# 碩士班學位考試攻略 (口試注意事項)

# 參考資料

參考外部網站
1.論文/專題 口試準備事項:http://mhsung.idv.fcu.edu.tw/Research/Thesis/oral_def.htm
2.《研究生完全求生手冊》：論文口試委員最愛問的十二個問題:https://www.thenewslens.com/article/79724
3.政大碩士 - 畢業+離校教戰手則: https://hackmd.io/@NCCU-logout/content/%2F%40NCCU-logout%2FREADME

參考學校資訊
1.111學年度生科院碩班研究生學位考試及畢業離校流程:https://cls.site.nthu.edu.tw/p/404-1469-250322.php?Lang=zh-tw
2.國立清華大學，教務處，註冊組，碩博士畢業網頁:https://registra.site.nthu.edu.tw/p/404-1211-5155.php

# 論文撰寫時的注意事項

## 論文撰寫的工具

1.ChatGPT可以用來協助修改用詞、措辭和潤飾文章，但是**要在論文內標註文本有使用ChatGPT協助撰寫**。
ChatGPT:https://chat.openai.com/
2.Whimsical可以用來畫流程圖和心智圖，通常用到心智圖，而且有AI指令功能。
Whimsical:https://whimsical.com/
3.MyBib可以用來撰寫論文當中的Reference，也可以產生intext-citation。(注意我們學校要求，應該是APA 7 (American Psychological Association 7th edition)或 CSE (Council of
Science Editors) )
參考資料:https://ilst.site.nthu.edu.tw/var/file/276/1276/img/1419/587197661.pdf
MyBib:https://www.mybib.com/
4.Biorender可以用來繪圖，主要是有大量的生物相關圖例、模板(包含各種生物資訊領域的研究)。
Biorender:https://app.biorender.com/

## 論文撰寫的格式

在網路上和某些科系的網站上，你可以找到有關碩士論文的撰寫格式的說明，它們的撰寫年度和格式可能有所不同，但絕大部分都大同小異。如果教授未明確指定論文格式，我們通常會參照國立清華大學教務處註冊組的畢業論文格式作為主要的參考規範(參考資料4)。

當時教授要求我參考岱葳的論文(https://hdl.handle.net/11296/28kvsj)，以下是我使用的格式:

**內文**


**圖表文字**


要記得生成圖目錄、表目錄和撰寫致謝，記得交叉引用(交叉參照)

參考資料:
1.國立清華大學，學位論文格式規範手冊(試用版）[教務處寫作中心編製
中華民國九十二年九月]: https://ilst.site.nthu.edu.tw/var/file/276/1276/img/1419/587197661.pdf
2.國立清華大學教育與學習科技學系，106(含)之後入學—論文撰寫格式＆裝訂順序: https://delt.site.nthu.edu.tw/p/412-1129-18421.php
3.國立清華大學，教務處註冊組: https://registra.site.nthu.edu.tw/p/404-1211-5155.php
4.國立清華大學，教務處註冊組，畢業論文格式: https://registra.site.nthu.edu.tw/var/file/211/1211/img/75/438203036.pdf

## 論文撰寫的寫法

關於整體的論文寫法我們主要參照:nature的formatting-guide(https://www.nature.com/nature/for-authors/formatting-guide)

教授喜歡在Word中使用追蹤修訂，他曾經說過:
> If you believe you have addressed my previous comments, you should delete my comments; if you partially addressed my comments, you should reply my comments by saying what have been addressed and what have not.

意思就是如果你認為你已經解決了教授之前的評論，那你應該刪除教授的評論；如果你部分解決了教授的評論，你應該說明哪些已解決和哪些未解決來回覆教授的評論。

### 1.關於摘要(Abstract)的寫法

關於摘要的撰寫定義可以閱讀Writing an Abstract for Your Research Paper(https://writing.wisc.edu/handbook/assignments/writing-an-abstract-for-your-research-paper/)

**楊立威教授表示:一定要參照我之前給你們的摘要模版。**


建議參考:Table 15.1 Content of the abstract writing(https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-981-16-5248-6_15/tables/1)

參考資料:
1.Nature - Formatting guide: https://www.nature.com/nature/for-authors/formatting-guide
2.How to Write an Abstract?: https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-981-16-5248-6_15

### 2.關於介紹(Introduction)的寫法

楊立威於課堂上介紹的Introduction:
**Introduction**:
In this introduction, we will provide a structured overview of the key elements to be covered, including the current problem, the importance of the study, previous efforts, shortcomings of previous efforts, our proposed approach, the main methodology used, current results, and the implications of these results.

1.**Current Problem** and Importance:
Begin by introducing the current problem or challenge that your study addresses. Explain why this problem is significant or important in the broader context.
Highlight the real-world relevance or consequences of the problem to engage the reader's interest.

2.Previous Efforts:
Discuss the efforts that have been made by others in the past to address the same challenge.
Mention key research or methodologies that have been previously employed.

3.Shortcomings of Previous Efforts:
Highlight why the previous efforts or approaches have fallen short in fully addressing the problem.
Identify gaps or limitations in the existing literature.

4.Proposed Approach and Main Method:
Present your proposed approach to tackle the problem. This could be a new methodology, a novel perspective, or a unique combination of existing methods.
Briefly describe the primary methodology or techniques you will use to carry out your study.

5.Current Results:
Provide a summary of the results you have obtained so far, if applicable.
Include any significant findings or outcomes of your research.

6.Implications of Results:
Conclude the introduction with a discussion of the implications of your current results.
Explain why your findings are important or how they contribute to addressing the problem outlined at the beginning.
Optionally, mention the potential impact of your research on the field or any practical applications.

By structuring your introduction in this way, you can provide a clear and engaging overview of your study, helping your readers understand the context, significance, and contributions of your work.

在這個Introduction中，我們提供一個結構化的概述，包括當前問題、研究的重要性、先前的努力、先前努力的不足之處、我們提出的方法、主要使用的方法、目前的結果以及這些結果的含義。

1.當前問題和重要性：
開始介紹您的研究所解決的當前問題或挑戰。
解釋為什麼這個問題在更廣泛的背景下具有重要性。

2.先前的努力：
討論過去他人為解決相同挑戰所做的努力。
提到以前使用的重要研究或方法。

3.先前努力的不足之處：
強調為什麼以前的努力或方法在充分解決問題方面仍然不足。
確定現有文獻的差距或局限性。

4.提出的方法和主要方法：
提出您的提出方法(如果有的話)，以應對該問題。
簡要描述您將用於執行研究的主要方法或技術。

5.目前的結果：
提供目前為止獲得的結果摘要，如果適用。
包括您的研究的任何重要發現或結果。

6.結果的含義：
以討論目前結果的含義來結束引言部分。
解釋您的研究結果之所以重要，或者它們如何有助於解決一開始提到的問題。
選擇性地提到您的研究對該領域或任何實際應用的潛在影響。

以這種方式結構化您的Introduction，您可以提供一個清晰而引人入勝的研究概述，幫助讀者了解您的工作的背景、重要性和貢獻。

### 3.關於方法(Method)的寫法

楊立威於課堂上介紹的Method:

Methods:

Avoid copying and pasting methods from previous papers by your lab. Instead, you can either (I) provide a concise and simple summary (within 3 sentences) of the methods and then cite the previous paper, or (II) rephrase the methods from previous writings.
In summary, it is recommended not to directly replicate past methods but rather, when necessary, provide a brief summary and then cite previous papers or rephrase previous content. This helps ensure the independence of your paper while maintaining the clarity and conciseness of the methods section.

不要從實驗室以前的論文中複製和貼上方法。
可以（I）以簡潔而簡單的方式（不超過3句話）撰寫方法，然後引用以前的論文，或者（II）重新表達以前的文字。
簡而言之，這個部分建議您不要直接複製過去的方法，而是在必要時以簡潔的方式提供摘要，然後引用以前的論文或重新表達以前的內容。這有助於確保您的論文具有獨立性，同時保持方法的清晰度和簡潔度。

### 4.關於方法(Results)的寫法

楊立威於課堂上介紹的Results:
Please do not merely describe what is visually evident in the figures; it is important to provide **interpretations** as well.

### 5.關於結論或討論(Conclusion or Discussion)的寫法

(**重要**)教授會詢問Discussion的意義，正確解答是:Discussion is where you take OTHERS’ and YOUR previous research findings to corroborate (鞏固) and support the current results, arguments and interpretations.
討論(Discussion)部分是您可以借助他人和您自己以前的研究結果，來證實和支持目前的研究結果、論點和解釋的段落。(重點在鞏固自己的研究)

楊立威於課堂上介紹的Discussion:

1.Avoiding Redundancy:
The discussion section should not merely reiterate or rephrase the results and conclusions already presented in the paper.

2.Corroborating Current Results:
The primary purpose of the discussion is to utilize both others' and your own previous research findings to corroborate and support the current results, arguments, and interpretations.

3.Explaining Synergy Among Results:
In the discussion, you can also explain how various pieces of evidence (results) in this study can mutually explain and support one another.
Clarify that these results reflect different facets or aspects of the same underlying truth that you initially hypothesized.

1.避免重複性：
討論部分不應僅僅重申或重新陳述已經在論文中呈現的結果和結論。

2.證實目前的結果：
討論的主要目的是利用他人和您自己以前的研究發現，以證實和支持目前的結果、論點和解釋。

3.解釋結果之間的相關性：
在討論中，您還可以解釋這項研究中各種證據（結果）如何相互解釋和支持彼此。
澄清這些結果反映了您最初假設的同一基本真相的不同方面或層面。

### 6.關於in-text citation參考資料的寫法:

**正確寫法**:“within the druggable proteins of Druggable Dyomics project (Table 1).”

**錯誤寫法**:“within the druggable proteins of Druggable Dyomics project. (Table 1)”

( ) 要在句點內側，不是後面。

### 7.關於參考資料(reference)寫法

MyBib可以用來撰寫論文當中的Reference，也可以產生intext-citation。

注意我們學校要求，應該是APA 7 (American Psychological Association 7th edition)或 CSE (Council of Science Editors)
參考資料:https://ilst.site.nthu.edu.tw/var/file/276/1276/img/1419/587197661.pdf

# 口試前一個月注意事項

## 哪時候算口試前一個月?

當指導教授開始請你找口試委員(口委)時，大概就剩下一個月了。

## 關於口委的規定

### 法規敘述

依本校**國立清華大學碩士學位考試細則**第四條和第五條:碩士學位考試置**考試委員三人至五人**，**指導教授為當然委員**（與境外大學合作辦理雙聯學制不受此限），但不得為主持人，主持人由出席委員互推舉之；**指導教授以外之考試委員人數應達二分之一（含）以上**。碩士班研究生之配偶或三親等內之血親、姻親，不得擔任其碩士學位考試委員。
碩士學位考試委員，除對修讀碩士學位學生之研究領域有專門研究外，並應具有下列資格之一：
一、現任或曾任教授、副教授、助理教授。
二、中央研究院院士、現任或曾任中央研究院研究員、副研究員、助研究員。
三、獲有博士學位，且在學術上著有成就。
四、研究領域屬於稀少性、特殊性學科或屬專業實務，且在學術或專業上著有成就。
前項第三款、第四款資格之認定基準，由辦理學位授予之各系、所、專班、學位學程會議訂定之。

依本校**國立清華大學學則**第五十六條：「…指導教授除須具備學位授予法規定之學位考試委員資格外，其餘由各系、所、學位學程自行規定，但至少須有一人具本校專任助理教授以上之資格，本校專任教師退休，其退休前尚有已持續指導三學年（含）以上之博士生，或持續指導三學期（含）以上之碩士生未完成學位考試者，經原服務系所、學位學程主管同意，不受前項「至少須有一人具本校專任助理教授以上之資格」限制。」，符合上開規定之退休教師, 系所確認其資格後可至「研究生學位考試」項下「退休老師擔任指導教授審核」將學生之指導教授建入系統，學生即可列其為指導教授。 」

### 碩班學位考試委員組成規定懶人包：

碩士班由口試委員由指導教授選定三至五位論文口試委員，校外委員至少須三分之一(含)以上。

碩士班學位考試委員資格：
1.助理教授及助理研究員職級以上者。
2.取得博士學位3年(含)以上之專家學者。
3.主任醫生職級以上者。
4.學術或專業上擁有成就者，經所長認定之。

楊立威教授對於口委的闡述:口委理論上會有三位(含指導教授)，這三位口委的專業領域會包含整個碩士論文涵蓋的領域。如果有無法涵蓋到的領域才會考慮四位口委(含指導教授)。

參考資料:
1.國立清華大學碩士學位考試細則: https://academic.site.nthu.edu.tw/var/file/7/1007/img/333/170502985.pdf
2.國立清華大學學則: https://academic.site.nthu.edu.tw/var/file/7/1007/img/217189626.pdf
3.國立清華大學奈微所，關於「碩博士生學位考試口試委員組成與資格」條文說明: https://nems.site.nthu.edu.tw/p/406-1302-65990,r1509.php?Lang=zh-tw

## 和口委確認時間

 

基本上會和口委約上班時間，注意避開國定假日和例假日，並且先分別確定時間並詢問擔任口委意願。

**邀請信件範例:**
> Dear Professor Wen,(開頭，請再三確認，別寄錯人或叫錯名字)

> I'm Ian 高祺原, a master student in Professor Yang's laboratory in Tsing Hua University.(基本自我介紹)
> It is with great honor and respect that I reach out to you. (禮貌寒暄)
> I am currently in the final stages of completing my master's degree at National Tsing Hua University and I am excited to formally request your participation as a member of the oral examination committee for my upcoming graduation. (講述目的)
> Throughout my academic journey, your insightful research and profound expertise in nucleic acids have been a continuous source of inspiration for me.
(因為我曾經跟溫教授互動過，所以有一段話感謝他的幫忙)
> 這一段正式邀請: The oral examination is tentatively scheduled to take place between August 29th and September 8th. (講日期) Your expertise and perspective would greatly enrich the examination process, and your valuable insights would provide me with an invaluable learning experience. (講口委來的目的) We are offering both morning and afternoon time slots to accommodate everyone's schedules. (講時段) The examination will be held at National Tsing Hua University.(講地點)
> (因為教授指定時間，所以我加上特定時段給口委選) Considering your schedule, I wanted to inquire about your availability for the aforementioned dates and time slots. Specifically, I am wondering if you have any availability on the following dates and time ranges:
August 29th (morning or afternoon)
From September 2nd to September 8th (morning or afternoon)

> Your confirmation of availability will allow us to finalize the examination schedule and make the necessary arrangements. I am sincerely grateful for your consideration of my request. Your guidance and expertise have been instrumental in shaping my academic journey, and having you as a part of my graduation would be a dream come true. (再次強調邀請和感謝他的幫忙)

> Thank you very much for your time, and I eagerly await your response. Please feel free to reach out if you have any questions or require further information. (結語，要感謝並請隨時提問)

> Warm regards,
Ian (名稱看狀況，也可以用中文或護照英文名，護照英文名最正式)

# 口試前兩週注意事項

理論上兩週前你就要將論文初稿寄給每一位口委(包含教授)，可以詢問他們是否需要紙本，但是寄出之前一定要經過指導教授同意。
也可以說你正在修改中，這是目前最新的修改後版本。
大概這個時段可以邀請別人來參加你的口試。

教授表示"口試是對全國開放的，因為是用納稅人的錢做的研究。"因此基本上可以邀請任何人，但是如果有confidential data的問題，可能還是要過問一下教授。

# 口試前一天注意事項

口試前一日再度與口試老師確認。
記得預定好餐點、時間和地點。
記得準備雷射筆，可以跟總務室借。

準備好報告的PPT，理論上教授會改到最後一刻，大方向確認好就好。
PPT盡量不要放沒在論文內的東西，只要口委問就要補進去。
PPT最後一頁要放致謝。(教授會忘記提醒)


# 口試當天注意事項

## 口試當日注意事項：
1.請著正式服裝，勿穿球鞋或運動衣，男士宜著襯衫、領帶。
2.口試報告時間：碩班論文口試大約準備50分鐘的報告/博班論文口試約1小時。(指導教授如果另有規定，則遵從指導教授建議。)
3.口試當日要於1小時前到系辦公室拿口試地點鑰匙，如果口試在假日則要星期五或提早準備。

## 口試時要自己準備的物品

1.口試者建議自備筆記型電腦，準備多個檔案(PDF, Word和PPT等等)，以保有原設定之字型。
2.要準備好隨身碟、錄音筆，若缺少設備，請事先於上班日通知系辦。

## 口試時要準備給教授的文件
1.準備給每一位教授「論文相似度比對報告」，楊立威實驗室**必須**準備兩份，Turnitin的比對報告和S.A.V.E的比對報告。

Turnitin的繁體中文網站:https://www.turnitin.com/zh-tw
國立清華大學，計通中心，學習科技組的網站，教學服務/文章剽竊檢測工具Turnitin:https://learning.site.nthu.edu.tw/p/412-1319-6168.php?Lang=zh-tw
Turnitin 的清大帳號申請要有1到3天的工作天。
Turnitin 的相似度報告在同一份任務一天只能提交一次，你重複提交任務會一直卡在處理中。

S.A.V.E的網站，有兩個版本，有時候會有其中一個掛掉，請提早嘗試
實驗室網站版本:https://dyn.life.nthu.edu.tw/SAVE/
公司網站版本:https://save.praexisio.com.tw/

2.口試評分單:由口委評分後繳回。

3.審定書:要由口委簽名後繳回系辦。

4.聘函:通常直接給教授，有些教授很需要，算是一種資歷。

5.領據:黏存單，給教授簽名，證明它們領到費用。

## 口試時要準備給教授的點心

???用食物堵住口委的嘴???:https://www.ptt.cc/bbs/Gossiping/M.1454007755.A.977.html

自費準備茶水(例：茶葉、飲料、咖啡)，小點心或蛋糕、水果，每位口試老師各一份，以180-200 元為原則。
口試結束時間在 11：30-12：30 或 17：00 以後，請購買便當給口試老師，若校外用餐則免。。
個人推薦85度C，早上7點就開，又可以前一天預訂。

# 口試之後注意事項

口試之後要歸還借的所有器材和場地。
注意"所有口委提出的問題與建議"都會對應到你更改論文的一部分，楊立威教授表示:口委只是代表廣大讀者的一部分，如果連口委都有機會看不懂，更不用說其他人，只要口委有提問或是建議的部分都表示論文需要修改。

所以必須整理每一位口委所提出的每一個疑問和建議，然後仔細思考如何依據這些建議更改。更改時要有根據、有紀錄，舉例:
> Following the conclusion of the defense, I have received feedback from the committee members, and I have meticulously incorporated these suggestions along with your valuable insights into my thesis. I have thoroughly revised my thesis to address these recommendations. Attached to this email, you will find the most up-to-date version of my thesis for your reference.
Here are the refined changes made to the thesis:
1.In the Abstract, I have provided more information about Druggable DynOmics.
2.In the Introduction, I have added further explanations about Nsp10 to provide a comprehensive context for the reader.
3.In the Introduction, I have incorporated additional explanations about Druggable DynOmics or DRDOCK.
4.In the Introduction, I have moved Figure 1 down to prevent any potential reader misunderstandings and to improve readability.
5.In Method 1, I clarified the definition of the active site in Figure 2 and increased the font size for better readability. Specifically, we selected active site residues with an annotation score greater than or equal to 7, not greater than 7.
6.In Method 2.2, I have used the Greek letter mu (μ) and ensured that the "-1" is in superscript for "ps-1."
7.In Method 2.3, I added an explanation of the K-means method in section 2.3.4 to help readers better understand the PCA clustering approach.
8.In Method 2.4, I made the correction by removing the "+20" from "The nucleotides +7 to +20 of the ssDNA were derived from the sequence NC_045512.2: 238-251 (TTTCGTCCGGGTGT)."
9.In Result 3.1, I adjusted the size of Table 1 for improved readability.
10.In Result 3.3, I included the LOD score results, encompassing Sinefungine and the top-MD ranked 4 drugs.
11.After re-evaluating the code, I realized that the Silhouette Coefficient results best clusters number should be 4. I have rectified this in both the PCA results and Silhouette Coefficient section.
12.In Result 3.7, I provided detailed information on the source and selection methods of the template sequence.
13.In Result 3.9, I have used the Greek letter mu (μ) in the figure legend.
14.In Result 3.10, I have added experimental results for the Cell Toxicity of Sinefungin and clarified the concentration of 1% DMSO.
15.In Result 3.11, I have included an explanation of the virus inhibition experiment, highlighting the drug's ability to inhibit the virus at a cellular level.
16.In the Conclusion, I have integrated the Druggable DynOmics aspect and the results from sections 3.9 to 3.11.

本來就會來來回回一直改，所以就早死早超生，不要拖，趕快交趕快改

# 離校RPG

生科院畢業流程
https://cls.site.nthu.edu.tw/p/406-1469-270300,r7381.php?Lang=zh-tw

步驟一:先上傳倫文(以下連結是會需要用到的網站)

圖書館 論文上傳指導
https://www.lib.nthu.edu.tw/ETD/doc3.htm

論文上傳注意事項
https://www.lib.nthu.edu.tw/ETD/downloads/upload.pdf

裝訂資料https://www.lib.nthu.edu.tw/ETD/downloads/%E7%B4%99%E6%9C%AC%E8%AB%96%E6%96%87%E7%B9%B3%E4%BA%A4%E5%89%8D%E8%87%AA%E6%88%91%E6%AA%A2%E6%9F%A5%E9%A0%85%E7%9B%AE%E8%A1%A8.pdf

書背製作
https://www.youtube.com/watch?v=P9OEJ808K4U

加浮水印
https://www.ilovepdf.com/zh-tw/download/kk99A4vkxs1kf1t3vnvm4p94qp8Acz7njld0cvm8y0wltxfvqss6nqrtnb4Apxbcrzs99j4jbdkfrmsxb8s50lwcrdml9pz55qxpnq2vvlpp15vd8dnrt18btgzzrghzd2gcf5xAvA3v2r7mhzcpqx8rdrztgdf182j2cj0dbAqz11zdqvA1/35

論文加密
https://www.cleverpdf.com/zh-tw/encrypt-pdf