# 銳準系統手冊

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## 更新紀錄

[reference link](https://hackmd.io/@bnwTJ4pfS_6zkWaDozSe5w/HkpXJizeJx)

## 使用教學

- 首頁


點擊右上角Login按鈕登入，帳號密碼管理使用Auth0

### 客戶
#### 新增客戶

- 滑鼠移到上方導覽列中的Source，點擊Clients


- 點擊New按鈕


- 填入客戶資訊，並點擊Add Client按鈕


- 完成新增


#### 編輯客戶

- 點擊右側三個點


- 按下Edit Client按鈕


- 完成修改客戶資訊後，按下Update Client，完成更改


### 檢體

#### 新增檢體

- 滑鼠移到Source，點擊Samples


- 按下右側New按鈕


- 填入檢體資訊，按下新增Add Sample


- 完成新增


#### 編輯檢體

- 點擊右側三個點


- 按下View Sample Details


- 按下Edit sample


- 完成更改，按下Update Sample

### 專案

#### 新增專案

- 滑鼠移到上方導覽列中的Source，點擊Projects


- 點擊New按鈕


- 填入資訊，並按下Add Project


- 完成新增

#### 編輯專案

- 點擊右側三個點


- 按下View Project Details


- 編輯資訊，並按下Update Project完成編輯


### 檢體盤

#### 新增檢體盤

- 滑鼠移到Experiment，並按下Sample Plates


- 按下New按鈕


- 填入名稱與選擇盤面大小


- 完成新增檢體盤


### 實驗

#### 新增實驗

- 滑鼠移到Experiment，並點擊Experiments


- 按下New按鈕


- 填入實驗相關資訊


- 選擇檢體盤樣式


- 選擇格子，填入檢體資訊


- 按下Add Experiments


- 完成新增


#### 編輯實驗

- 滑到最右邊，點擊右側三個點，並點擊View Experiment details


- 可以在這個頁面點擊Edit Experiment並更改資訊


- 編輯完後記得按下Update Experiment的按鈕


- Sample Plates的頁面是可以直接編輯的，邏輯與新增時一致


### 質譜儀分析

#### 新增質譜儀分析

- 滑鼠移到Experiment，並點擊MS Analyses


- 按下New按鈕


- 填入質譜儀相關資訊，完成後按下Add Experiment


- 完成新增質譜儀分析


#### 編輯質譜儀分析

- 點擊右側三個點，並點擊View MS Analysis details


- 點擊Edit Experiment按鈕


- 完成編輯後，按下Update Experiment按鈕完成編輯


### 基本查詢

- 有些頁面有Filter的功能，直接使用即可

## 匯入匯出範例檔案

### 匯入檢體

- 格式

|id|studyId|type|clientId|key1|key2|key3|
|---|---|---|---|---|---|---|
|mxid1|s1|serum|51cec997-ce0d-4430-94af-9d1f2c07a50e|value1_1|value1_2||
|mxid2|s2|frozen tissue|65a572c5-823c-4395-9355-3e5472a1051a||value1_2|value2_3|

<a href="data:text/csv;charset=utf-8,id%2CstudyId%2Ctype%2CclientId%2Ckey1%2Ckey2%2Ckey3%0Amxid1%2Cs1%2Cserum%2C51cec997-ce0d-4430-94af-9d1f2c07a50e%2Cvalue1_1%2Cvalue1_2%2C%0Amxid2%2Cs2%2Cfrozen%20tissue%2C65a572c5-823c-4395-9355-3e5472a1051a%2Cvalue1_2%2C%2Cvalue2_3" download="sample.csv">
Download CSV
</a>

### 匯入MS Analysis

- 格式

|id|experimentSampleId|batchDate|flowRateUnit|flowRate|scanType|precolumnOrTrap|analyticalColumn|runtimeMin|methodName|
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|id1|sampleId1|"2024-12-23"|uL/min|1|DDA|C|D|1|F|

<a href="data:text/csv;charset=utf-8,id%2CexperimentSampleId%2CbatchDate%2CflowRateUnit%2CflowRate%2CscanType%2CprecolumnOrTrap%2CanalyticalColumn%2CruntimeMin%2CmethodName%0Aid1%2CsampleId1%2C%222024-12-23%22%2CuL%2Fmin%2C1%2CDDA%2CC%2CD%2C1%2CF" download="ms_analysis_sample.csv">
Download CSV
</a>

#### flowRateUnit Allow Value

- nL/min
- uL/min

####

### 匯入Experiment Sample

- 格式

|sampleId|sampleAmount|sampleUnit|
|---|---|---|
|A2023-00001|1|ug|
|A2023-00002|3|uL|
|A2023-00003|5|ug|

<a href="data:text/csv;charset=utf-8,sampleId%2CsampleAmount%2CsampleUnit%2Ctype%0AA2023-00001%2C1%2Cug%2CEDTA%20plasma%0AA2023-00002%2C3%2CuL%2CEDTA%20plasma%0AA2023-00003%2C5%2Cug%2CEDTA%20plasma" download="experiment_sample.csv">
Download CSV
</a>

#### type Allow value:

- EDTA plasma
- heparin plasma
- serum
- frozen tissue
- FFPE tissue
- cell lysate
- culture medium
- buffy coat
- urine

#### sampleUnit Allow value:

- uL
- ug

### Project批次匯入Sample

- 格式

1. sampleId: 來自Sample的MXID

|sampleId|key1(optional)|key2(optional)|
|---|---|---|
|A1|V1|V2|

<a href="data:text/csv;charset=utf-8,sampleId%2Ckey1%2Ckey2%0AA1%2CV1%2CV2" download="project_batch_import.csv">
Download CSV Template
</a>