# 8/15 - QCツール検討

|ツール名|公開日|引用数|githubスター数|ライセンス| コメント|
|---|---|---|---|---|---|
|[FastQC](https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/) |2010/4/10| - |90|GPL v3 | Java製。[プロット例](https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/good_sequence_short_fastqc.html)|
|[AfterQC](https://github.com/OpenGene/AfterQC)|2017/3/14|[128](https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/17/i884/5093234)|612|MIT| Python製。[プロット例](http://opengene.org/AfterQC/report.html)|
|[fastp](https://github.com/OpenGene/fastp)|2018/9/8|[45](https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/17/i884/5093234)|146|MIT| C/C++製。AfterQCの後継。FASTQC + Cutadapt + Trimmomatic + AfterQCのほとんどの機能をカバーしており、いずれよりも2〜5倍高速。[プロット例](http://opengene.org/fastp/fastp.html)|
|[MultiQC](https://github.com/ewels/MultiQC)|2016/6/16|[435](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btw354) |524|GPL v3 |Python製。各種QCツールのラッパー。アライメント前のQC まで一貫して可能。[プロット例](https://multiqc.info/examples/rna-seq/multiqc_report.html)|
|[fastqp](https://github.com/mdshw5/fastqp )|2014/6/7 |-|79|MIT| Python製。より柔軟なプロットが可能。[プロット例](https://github.com/mdshw5/fastqp/tree/master/examples)|
|[Quack](https://github.com/IGBB/quack)|2018/1/28|[2](https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0003269718300630)|2|GPL v3 |C製。FastQC、fastqpより高速。[プロット例](https://github.com/IGBB/quack/blob/master/images/paired.adapter.png)|
|[ClinQC](https://sourceforge.net/p/clinqc/wiki/ClinQC_Manual/) |2015/4/5| - | - |GNU v3 | Python製。PRINSEQ、FastQCのラッパー。Illumina、454/Roche、Ion torrentに対応。|

調査対象

- 各種公開論文
- [bioStars](https://www.biostars.org/)