/wheels/2f/a0/d3/4030d9f80e6b3be787f19fc911b8e7aa462986a40ab1e4bb94 Successfully built future Installing collected packages: threadpoolctl, joblib, future, scikit-learn, xgcm, momlevel Successfully installed future-0.18.2 joblib-1.2.0 momlevel-0.0.5.post1 scikit-learn-1.1.3 threadpoolctl-3.1.0 xgcm-0.6.0 done # # To activate this environment, use # # $ conda activate occ_basic # # To deactivate an active environment, use # # $ conda deactivate Retrieving notices: ...working... done ``` __Almost done!!__ 10. Now to make things more efficient, we can create an alias to speed up launching Jupyter by adding an alias statement to the bottom of the templates bashrc file: `vi ~/.bashrc` 11. Go to the bottom of that file and hit `i` on your keyboard to enter __insert mode__. Copy and paste the following. For the new students choose a value of 8091 (Megan); 8092 (Tyler); 8093 (Grace) for your port number (number that appears after `--port=` in the code below) ``` # Aliases # alias alias_name="command_to_run" # launch jupyterlab alias gojupyter="jupyter lab --no-browser --port=8091" ``` ![Screen Shot 2024-05-01 at 5.38.13 PM](https://hackmd.io/_uploads/S18L8VgGR.png) Hit esc shift+zz on your keyboard to exit the .bashrc file and return to your terminal window. 12. Run the following command to make the alias available in our current session. It will now work from here on out. `source ~/.bashrc` 13. Now to __activate__ your environment issue `conda activate occ_basic` at the command line. 14. To launch an instance of JupyterLab, you should now be able to do this by simply typing `gojupyter` at the command line and you should see something like that shown below appear: ![Screen Shot 2024-05-01 at 5.41.40 PM](https://hackmd.io/_uploads/BkNmPNxMR.png) ## If you have reached this point, then you have set everything up successfully and are ready to go! Go ahead and exit out of the terminal window, log back in practice activating your environment and launching Jupyter. Take a break, and then settle in for the next tutorial on __Launching Jupyter Lab__.