# Rede de Co-ocorrência com Cytoscape

[](https://cytoscape.org/)

## Dados referentes à co-ocorrência

Neste tutorial vamos considerar os dados de co-ocorrência obtidos por correlação e que está no seguinte formato:

| Taxon1 | Taxon2 | Correlation | P.value
| --------------------- | --------------- | -----------| -------- |
| Acinetobacter_lwoffii | Dietzia_sp | -0.932 | 0.0068 |
| Acinetobacter_lwoffii | Oribacterium_sp | -0.9313 | 0.0069 |
| ... | ... | ... | ... |

O arquivo completo pode ser obtido [aqui](https://www.dropbox.com/s/e1aupz44977eqh4/corr_table.csv?dl=0) em formato .csv.

O arquivo foi obtido utilizando o Programa [MicrobiomeAnalyst](https://www.microbiomeanalyst.ca) e um tutorial para obter a rede pode ser consultado [aqui](https://hackmd.io/@lamoroso92/corr_network).

## Configurando o Cytoscape

Antes de utilizar o [Cytoscape](https://cytoscape.org) é necessário instalar um complemento chamado [enhancedgraphics](http://apps.cytoscape.org/apps/enhancedgraphics).

Em Apps >> App Manager...:

Faça a busca pelo nome do complemento e instale caso ainda não tenha sido instalado antes. No caso abaixo, esse complemento já foi instalado.

## Importação da rede de co-ocorrência

Em File >> Import >> Network from file...:

Abrir o arquivo corr_table.csv:

Selecione o nó de origem (*source*):

Selecione o nó alvo (*target*):

:::info
Note os símbolos: origem e alvo nas respectivas colunas:
Depois carregue a rede clicando em **OK**.
:::

## Importação das anotações dos atributos da rede

Baixe o arquivo de anotação com a seguinte formatação:

| taxon | mean.temp | mean.trop | mean.sum |
| --------------------- | --------- | --------- | ----------- |
| Acinetobacter_lwoffii | 52.33 | 24.67 | 77.00 |
| Actinomyces_meyeri | 19.33 | 0.00 | 19.33 |
| ... | ... | ... | ... |

O arquivo deve conter os valores de abundância já normalizados entre as duas condições, que neste caso são **mean.temp** e **mean.trop**, a outra coluna é a soma das duas condições (**mean.sum**).
Obtenha o arquivo completo [aqui](https://www.dropbox.com/s/c1dq6q7cktxutvz/femeas_abund.txt?dl=0).

Execute o script [create_pie_annot_file.pl](https://www.dropbox.com/s/nm84mmu25f7porc/create_pie_annot_file.pl?dl=0) para adicionar coluna extra para ser utilizada pelo enhancegraphics:

./create_pie_annot_file.pl -i femeas_abund.txt -c red,blue > attr_table.csv

## Modificar o estilo

Abra a aba **Style** do menu lateral e depois nesse mesmo menu, abaixo, na aba **Node**.

Faça a importação do arquivo de anotação recém gerado ("**attr_table.csv**"):

File >> Import >> Table From File ...:

Verique: **Importa Data as** **Note Table Columns**.

Caso não tenha importado corretamente, em **Advanced Options** selecione o delimitador "**TAB**", e retire a vírgula "**,** (comma)" e **OK**:

Escolha estilo **Sample1**.

Em **Fill Color** Selecione fundo branco e transparência.

Em **Image/Chart 1** column **enhancedGraphics** e Mapping Type **Passthrough Mapping**.

Em **Border Width** selecione 1.

Em **Size** selecione **mean.sum** em Column e **Continuous Mapping** em Mapping Type. Ajuste o Current Mapping, clicando na pequena janela ao lado do item.

Em **Label** selecione **scientific_name** em Column e **Passthrough Mapping** em Mapping Type.

Abaixo, na aba **Edge** Properties >> Show all:

Abaixo, Selecione a caixa de seleção **Edge color to arrows**.

Remova a etiqueta das relações **Label** clicando na lata de lixo (**Remove Mapping**).

Em **Color (Unselected)** selecione **Correlation** em Column e **Continuous Mapping** em Mapping Type. As cores de azul a vermelho, de -1.0 a 1.0 aparecerão.

Em **Width** selecione **Correlation** em Column e **Continuous Mapping** em Mapping Type. Ajuste o Current Mapping, clicando na pequena janela ao lado do item. Acrescente um ponto central clicando em **Add**. Ajuste o mínimo e máximo em **Set Min and Max...**, mínimo -1.0 e máximo 1.0. Depois ajuste a largura máxima do lado esquerdo e do lado direito em 2.

No menu acima **Layout**, selecione **Circular Layout** e **All Nodes**, ou outro layout, como o **Degree Sorted Circle Layout**.

Salvar o resultado com **Save as**.
O resultado desta análise está [aqui](https://www.dropbox.com/s/11jqngkjig4oes6/female_trop_temp.cys?dl=0).

Para gerar uma imagem, vá em File >> Export >> Export Network As Image: