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# System prepended metadata

title: Produire des bibliographies commentées et annotées avec Zotero
tags: [zfrancophone]

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###### tags: `zfrancophone`
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:warning: Ne plus modifier - transfert Hypothèses en cours
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Produire des bibliographies commentées et annotées avec Zotero
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:::info
rédacteurs: Frédérique, Raphaël, Laure
relecteurs: Alain, Nicolas, Pascal
délai de rédaction: 15 avril
délai de relecture: 30 avril (rédaction + 15 jours)
date de publication: mardi 4 mai
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![image d'en-tête](url vers flickr ou autre)
_ajouter autant d'URL que de propositions de choix d'image_
https://flickr.com/photos/planeta/35437170735/
https://flickr.com/photos/rolexpv/50489915591/ :+1: 
https://flickr.com/photos/mimiw/2673498181/ *
https://unsplash.com/photos/mHjvJqvj1XE :+1: :+1: :+1: 
https://unsplash.com/photos/wUcRGmQIu0U :+1: 
https://unsplash.com/photos/f303VzauP6w 
https://pixabay.com/photos/graffiti-chalkboard-blackboard-love-2227941/
https://www.pexels.com/photo/adult-blur-books-close-up-261909/ :+1: 
https://www.pexels.com/photo/white-cat-on-brown-wooden-shelf-6853108/ **

\* pour rire, la licence n'est pas correcte
\** c'est le signe que j'ai besoin de vacances
> [name=Raphaël Grolimund] :laughing:

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[TOC]

:::danger
**A FAIRE**
- [x] verif bib de groupe Zfrancophone
- [x] maj readme github
- [x] références biblio et notes de bas de page
- [x] maj sommaire
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## Introduction

Dans son billet intitulé "La bibliographie annotée", Arthur Perret définit la "bibliographie annotée (ou bibliographie commentée) [comme] une liste de références, chacune faisant l’objet d’un commentaire par la personne qui se livre à l’exercice." ((https://www.zotero.org/groups/2233096/items/FATMPWCN)) Les informations fournies et la forme que prend la bibliographie peuvent varier, incluant ou non une évaluation de la source, la présentation des auteurs, l'indication du public-cible, la description des méthodes, etc., mais l'ensemble doit avoir une cohérence ((L'université de New South Wales Sydney consacre une page détaillée à la bibliographie annotée (définition, objectifs, etc.). https://www.zotero.org/groups/2233096/items/KH75XFAI)).

Dans ce billet, nous allons passer en revue les différentes possibilités de créer une bibliographie annotée avec Zotero en allant de la plus simple à la plus sophistiquée.

**Sommaire**

* Commenter ou annoter ?
* Introduire des commentaires brefs: la bibliographie commentée
* Ajouter des notes longues: la bibliographie annotée
* La bibliographie commentée ou annotée et réutilisable


## Commenter ou annoter ?

Nous nous proposons de distinguer dans ce billet la bibliographie **commentée** et la **bibliographie annotée**. 

Sur le fond, on distingue ainsi les **commentaires brefs**, qui peuvent avoir leur place à la suite de chaque référence dans une bibliographie intégrée à un document (c'est la bibliographie commentée), et les **annotations**, rédigées dans la perspective de la production d'une bibliographie autonome, d'un texte dont l'objet même est la bibliographie (c'est la bibliographie annoté). 

Cette distinction sur le fond correspond à une distinction technique, que l'on retrouve dans le langage CSL utilisé pour les styles bibliographiques Zotero. Ainsi que nous le mentionnions dans notre dernier [Bulletin de veille](https://zotero.hypotheses.org/3434), le langage CSL distingue note et annotation, auxquelles il associe deux variables distinctes.
 * La variable `note` est destinée à recevoir des notes ou "*short inline note giving additional item details (e.g. a concise summary or commentary)*" comme indiqué dans la spécification CSL, annexe 4. Le champ correspondant dans Zotero est le champ "Extra". Il n’est donc pas nécessaire de préciser le nom de la variable, le contenu de la note peut être saisi directement dans le champ "Extra".
 * La variable `annote` est quant à elle prévue pour les annotations, ou "*reader’s notes about the item content*" comme indiqué dans la spécification CSL, annexe 4. Il n’existe pas de champ standard équivalent dans Zotero, aussi faut-il recourir au champ "Extra" en utilisant le nom de la variable CSL comme préfixe : 
 
```
annote: texte de l'annotation.
```


## Introduire des commentaires brefs: la bibliographie commentée

Certains styles de citation permettent de créer rapidement une bibliographie commentée, pour autant que les commentaires aient été saisis de manière adéquate dans Zotero.
Parmi les styles de citation prêts à l'emploi disponibles dans le répertoire de Zotero (https://zotero.org/styles), au moins deux styles permettent de produire une bibliographie commentée:
* [American Psychological Association 7th edition (annotated bibliography)](https://www.zotero.org/styles?q=id%3Aapa-annotated-bibliography)
* [Chicago Manual of Style 17th edition (note, annotated bibliography)](https://www.zotero.org/styles?q=id%3Achicago-annotated-bibliography)

D'autres styles construits sur le même modèle sont proposés par certaines bibliothèques, comme la John M. Pfau Library (California State University, États-Unis), qui offre sur son site [un style MLA avec annotations](https://libguides.csusb.edu/c.php?g=234684&p=1557914).


Celles et ceux qui maîtrisent la personnalisation des styles CSL pourront adapter n'importe quel style à cet usage, simplement en ajoutant entre les balises *layout* l'élément suivant:

```
<text variable="note" display="block"/>
```

Pour ce billet, nous avons par exemple adapté le style "Cite Them Right 10th edition - Harvard" en [version annotée](https://github.com/zfrancophone/zfrancophone-blog/blob/ce2d72bab33e946efd7cdbaff13897b1ef4a1ddd/2021-05-bibliogr-annotees/harvard-cite-them-right-annotated.csl).

Pour compiler une bibliographie commentée à partir d'un de ces styles, il faut saisir le commentaire dans le champ "Extra" de la référence Zotero.

![zotero_champ_extra](https://pic.infini.fr/IJo1tkAE/pTzuxcw4.png)
> Légende : Insérer son commentaire dans le champ "Extra" de Zotero


Ces styles peuvent être utilisés de deux manières différentes. Si la bibliographie accompagne un texte rédigé dans un traitement de texte, les références citées apparaîtront suivies de leur commentaire dans la bibliographie finale. Il suffit alors d'utiliser un des styles précités à la place de celui utilisé habituellement. 

![zotero_ref_annotee](https://pic.infini.fr/a2P570YC/UxAb7h2A.png)
> Légende : Référence annotée dans une bibliographie générée avec le style "Cite Them Right 10th edition - Harvard (annotated)"

En revanche, si la bibliographie constitue l'essentiel de la production, il est conseillé d'exporter les références depuis Zotero avec l'option clic droit, puis "Créer une bibliographie à partir du (des) document(s)…" dans Zotero. Les références annotées pourront alors être copiées dans le presse-papier ou directement enregistrées sous la forme d'un fichier RTF (lisible dans tout traitement de texte).

S'il s'agit d'une technique très simple, elle comprend néanmoins plusieurs points d'attention à considérer. Le champ "Extra" est aussi utilisé pour d'autres objectifs et il comprend souvent des données importées automatiquement des bases de données (par exemple le n° PMID pour les références importées de PubMed). Comme ceux-ci comprennent en général un préfixe suivi de ":" (ex. **PMID:** 1736359 ou **type:** dataset), cela n'interfère pas avec le résultat final de la bibliographie, car seul le texte non précédé d'un préfixe sera exporté avec les styles CSL "annotated". Cependant, cela nuit au confort pour la saisie dans Zotero. De même, le champ "Extra" ne prévoit aucune facilité de mise en forme du texte. Au besoin, il faut ajouter manuellement des [balises HTML](https://fr.w3docs.com/apprendre-html/mise-en-forme-html.html) de mise en forme.


## Ajouter des notes longues: la bibliographie annotée 

Si le champ "Extra" peut être utilisé pour la saisie d'un commentaire bref, il devient rapidement insuffisant lorsqu'il s'agit de rédiger non plus un commentaire bref mais une annotation détaillée, dans l'objectif de produire une bibliographie annotée autonome, indépendante d'un texte.
Le recours aux "Notes" de Zotero s'impose alors, ce qui à la fois ouvre plus de possibilités et complique les choses. Si d'un côté l'utilisation des "Notes" autorise l'utilisation directe d'une fonctionnalité intégrée à Zotero, le "Rapport", elle rend en revanche plus difficile l'exploitation avec un style CSL. 

### Le rapport Zotero

L'outil le plus simple pour générer un document affichant à la fois les références bibliographiques et les notes qui leur sont associées est la fonctionnalité de "rapport" intégrée à Zotero. Si cette fonctionnalité a de multiples usages, présentés dans [la page de la documentation Zotero "Les rapports"](https://www.zotero.org/support/fr/reports), nous nous limitons ici à celui consistant à produire une liste des références incluant de façon lisible les notes associées à chaque document.
De la même façon que pour créer une bibliographie, il convient tout d'abord de sélectionner des documents ou une collection, puis de faire un clic-droit pour afficher le menu contextuel. Au lieu de choisir l'option "Créer une bibliographie...", il suffit de sélectionner "Établir un rapport...".
L'ordre de classement correspond à celui appliqué dans la bibliothèque Zotero lorsque vous générez le rapport : si vous souhaitez un classement par ordre alphabétique d'auteur puis par année, il convient d'appliquer ces critères de tri dans votre bibliothèque Zotero au préalable.

![copie_ecran_menu_rapport](https://i.imgur.com/aPselY3.png)
> Légende : "Etablir un rapport..." s'affiche dans le menu contextuel (clic-droit) d'une sélection de documents ou d'une collection, juste en-dessous de "Créer une bibliographie..." : les documents sont ici triés par "Créateur", puis par "Année".

Contrairement à la création de bibliographies où l'on peut choisir le style de citation, la langue, etc., la fonctionnalité de rapport n'offre aucune option de paramétrage du résultat produit. Une simple page HTML est générée, dont l'exploitation la plus aisée demeure la conversion en PDF grâce à l'option "Imprimer en PDF" intégrée au système d'exploitation. Les notes sont affichées à la suite des informations bibliographiques de chaque document sous une rubrique à part. Notez que la mise en forme appliquée dans les notes est conservée. ((Cet avantage ne devrait toutefois pas persister si la nouvelle fonctionnalité d'annotation des PDF intégrée à la prochaine version de Zotero s'accompagne bien de la suppression de l'encodage en HTML des notes, voir : https://www.zotero.org/groups/2233096/items/E93LE2I6)).

![copie_ecran_rapport_PDF](https://i.imgur.com/vmhrkEX.png)
> Légende : Une version PDF d'un rapport est facile à produire avec l'imprimante PDF intégrée au système d'exploitation ou au navigateur web. Vous pouvez télécharger cet exemple de rapport à l'adresse : https://github.com/zfrancophone/zfrancophone-blog/blob/master/2021-05-bibliogr-annotees/rapport_zotero.pdf

Comme on peut le constater dans l'exemple ci-dessus, seuls les champs pour lesquels une valeur est renseignée sont affichés. Pour un livre, on attendrait ainsi un lieu de publication, quitte à ce que ce champ ne comporte pas de valeur si le lieu est inconnu, or ce champ n'apparaît pas du tout. Ajoutons que si seuls les champs ayant une valeur sont affichés, tous ces champs sont affichés, y compris par exemple les dates d'ajout et de modification dans la bibliothèque Zotero, qu'on peut vouloir omettre d'un rendu bibliographique. Les liens vers les fichiers joints et les marqueurs sont également intégrés au rapport, or il s'agit également d'informations sinon indésirables, du moins superflues dans la majorité des cas.

Ces limites peuvent être partiellement palliées par différents outils permettant de personnaliser un rapport Zotero, et notamment de supprimer les champs indésirables mentionnés ci-dessus.

Deux modules complémentaires de Zotero offrent des solutions prêtes à l'emploi pour personnaliser les rapports Zotero. 

Le premier module complémentaire signalé sur [la page des modules complémentaires de Zotero](https://www.zotero.org/support/plugins) ne semble maleureusement plus fonctionner, aussi le mentionnons-nous rapidement. Il s'agit de [Report Cleaner](http://jasonpriem.com/projects/report_cleaner.php), développé par Jason Priem. Disponible sous la forme d'un formulaire web, "Report Cleaner" permet d'exclure des informations d'un rapport Zotero. Les champs suivants peuvent par exemple être sélectionnés par une case à cocher : 

* date de modification,
* date d'ajout,
* marqueurs.

D'autres champs peuvent être supprimés, il faut pour cela indiquer dans la boîte de dialogue leur intitulé en anglais.


> ![copie_ecran_report_cleaner_step2](https://i.imgur.com/nrZeJ5l.png)
> Légende : On sélectionne les informations à exclure à l'étape 2 du service en ligne "Report cleaner". Certaines informations peuvent être exclues par une case à cocher, pour d'autres il faut spécifier leur intitulé en en anglais.


Le second, [Zotero Report Customizer](https://github.com/retorquere/zotero-report-customizer/releases/latest), développé par Emiliano Heyns à partir de "Report Cleaner", constitue une bien meilleure option. Une fois "Zotero Report Customizer" installé, de nouvelles options apparaissent lorsque vous générez un rapport.


![zotero_report_customizer_edit](https://i.imgur.com/R5tvYdR.png)
> Légende : Cliquer sur le crayon affiché en haut à gauche du rapport active les options de modification.


Il est ainsi possible d'effectuer les modifications suivantes :

* modifier **le critère de tri** des références, en choisissant n'importe quel champ comme critère,
* modifier **l'ordre des informations** dans une référence (positionner l'auteur avant le titre par exemple),
* **supprimer des informations** ("Date d'ajout" par exemple).


![zotero_report_customizer_active](https://i.imgur.com/tYTsB8M.png)
> Légende : "Zotero Report Customizer" ajoute des icônes de modification à tous les champs d'un rapport.

Notez que les modifications appliquées à une référence s'appliquent à toutes les références du rapport. Cela a plusieurs conséquences:

* Il suffit d'effectuer une fois la modification pour qu'elle soit prise en compte dans toutes les références : supprimer la date d'ajout dans la première référence supprimera cette date dans toutes les références du rapport.
* Il peut être nécessaire de parcourir plusieurs références du rapport pour être sûr d'avoir bien supprimé toutes les informations indésirables. Si par exemple l'information "Catalogue de bibl." est présente seulement à partir de la cinquième référence de votre rapport et que vous souhaitiez la supprimer, vous devez parcourir votre rapport jusqu'à cette référence pour supprimer ce champ.

Signalons enfin une option bonus de ce module complémentaire, la possibilité d'insérer dans l'en-tête de chaque document du rapport une référence bibliographique complète au lieu du seul titre du document qu'elle décrit. Pour cela, il convient d'effectuer deux paramétrages:
* Choisir le style bibliographique à appliquer (APA dans l'exemple ci-dessous) : il s'agit du style sélectionné pour la Copie rapide, dans les _Préférences_ > _Exportation_ de Zotero.
* Modifier la valeur de la préférence cachée `extensions.zotero.report-customizer.bibliography` de `false` à `true`, accessible à partir de _Editeur de configuration_ dans les _Préférences_ > _Avancées_ de Zotero. 


![zotero_report_customizer_bibliogr](https://i.imgur.com/EWFLP04.png)
> Légende : "Zotero Report Customizer" permet d'insérer une référence bibliographique complète et rédigée pour chaque document


En combinant la suppression de tous les champs sauf les notes et l'insertion de la référence bibliographique rédigée, on peut ainsi produire une liste bibliographique dont le rendu s'éloigne de celui du rapport brut pour se rapprocher de celui de la bibliographie annotée.

![zotero_report_customizer_bibliogr_suppchamps](https://i.imgur.com/ju3XGT5.png)
> Légende : On se rapproche de la bibliographie annotée avec cette version du rapport limitée à la référence bibliographique rédigée et aux notes. Vous pouvez télécharger cet exemple de rapport à l’adresse :  https://github.com/zfrancophone/zfrancophone-blog/blob/master/2021-05-bibliogr-annotees/rapport_zotero_bibliogr.pdf

Avant d'en terminer avec le rapport de Zotero, ajoutons une troisième possibilité de personnalisation. Cette possibilité, présentée et mise à disposition par Arthur Perret dans son article "La bibliographie annotée" cité précédemment, consiste à modifier la feuille de style utilisée pour la mise en forme du fichier HTML ((https://www.zotero.org/groups/2233096/items/FATMPWCN)).


### Exploiter les "Notes" avec un style CSL

Si le rapport Zotero permet de s'approcher du rendu attendu pour une bibliographie annotée, il présente toutefois des limitations, notamment en termes de format et de mise en forme.

L'exploitation des "Notes" avec un style CSL ouvre des possibilités bien plus étendues.
Comme nous l'indiquions au début de ce billet, la difficulté réside dans l'impossibilité d'exploiter directement le contenu des "Notes" pour une mise en forme avec un style CSL au moyen des fonctionnalités de Zotero.

Il convient pour ce faire de passer par un format tiers, le format BibTex, dont le champ `annote` correspond à la variable CSL `annote`. Pour inclure les "Notes" Zotero dans un fichier BibTex, il suffit de cocher la case "Exporter les notes" au moment de l'export.

Il convient également de créer un style bibliographique CSL utilisant la variable `annote` puisque, comme nous l'avons vu dans la première partie, les styles disponibles dans l'entrepôt Zotero utilisent la variable `note` (donc le champ Extra de Zotero).

> [name=Nicolas Chachereau] Autre question: est-ce que vraiment aucun style dans les dépôts officiels ne permet de faire ce que vous présentez?
> Un `grep` dans ma copie du répertoire me sort les styles CSL suivants qui utilisent `annote`: harvard-university-of-bath.csl, universitat-heidelberg-medizinische-fakultat-mannheim-numeric.csl (qui ne distingue pas entre note et annote), antarctic-science.csl, apa-cv.csl, zeitschrift-fur-theologie-und-philosophie.csl, catholic-biblical-association.csl, et society-of-biblical-literature-fullnote-bibliography.csl − mais il semble qu'en tout cas pour des deux derniers styles, il s'agit d'un usage bricolé, qui ne correspond pas à ce vous discutez ici, cf. https://forums.zotero.org/discussion/comment/317370, auquel renvoie un des styles. Je n'ai pas vérifié l'usage dans les autres…
> [name=Raphaël Grolimund] Les tests que j'ai effectué avec quelques styles proposés ci-dessus n'ont rien donné de concluant.
> Je revérifierai lors de la relecture.

Il convient enfin et surtout de choisir les applications pour compiler le tout en une bibliographie mise en forme. Nous renvoyons à nouveau à la lecture du billet d'Arthur Perret "La bibliographie annotée", qui décrit l'usage de fichiers Markdown, BibTex et CSL compilés par Pandoc pour produire le résultat souhaité.

Il est ainsi possible de créer différents types de bibliographie commentée ou annotée, de façon plus ou moins simple en fonction du résultat souhaité.

Avec notre précédent billet [Produire des bibliographies réutilisables avec Zotero](https://zotero.hypotheses.org/3503) encore en tête, voyons comment combiner bibliographie commentée ou annotée et bibliographie réutilisable.


## La bibliographie commentée, annotée et réutilisable

> [name=Raphaël Grolimund] À la relecture, un "ou" + un "et" dans ce titre, ça me pose un problème.
> 
> [name=Frédérique Flamerie]Proposition (je n'ai malheureusement pas mieux, je continue de réfléchir): Bibliographie commentée, annotée et réutilisable?
> 
> [name=Raphaël Grolimund] Merci. Je trouve que c'est mieux.

Bien sûr, lorsque vous mettez une bibliographie à disposition dans un groupe Zotero, les notes sont partagées, mais il n'est pas possible d'afficher les informations bibliographiques et les notes en même temps, car elles sont dans deux onglets différents.

![](https://i.imgur.com/rrWs7oG.png)

![](https://i.imgur.com/xdwtc7l.png)
> Légende : Affichage des informations bibliographiques (en-haut) et des notes (en bas) dans une bibliothèque Zotero de groupe en ligne.

Dans le [billet précédent](https://zotero.hypotheses.org/3503), nous vous présentions plusieurs voies pour créer une bibliographie réutilisable. L'une d'entre elle, Kerko, conserve les notes attachées aux références, les affiche ensemble et permet de créer une bibliographie annotée et réutilisable. 

Nous avions relevé que Kerko est plus difficile à prendre en main, nécessite d’avoir un serveur web à disposition et de savoir installer une application écrite en Python. Si cela n'est pas un problème pour vous ou vos collègues, vous pouvez aisément rédiger les annotations de chaque référence dans les notes et les afficher sous la référence.

![](https://i.imgur.com/xaz75Xo.png)
> Légende : Référence provenant de la bibliographie annotée ["bibliothèques et espaces de création numériques"](https://www.zotero.org/groups/2601500/labiblio) visualisée sur une instance de test de Kerko

En plus d'afficher les notes liées aux références, Kerko conserve également la mise en forme que vous prendriez la peine de leur apporter.

![](https://i.imgur.com/6jG88lQ.png)
> Légende : Exemple de mise en forme conservée par Kerko, ici l'italique, dans les notes liées à une référence.


## Conclusion

Que vous souhaitiez partager vos notes de lecture ou que vous souhaitiez créer une bibliographie commentée de manière collaborative, nous espérons que ce billet vous a donné des pistes, si ce n'est des outils. N'hésitez pas à partager vos productions avec nous en commentaire de ce billet. Nous serons ravis de joindre ainsi la théorie à la pratique. Et pour lancer le mouvement, nous publions, en même temps que ce billet, un bref [retour d'expérience](https://zotero.hypotheses.org/3553) sur la création d'une bibliographie commentée par 3 étudiants de dernière année de la Haute école de gestion de Genève, filière Information documentaire, sur les "bibliothèques et espaces de création numériques".

Rappel de la mise en ligne des référence dans le groupe Zotero (https://www.zotero.org/groups/2233096/zfrancophone/items/tag/[nom_du_tag]) et du dépôt Github (https://github.com/zfrancophone/zfrancophone-blog).


:::info
**Pour rappel**:
> [name=Frédérique Flamerie]déplacer ce rappel, ou au moins le lien vers le mode d'emploi, en tête du modèle?
> 
> [name=Frédérique Flamerie]et insérer les exemples pour les illustrations, les liens, etc. dans le corps du texte à la section1.1 par exemple?

Mode d’emploi rédaction d’un billet pour le blog Zotero francophone: 
https://hackmd.io/5X_2ML3iQQaWq-1NmwBlBw

documentation HackMD:
https://hackmd.io/features

ajouter une illustration: ![titre de l'image](lien vers framapic.org)

ajouter un lien: [nom du lien](url)

code: ```code```

bloc de code: mise en forme dans Hypothèses : https://hackmd.io/5X_2ML3iQQaWq-1NmwBlBw?view#Code

citations: https://hackmd.io/5X_2ML3iQQaWq-1NmwBlBw?view#Citations
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