Ecole SO SHS

ressources
Atelier Git, Forges Logicielles
Software Carpentries

enquêtes le Hackmd des enquêtes

TODO :

• Hugues fait le dépot sur le gt notebook

• Hugues Transformation Atelier pratique 1 en site web (et il faudra faire le AP 2)

• Sébastien

  • Chic Choc :
    • Python 100% (dév + publi)
    • Lisp 100% mais à tester (dév publi)
    • R 100% mais à publier en html
    • Make à passer en html à publier
    • Org-Mode 20%
  • Partie Install Jupyter + screenshoot (AM)
  • Finir commentaire Schéma Quarto/Jupyter / simplifier ; prise recul critique ; contexte économique (PM)
  • Contenu Atelier pratique Python (AM)
  • Scripts déploiements de la solution à l'atelier du matin : super notebook R ( Python c'est fait) (AM)
  • Image Python
  • Démo Renv (PM)
  • Démo Renv + cache
  • Paragraphe sur la reproductibilité

• Raphaëlle

  • explicitation (capture d'écran) pull request & merge sur slot 3 des sessions info dans un seul markdown
  • plan détaillé du cours dans README & sélection/structure des slides quarto

• Raphaëlle, Sébastien

  • Interet plurilingue !
  • Déroulé de la partie plurilingue deb/R/Python/Org = 1 à 2 points saillant (15 min ?)

Réunion le 30

Trouver un fil directeur tout de suite :

• Ticket chic/choc pour montrer la diversité :
  • debian (fait - transormer en html)
  • lisp (fait)
  • org-mode (a faire)
  • R (fait)
  • Python (a faire)
    => fonction computationelle et fonction thématique du Notebook en tant qu'outil
    => différence peut être entre l'objectif "DATA Science" et "l'objectif Logiciel" du LP
    => différence communauté de pratique au départ
    => ex de claerbout, figure sans montrer le code, pas du tout l'objectif initial du LP => les gens des notebook se réclame du LP mais en fait il n'en font pas vraiment.

Premier Slot 9h - 10h30
magistral

Pourquoi ces paradigmes & technologies apparaissent ? perspective question écoinfo & interopérabilité/reproductibilité technique

1/fichiers / lisibles & interopérables

• exemple docx / exemple txt (conversion docx en archives) (https://endof10.org/)
• langage de "balisage léger" (html, markdown, lowdown, rst, org, asciidoc ), tex (latex)
• AST - parser "pandoc" https://mystmd.org/sandbox, https://en.wikipedia.org/wiki/Abstract_syntax_tree
• collaboratif etherpad / hackmd - suivi & version / démo
  ajout
  

• partie code : exemple programming historian, mise en page

2/écriture partagée

• écriture en gras (ref https://ellanew.com/ptpl/161-2025-06-16-markdown-emacs-and-vim)
• apparence d'un code mais à jouer "à côté"
• spécificité / introduction notebook / "supprimer la dualité texte / code" voir https://elementr.gitpages.huma-num.fr/session_notebook/programmation_lettree/#/3/2

3/historique (de l'écriture informatique)

• Programmation Lettrée (voir slide LP)
• Notebook (voir slide https://elementr.gitpages.huma-num.fr/session_notebook/programmation_lettree/#/s-show voir Émergence de la recherche reproductible computationnelle)
• une réflexivité spécifique aux shs

4/question de la publication scientifique vs working paper

• un langage Turing complet vs langage de balisage (qui n'est pas nécessairement un langage de programmation)
• interprétations disciplinaires
• exemple notebook rzine (caractère polymorphe)

5/plurlingue - diversité de pratiques

• définition document computationnel ? multiplicité / complexité
• LP est une propriété qui n'est pas forcément incluse dans ces docs (exemple de la linéarité des "blocs de code" des notebooks alors que LP est la construction d'un récit)
• Exemples et des démo (générer du html statique)
• cultures scientifiques data science/DeepLearning vs explicitation de méthodes shs & R

6/Focus Jupyter et Quarto : processus/schéma/éosystème "compatible"

7/observation/réflexivité critique sur "nos pratiques"

• gt notebook (epistémo, écosophie, littératie, reproducibilité), inachevé d'imprimer
• journal of digital history (réf. médiéviste & ordinateur), bertin (géographie & code)
• actualité mooc rr

7bis/notebook / regards

Deuxième Slot 11h - 12h30
document computationnel versionné : individuel, cadré avec expérimentation en live

support site web quarto

• présentation de l'atelier
• choix de la technologie (script R, script Python)
• 2 déclinaisons Quarto ®, Jupyter (python)
  • construction du notebook
  • en-tête du document (.yml)
  • bibliographie liée (csl)
  • css
  • blocs de code
  • écriture / LP
• déploiement forge logicielle

Objectif : Passage script à un notebook, à l'échelle individuelle, env hétérogène

• Deux technos (quarto / jupyter), a priori les groupes ont déjà choisi en fonction de leur affinités : env rstudio Quarto Notebook
• Installation des packages
• Récupération de l'atelier pratique / TP et choix :
  • Jupyter Lab / Book / Mystmd avec R/Python
  • RStudio / Quarto avec R~~/Python~~
• Session info : discussions sur l'hétérogeneité des env.
• Déploiement CI pour les pages
  • création coté forge du gitlab-ci.yaml
  • a) fichier html

Conclusion : On a des environnements hétérogènes, comment fait on pour travailler collectivement avec tous le même environnement ?

Troisième Slot 14h - 15h30
pull request & merge version info des notebooks individuels

document computationnel versionné : collectif en groupe

Objectif : Comment le rejouer sur n'importe quel machine ? = Fixer la recette

• Théorie :
  • collectif = reproductif, harmonisation des pratiques
  • Reproductibilité : Pile logicielle = Bonne pratique
    • v1 = CI, c'est déjà ordinateur de quelqu'un d'autre, fixer l'environnement distant
    • v2 = Comment faire çà en local ? Renv/Pyenv
• Installation et Explication pour que çà marche :
  • VirtualEnv et pip
  • Rstudio et Renv
• Déploiement CI pour les pages (reproductibilité)
  • b) build site à chaque commit -CI/CD-

Question du collectif dans le slot ?

• Bascule sur le mode groupe, on en choisit un et on

• Modif perso - Git pull commit push

• Fork et pull request - choisit un collegue, il propose un pull request sur son dépot

• dépôt sur un dépôt perso gitlab

• Installation et Explication pour que çà marche :
  • VirtualEnv / Renv pour Rstudio
  • ? jupyter

Les gens manipulent les différentes technologies.

Quatrième Slot 16h - 18h
atelier

Normalement ils ont déjé créé un dépot git avec un script R ou Python, en local ou sur la forge, dans l'atelier précédent.

Scratch SEB

The following package(s) will be installed:

• plyr [1.8.9]
  These packages will be installed into "~/SOSHS/mon_super_notebook_R-main/renv/library/R-4.2/x86_64-w64-mingw32".

Do you want to proceed? [Y/n]:

Installing packages ––––––––––––––––––––––––––––

• Installing plyr … OK [installed binary and cached in 0.34s]
  Successfully installed 1 package in 0.41 seconds.

renv::status()
The following package(s) are out of sync [lockfile != library]:

CRAN –––––––––––––––––––––––––––––––––––-

• plyr [1.8.8 != 1.8.9]

See ?renv::status for advice on resolving these issues.

renv::snapshot()
The following package(s) will be updated in the lockfile:

CRAN –––––––––––––––––––––––––––––––––––-

• plyr [1.8.8 -> 1.8.9]

Do you want to proceed? [Y/n]: Y

• Lockfile written to "~/SOSHS/mon_super_notebook_R-main/renv.lock".

renv::restore()
It looks like you've called renv::restore() in a project that hasn't been activated yet.
How would you like to proceed?

1: Activate the project and use the project library.
2: Do not activate the project and use the current library paths.
3: Cancel and resolve the situation another way.

Sélection : 1

• Project '~/SOSHS/reproduce_mon_super_notebook_R' loaded. [renv 1.1.4]
• One or more packages recorded in the lockfile are not installed.
• Use renv::status() for more details.

renv::restore()
The following package(s) will be updated:

CRAN –––––––––––––––––––––––––––––––––––-

• askpass [* -> 1.1]
• base64enc [* -> 0.1-3]
• BH [* -> 1.81.0-1]
• brew [* -> 1.0-8]
  …
• webshot [* -> 0.5.4]
• withr [* -> 2.5.0]
• wk [* -> 0.7.2]
• xfun [* -> 0.39]
• yaml [* -> 2.3.7]