--- title: Des notebooks R plus reproductibles subtitle: Journées GT Notebook 2024 date: 2024-11-13 layout: notes header-includes: | <style> body { font-family: mono;} div.content {max-width: 800px;} div.notes {font-size: large; } code { font-size: 0.85em; } figure img { border: 2px #eee solid; border-radius: 5px;} figcaption { font-size: 1em; } /*section.level2 {display: initial; width: 60%; border-right: 2px solid #eee; }*/ section.level2 {border: 1px #ddd solid; border-radius: 3px; flex: 1 1 500px;} section.footnotes {display: inline-block; width: 60%; font-size: small;} section.footnotes hr {border-bottom-width: 2px} div.column{display: inline-block; vertical-align: top; width: 50%;} div.info, section.info {color: #31708f; background-color: #d9edf7; border-color: #bce8f1; border: 1px solid ; padding: 0.7em 1em; margin-bottom: 0.5em;} div.success, section.success {color: #3c763d; background-color: #dff0d8; border-color: #d6e9c6; border: 1px solid; padding: 0.7em 1em; margin-bottom: 0.5em;} div.warning, section.warning {color: #8a6d3b; background-color: #fcf8e3; border-color: #faebcc; border: 1px solid; padding: 0.7em 1em; margin-bottom: 0.5em;} div.danger, section.danger {color: #a94442; background-color: #f2dede; border-color: #ebccd1; border: 1px solid; padding: 0.7em 1em; margin-bottom: 0.5em;} ul { margin: 0 0 1em; } ol>li>a { text-decoration: underline; } a:visited {color: #2306ad;} .blue {color: blue;} .div130 { width: 130%; } code, .sourceCode { background-color: lavender;} </style> --- ## Bienvenue! :::info **Bienvenue sur la page de l'atelier _Des notebooks R plus reproductibles_ !** Vous êtes invités à participer à l'édition de cette page. Il suffit d'ouvrir sa source en cliquant sur le lien `edit on hackmd` en haut à gauche de la page : ![image](https://hackmd.io/_uploads/rJ51kEbk1l.png) Pour rafraichir cette page, cliquer sur le bouton `[Refresh]` en haut à gauche de la page Pour en savoir plus, consulter [la documentation](https://pinkmypad.net). ::: #R #reproductibilité ## L'atelier :::warning **Organisation :** Nicolas Roelandt, avec Sébastien R.C. & Hugues P. **Objectif·s :** L'objectif de l'atelier est de mettre en oeuvre plusieurs outils de l'écosystème R permettant d'améliorer la reproductibilité *computationelle* de traitements de données **Durée :** 2h **Méthodes :** L'atelier repose sur le principe de ... **Outils & librairies :** Quarto, Renv, targets, ... **Dépots git :** - Materiel : - [Support](https://gt-notebook.gitpages.huma-num.fr/workshop/je_notebook_2024/notebooks-r-plus-reproductibles/support/) - [Scripts](https://gitlab.huma-num.fr/gt-notebook/workshop/je_notebook_2024/notebooks-r-plus-reproductibles/scripts) ::: ## Déroulé de l'atelier :::info Cette section liste les étapes de l'atelier et indique les ressources nécessaires/disponibles pour chaque étape. ::: :::success Étape 1: Anatomie d'un notebook *Quarto* Étape 2: Renforcer les traitements avec *targets* Étape 3: Gérer l'environnement logiciel avec *Renv* Étape 4: Aller plus loin avec *Docker* ::: ## Prise de note :::info Cette section peut être utilisée librement comme espace d'organisation et de documentation pendant l'atelier. ::: :::warning **Participants :** _ajoutez vos noms ici_ ::: ## Compte-rendu :::info Cette section est utilisée comme espace de consolidation : synthèse des réalisation, difficultés/freins rencontré·e·s, pistes pour la suite, autre... ::: ### Réalisations ### Difficultés rencontrées ### Pour aller plus loin