# Illumina demultiplex automatic pipline

illumina 定序儀產出的序列資料為bcl格式，對於生物資訊分析而言，須從fastq開始
因此原廠有提供下機後的bcl 轉換成fastq 的工具，原始碼也為perl

* **bcl2fastq Conversion**

illumina 定序儀產出的序列資料為bcl格式，對於生物資訊分析而言，須從fastq開始
因此原廠有提供下機後的bcl 轉換成fastq 的工具，原始碼也為perl
https://support.illumina.com/content/dam/illumina-support/documents/documentation/software_documentation/bcl2fastq/bcl2fastq_letterbooklet_15038058brpmi.pdf

* **bcl 轉換成fastq 架構**

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## 運作架構
主要是要把下機後的資料進行轉檔，根據自行設計的命名格式放置於儲存區保存與管理。
CoreQ 為資料存放ＮＡＳ
SEQ 是從server share nfs 磁碟區。


## Illumina 目錄結構



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## 流程執行方式
一個run 下來，要先跟wet助理確認這一次實驗設計方法，確認profile內的index


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## 對稱式的case (Asymmetric demultiplex)

下圖為下機之後的profile:


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## 歸檔與上傳

1. 到 raw_reads下的run folder　
2. 執行 (or use command line to transfer file)

$perl /home/ngs/transfer_file_to_CoreO.pl <h/m> <run_folder> <user>

3. 檢查產出檔案的md5，確保資料完整性
4. 將資料轉交給此用者

# 注意事項
* Sequencing issue
1. Server offline date
2. Sequencing on local ,space check
* runInfo & runParameter please backup

# 網路磁碟機