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tags: Stages
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Sujet de stage niveau M2 biostat/microbiote/longread
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### Etude de la transmission des espèces bactériennes du microbiote maternel fécal vers les microbiotes des descendants chez le porc à partir de données amplicon long-read 16S-ITS-23S

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# Contexte de travail

L’animal et ses microbiotes forment un organisme composite, appelé holobionte. A l’interface entre le bol alimentaire et l’épithélium intestinal, le microbiote de l’intestin constitue la communauté microbienne la plus riche et diverse de l’holobionte. Cette communauté contribue au développement et à la physiologie de son hôte. En particulier, le microbiote intestinal participe à la métabolisation de certains aliments et à la production de composés essentiels et joue un rôle dans la défense contre les agents pathogènes. La colonisation du microbiote démarre réellement à la naissance de l’individu. Comprendre les mécanismes de colonisation et la dynamique d’établissement de la communauté microbienne de l’intestin permettrait d’optimiser les échanges symbiotiques nécessaires au bon développement de l’holobionte. La communauté microbienne intestinale d’un nouveau-né est un sous-ensemble d’une méta-communauté plus large comprenant toutes les espèces présentes dans son environnement immédiat. Toutefois, la capacité des microbes de la communauté maternelle à coloniser de manière durable le microbiote intestinal des descendants n’est pas bien connue.


D’un point de vue technologique, l’exploration des communautés microbiennes repose majoritairement sur l’analyse de séquences d’amplicons d’une partie limitée à 500 pb d’un gène marqueur de phylogénie (gène codant l'ARNr 16S), c'est ce qu'on appelle le [métabarcoding](https://bioinfo-fr.net/metabarcodes-de-ladn-environnemental). Ces technologies de séquençage restreignent l’affiliation taxonomique des microbes au genre. Les dernières avancées en matière de séquençage, donnent désormais accès à la séquence complète de l’opéron des gènes ribosomiaux [16S-ITS-23S](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30815250/) et permettent ainsi de déterminer la composition des communautés à l’échelle de l’espèce voire de la souche.


# Objectifs et déroulement prévisionnel du stage

L’objectifs sera d’étudier la transmission des espèces bactériennes du microbiote des truies vers celui de ses porcelets et d’en évaluer la persistance de la naissance au sevrage. Dans ce cadre, il s’agira de:
1. réaliser et d’optimiser le traitement bioinformatique de séquences long-read 16S-ITS-23S en utilisant les [pipelines](https://frogs.toulouse.inrae.fr/) disponibles sur le cluster de calcul pour réaliser l’affiliation taxonomique.
2. de proposer et réaliser des analyses statistiques permettant de valider ou non, la transmission et la persistance au sein de la fratrie des taxons microbiens à l’échelle de l’espèce et de la souche.


### Mots clés :
métabarcoding, séquence long-read, microbiote, santé, statistique

# Formation et compétences recherchées

Master 2 ou école d’ingénieur. La maitrise des biostatistiques et du logiciel R est souhaitable. Des connaissances en bioinformatique seraient un plus.

# Environnement et conditions du stage

Le stage se déroulera à l’UMR [GenPhySE](https://genphyse.toulouse.inra.fr
), centre de recherche [INRAE Toulouse Occitanie (site de Castanet-Tolosan)](https://www.inrae.fr/centres/occitanie-toulouse) au sein de l’équipe MuSe (ex NED) dont l’objectif est d’étudier les interactions entre le microbiote et son hôte pour promouvoir la santé digestive. Le stage de 6 mois pourra débuter *entre janvier et mars 2025 (à convenir avec le ou la candidate)*.

# Rémunération :
4.35 €/heure soit 629 € en moyenne par mois.

# Candidature, veuillez contacter

Sylvie Combes, Ingénieure de recherche INRAE, [e-mail]
Géraldine Pascal, Ingénieure de recherche INRAE, [e-mail]
Lucas Auer, Ingénieur de recherche INRAE, [e-mail]
Gabryelle Agoutin, Ingénieure d'étude INRAE, [e-mail]