<!-- .slide: data-background="https://st4.depositphotos.com/5316818/25239/i/600/depositphotos_252394844-stock-photo-trypanosoma-cruzi-parasite.jpg" --> <div style='text-align:left;font-size:18px;list-style: none;'> <h1> <b style='font-size:60px;color:Black'> Tópicos em Genômica aplicados à Parasitologia 1/2021 </b> </h1> <br> <br> <b style='font-size:40px;color:Black'> Anotação gênica </b> <li style='color:Black'><br> <b> Aluno: Pedro Leonardo Carvalho de Lima<br> Profa. Dra. Katia Cristina Pereira Oliveira Santos<br> Grupo 1: <i>Tripanosoma cruzi</i> </b> </li> </div> --- <div style='text-align:left;'> <p> <b style='font-size:35px'> Homo sapiens (human): </b> <a href="https://www.genome.jp/entry/hsa:7167" style='font-size:30px'> 7167 </a> </p> <li> <b style='font-size:25px'> Triosephosphate isomerase 1 - TIM </b> <abbr style='font-size:20px;'> [EC: <a href="https://www.genome.jp/entry/5.3.1.1"> 5.3.1.1 </a>] </abbr> </li> <br> <li style="text-align:left;font-size:20px;list-style: none;"> <b> Descrição: </b> TIM é uma enzima que catalisa a interconversão reversível dos isômeros triose-fosfato, fosfato de dihidroxiacetona e D- gliceraldeído 3-fosfato, na via de Glycolysis/Gluconeogenesis. </li> <b style='font-size:18px;'> Via: </b> <a style='font-size:18px;' href="https://www.genome.jp/pathway/hsa00010+7167"> hsa00010 </a> </div> ---- <h1 style='text-align:left;font-size:30px'> <b> Sequência de aminoácidos correspondente à proteína de TIM Humana: </b> </h1> <p style="font-size:13px;font-family:Calibri;width:50%;text-align:left"> >Sequencia_referencia|triosephosphate_isomerase_(TIM)|249_aa|EC_5.3.1.1|Homo_sapiens MAPSRKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKI AVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAE GLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQ QAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPE FVDIINAKQ </p> ---- <div style='text-align:left;'> <h2 style='font-size:30px'> <b> Busca por correspondentes à sequência de TIM humana em Tripanossomatídeos </b> </h2> <li style='font-size:20px;'> <b> Banco de dados: </b> <a href="https://tritrypdb.org/tritrypdb/app/" style='font-size:18px;'> TritrypDB. </a> </li> <p style='font-size:20px;text-align:justify'> O tritrypdb é um banco que nos permite fazer diversos tipos de buscas, basta navegar um pouco na página que é possível observar o vasto número de opções de ferramentas de análises. No caso para o alinhamento de sequências podemos ir no menu de opções no topo da página, na aba de ferramentas, nesse caso, como vamos fazer uma busca por regiões homologas correspondentes à sequência de aminoácidos da isomerase TIM humana, no genoma de <i>Trypanosoma cruzi</i>, basta clicar na opção <a href="https://tritrypdb.org/tritrypdb/app/search/transcript/UnifiedBlast">BLAST</a>, que ja é direcionado para a página de configuração para o alinhamento. Escolhemos a opção tBLASTn para buscar por trasncritos, selecionamos os organismos, nesse caso as cepas de <i>Trypanosoma cruzi</i> e colocamos a sequência de aminoácidos da proteína de humano depositadas no <a href="https://www.genome.jp/entry/hsa:7167">KEEG</a> para roda o programa (default: padrão). </p> </div> ---- <h2 style='font-size:30px'> Resultado tBLASTn (Genes) </h2> <table style="font-size:14px;font-family:Calibri"> <tr> <th>Gene ID</th> <th>Source_id</th> <th>Organism</th> <th>Exons in Gene</th> <th>Score</th> <th>E-Value</th> <th> </th> </tr> <tr> <td> <a style="color:DodgerBlue" href="https://tritrypdb.org/tritrypdb/app/record/gene/BCY84_02271"> BCY84_02271 </a> </td> <td>BCY84_02271-t36_1</td> <td> <i style="color:DodgerBlue"> Trypanosoma cruzi Dm28c 2017 </i> </td> <td>1</td> <td>250</td> <td>2E-81</td> <td> </td> </tr> <tr> <td>C3747_11g414</td> <td>C3747_11g414-t42_1</td> <td><i>Trypanosoma cruzi TCC</i></td> <td>1</td> <td>247</td> <td>3E-80</td> <td> </td> </tr> <tr> <td>C3747_69g188</td> <td>C3747_69g188-t42_1</td> <td><i>Trypanosoma cruzi TCC</i></td> <td>1</td> <td>249</td> <td>4E-81</td> <td> </td> </tr> <tr> <td><a style="color:FireBrick" href="https://tritrypdb.org/tritrypdb/app/record/gene/C4B63_28g114">C4B63_28g114</a></td> <td>C4B63_28g114-t42_1</td> <td><i style="color:FireBrick">Trypanosoma cruzi Dm28c 2018</i> <td>1</td> <td>250</td> <td>2E-81</td> <td> </td> </tr> <tr> <td><a style="color:DodgerBlue" href="https://tritrypdb.org/tritrypdb/app/record/gene/TCDM_00802">TCDM_00802</a></td> <td>TCDM_00802-t26_1</td> <td><i style="color:DodgerBlue">Trypanosoma cruzi Dm28c 2014</i> <td>1</td> <td>250</td> <td>1E-80</td> <td> </td> </tr> <tr> <td>TCSYLVIO_001494</td> <td>TCSYLVIO_001494-t26_1</td> <td><i>Trypanosoma cruzi Sylvio X10/1-2012</i></td> <td>1</td> <td>57.4</td> <td>3E-10</td> <td> </td> </tr> <tr> <td><a style="color:DodgerBlue" href="https://tritrypdb.org/tritrypdb/app/record/gene/TcBrA4_0009200">TcBrA4_0009200</a></td> <td>TcBrA4_0009200-RA</td> <td><i style="color:DodgerBlue">Trypanosoma cruzi Brazil A4</i></td> <td>1</td> <td>250</td> <td>2E-81</td> <td> </td> </tr> <tr> <td>TcCLB.508647.200</td> <td>TcCLB.508647.200:mRNA</td> <td><i>Trypanosoma cruzi CL Brener Esmeraldo-like</i></td> <td>1</td> <td>247</td> <td>3E-80</td> <td> </td> </tr> <tr> <td>TcCL_ESM12410</td> <td>TcCL_ESM12410_t1</td> <td><i>Trypanosoma cruzi strain CL</i></td> <td>1</td> <td>247</td> <td>3E-80</td> <td> </td> </tr> <tr> <td>TcCL_ESM12473</td> <td>TcCL_ESM12473_t1</td> <td><i>Trypanosoma cruzi strain CL</i></td> <td>1</td> <td>249</td> <td>1E-80</td> <td> </td> </tr> <tr> <td>TcG_00710</td> <td>TcG_00710_t1</td> <td><i>Trypanosoma cruzi strain G</i></td> <td>1</td> <td>250</td> <td>2E-81</td> <td> </td> </tr> <tr> <td>TcSYL_0047900</td> <td>TcSYL_0047900.t1</td> <td><i>Trypanosoma cruzi Sylvio X10/1</i></td> <td>1</td> <td>250</td> <td>2E-81</td> <td> </td> </tr> <tr> <td>TcYC6_0081760</td> <td>TcYC6_0081760-RA</td> <td><i>Trypanosoma cruzi Y C6</i></td> <td>1</td> <td>249</td> <td>4E-81</td> <td> </td> </tr> </table> <p style='font-size:20px;text-align:justify'> A Tabela a cima mostra o resultado do alinhamento. Foram encontrados 13 genes homologos da sequencia humana nas cepas de <i>T. cruzi</i>. Estão destacados os genes com maior score e menor E-value, representando os melhores hits. </p> <p style='font-size:20px;text-align:justify'>Uma outra opção de banco [<a href="https://web.expasy.org/tmp/1week/blastf53468.html#Al1" style='font-size:15px;text-align:justify'>SIB BLAST+Server</a>] </p> ----  ---- <h2 style='font-size:30px'> <b> Sequências do subject </b> </h2> <table style="font-size:14px;font-family:Calibri"> <tr> <th> </th> <th>Transcript ID</th> <th>Organism</th> <th>Transcript Length</th> <th>Protein Length</th> <th>Transcript Type</th> <th>Genomic Length</th> <th>Chromosome</th> <th>Location</th> <th>Strand</th> <th>Predicted Sequences</th> <th>Product</th> <th>JBrowser</th> <th> </th> </tr> <tr> <td> </td> <td>C4B63_28g114-t42_1</td> <td><i>Trypanosoma cruzi Dm28c 2018</i></td> <td>756 </td> <td>251</td> <td>mRNA</td> <td>756</td> <td><a href="https://tritrypdb.org/tritrypdb/app/record/genomic-sequence/PRFA01000028" style="color:DodgerBlue"><u>PRFA01000028</u></a></td> <td>247,183-247,938</td> <td> + </td> <td><a href="https://tritrypdb.org/tritrypdb/app/record/gene/C4B63_28g114#category:sequence" style="color:DodgerBlue"><u>Link</u></a></td> <td> <i>triosephosphate isomerase</i> </td> <td><a href="https://tritrypdb.org/tritrypdb/jbrowse/index.html?loc=PRFA01000028%3A247183..247938&data=%2Ftritrypdb%2Fservice%2Fjbrowse%2Ftracks%2FtcruDm28c2018&tracks=refseq%2Cgene%2Cest&highlight=" style="color:DodgerBlue"><u>Traks</u></a></td> <td> </td> </tr> <tr> </tr> </table> <li style="font-size:12px;text-align:left"> O link na coluna dos cromossomos direciona para a página do resultado do blast feito no genoma de <i>T. cruzi Dm28c 2018</i> usando a sequência genômica do resultado anterior, para localizar onde o gene está no genoma do parasita. </li> <li style="font-size:12px;text-align:left"> O Link na coluna sequencias direciona para a página dos resultados do gene predito <i>C4B63_28g114</i> de <i>T. cruzi Dm28c 2018</i> que corresponde à sequencia de Humanos consultada. </li> <li style="font-size:12px;text-align:left"> A visualização das traks no Browser mostra em azul escuro a sequencia correspondente à CDS, em azul claro os ESTs que cobrem o gene e a representação colorida é a sequência de referência. </li> ---- <h2 style='font-size:30px;text-align:left'><b>Busca por domínios em outros bancos</b></h2> <h3 style='font-size:25px;text-align:left'>Sequência da proteína:</h3> <p style="font-size:13px;font-family:Calibri;width:50%;text-align:left"> MASKPQPIAAANWKCNGSESLLVPLIETLNAATFDHDVQCVVAPTFLHIPMTKARLTNPKFQIAAQNAITRSGAFTGEVS LQILKDYGINWVVLGHSERRLYYGETNEIVAEKVAQACAAGFHVIVCVGETNEEREAGRTAAVVLTQLAAVAQKLSKEAW SRVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEVHELLRRWVRSKLGTDIAAQLRILYGGSVTAKNARTLYQMRDINGFLVGGASLK PEFVEIIEATK </p> <h2 style='font-size:25px;text-align:left'>Resultado da busca: </h2> <li style='font-size:20px;text-align:left'> <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00121.18" style="color:DodgerBlue"><u>Pfam</u></a> </li> <li style='font-size:20px;text-align:left'> <a href="http://smart.embl-heidelberg.de/smart/job_status.pl?jobid=18963445274331623876433ybEkoNeqFC" style="color:DodgerBlue"><u>SMART</u></a> <li style='font-size:20px;text-align:left'> <a href="https://www.ebi.ac.uk/interpro/result/InterProScan/iprscan5-R20210616-220355-0860-50589667-p1m/" style="color:DodgerBlue"><u>Interpro</u></a> <li style='font-size:20px;text-align:left'> <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi" style="color:DodgerBlue"><u>CDD</u></a> </li> ---- <h2 style='font-size:30px;text-align:left'><b>ESTs</b></h2> <p style='font-size:20px;text-align:left'> Busca as ESTs, no genoma de <i>T. cruzi</i>, usando a sequencia predita, no <a href='https://tritrypdb.org/tritrypdb/app/search/transcript/UnifiedBlast'>TritrypDb</a>. </p> <p style="font-size:13px;font-family:Calibri;width:50%;text-align:left"> >Sequencia_genomica|gene=C4B63_28g114|organismo=Trypanosoma_cruzi_Dm28c_2018 ATGGCATCGAAGCCTCAACCCATCGCCGCCGCAAACTGGAAGTGCAACGGCTCCGAGAGTTTGCTTGTACCACTCATCGA GACGCTCAATGCAGCGACTTTTGATCACGATGTGCAATGCGTGGTTGCGCCCACCTTTCTCCACATCCCAATGACGAAGG CGAGGCTCACCAACCCCAAGTTCCAGATTGCCGCACAGAACGCGATCACAAGGTCGGGCGCCTTCACGGGGGAAGTCTCT CTGCAGATCCTCAAGGACTATGGAATCAACTGGGTTGTGTTGGGCCATTCGGAACGGCGTTTGTACTACGGCGAAACGAA CGAAATCGTTGCGGAAAAGGTGGCGCAGGCCTGCGCTGCCGGCTTCCATGTCATCGTCTGTGTTGGCGAAACCAACGAGG AGCGGGAAGCTGGCCGCACGGCAGCCGTCGTGTTGACGCAGCTCGCCGCTGTCGCGCAGAAGCTTAGTAAGGAGGCGTGG TCTCGCGTCGTTATTGCCTACGAGCCCGTGTGGGCAATCGGCACCGGTAAAGTGGCAACCCCGCAGCAGGCGCAGGAGGT CCATGAATTGCTGCGCCGTTGGGTGCGGAGCAAATTGGGCACTGACATCGCCGCGCAACTGCGCATCTTGTATGGCGGAT CCGTGACCGCCAAAAATGCACGCACGCTATATCAGATGCGCGACATCAACGGCTTCCTTGTGGGCGGTGCCTCGCTCAAG CCGGAGTTTGTTGAAATCATTGAGGCCACGAAGTAG </p> ---- <h2 style="font-size:20px"> <b>Resultado do BLASTn dos ESTs que cobrem totalmente o gene</b> </h2> <table style="font-size:15px;font-family:Calibri;width:50%;text-align:center"> <tr> <th>EST Id</th> <th>Score</th> <th>E-Value</th> <th>Identitie</th> <th>Chromosome</th> <th>Position</th> </tr> <tr> <td><a href='https://tritrypdb.org/tritrypdb/app/record/est/AI667933' style="color:DodgerBlue" >AI667933</a> </td> <td>807</td> <td>0E0</td> <td>94%</td> <td>PRFA01000028</td> <td>247409..248014</td> </tr> <tr> <td><a href='https://tritrypdb.org/tritrypdb/app/record/est/AI077185' style="color:DodgerBlue" >AI077185</a> </td> <td>652</td> <td>0E0</td> <td>97%</td> <td>PRFA01000028</td> <td>247319..247710</td> </tr> </table> <br> <li style="font-size:12px;text-align:left;list-style: none; text-indent: 20%"> Visualização das tracks <a href="https://tritrypdb.org/tritrypdb/jbrowse/index.html?loc=PRFA01000028%3A247183..247938&data=%2Ftritrypdb%2Fservice%2Fjbrowse%2Ftracks%2FtcruDm28c2018&tracks=refseq%2Cgene%2Cest&highlight=" style="color:DodgerBlue"> JBrowser </a> </li> ---- <h2 style='font-size:30px;text-align:left'><b>Modificações pós-traducionais – estruturas preditas</b></h2> <h3 style='font-size:25px;text-align:left'><b>Resultado da predição:</b></h3> <li style='font-size:20px;text-align:left'> <a href="http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/webface2.fcgi?jobid=60CB99E500003FE235D66261&wait=20" style="color:DodgerBlue"> NetNGlyc 1.0 </a> </li> <li style='font-size:20px;text-align:left'> <a href="https://prosite.expasy.org/cgi-bin/prosite/ScanView.cgi?scanfile=40190655638.scan.gz" style="color:DodgerBlue"> Prosite </a> </li> <li style='font-size:20px;text-align:left'> <a href="http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/webface2.fcgi?jobid=60CBA83700003FE2B4DE7F0E&wait=20" style="color:DodgerBlue"> NetOGlyc 4.0 </a> </li> <h3 style='font-size:25px;text-align:left'><b>Estrutura proteica:</b></h3> <li style='font-size:20px;text-align:left'> <a href="https://www.uniprot.org/uniprot/P52270#structure" style="color:DodgerBlue"> UniProtKB </a> <li style='font-size:20px;text-align:left'> <a> Modelagem de sequencia por similaridade</a></li> ---- <h2 style='font-size:30px;text-align:left'> <b> Provaveis sítios de splicing </b> </h2> <li style='font-size:20px;text-align:left'> Como a sequencia predita do mRNA da enzima é a mesma da sequencia genômica acabei usando a sequência de cDNA de um dos ESTs (<a href="https://tritrypdb.org/tritrypdb/app/record/est/AI667933#category:sequence">AI667933</a>) e a sequência genômica no <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/splign/splign.cgi?textpage=online&level=result&key=NCID_1_12810999_130.14.22.10_9145_1623960241_3374474312_0MetA0__S_NC_Splign&mode=graphics&pid=JSID_01_320411_130.14.22.21_9000_splign">Spling</a></li> <h2 style='font-size:30px;text-align:left'> <b> Rede de interações gênica </b> </h2> <li style='font-size:20px;text-align:left'>Resultado das interações no <a href="https://string-db.org/cgi/network?taskId=bkoxvELCOSHs&sessionId=bIOtCyMrOuj9">String</a></li> ---- <h2 style='font-size:30px;text-align:left'> <b> Peptídeo sinal </b> </h2> <li style='font-size:20px;text-align:left'>Resultado da busca por peptídeo sinal no <a href="http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/webface2.fcgi?jobid=60CCA2CD000075CDB3994954&wait=20">Signal IP-5.0</a>. </li> --- <div style='text-align:left;'> <p> <b style='font-size:35px'>Homo sapiens (human):</b> <a href="https://www.genome.jp/entry/hsa:4507" style='font-size:30px'>4507</a><br> <li> <b style='font-size:30px'>Methylthioadenosine phosphorylase - MTAP</b> <abbr style='font-size:20px;'> [EC: <a href="https://www.genome.jp/entry/2.4.2.28">2.4.2.28</a>]</abbr> </li> <br> <li style="text-align:left;font-size:20px;list-style: none;"> <b>Descrição:</b> MTAP é uma enzima da família das glicosiltransferases que catalisa a reação química Catalisa a fosforilação reversível de S-metil-5'-tioadenosina (MTA) em adenina e 5-metiltioribose-1-fosfato da via do metabolismo de cisteína e metionina em humanos. </li> <b style='font-size:18px;'> Via: </b> <a style='font-size:18px;' href="https://www.genome.jp/pathway/hsa00270+4507"> hsa00270 </a> </p> </div> ---