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# System prepended metadata

title: Sequenciamento SARS-COV-2

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# Sequenciamento SARS-COV-2 #

Premissas:

1. O projeto deve ser independente dos sistemas originais mendelics
2. O projeto deve evoluir para virar um produto de sequenciamento de virus
3. O sistema deve ser capaz de registrar dados básicos da amostra:
    - Identificador
    - Remetente
    - ~~Data da coleta~~
    - Data do envio à Mendelics # Required
    - Data do sequenciamento da amostra
    - Cidade da coleta
    - Estado da coleta
    - CT (valor do PCR)
    - Metadado de posição da placa/id do tubo
    - RNA Extraído x Saliva

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Aqui, futuramente podem ser adicionadas as informações:

- Posição na placa de extração de RNA
- Quantificação de RNA (não é o CT., unidade: ng/ul)

-->
4. O fluxo de bancada Mendelics será em placa
5. Para sars-cov-2 deve haver um pipeline ARTIC disparável em WDL
6. Get de amostra:
    - Metadados gerais
    - Classificação da mutação do vírus ()
    - Resultados vcf


Fluxo em placa:
    - 96 posições, podendo ser incompleta
    - sempre vai ter barcode nas amostras
    - uma das 96 posições é controle negativo, última posição após as amostras
    - deve haver um mapa da placa - um por diluição, um por código de amostra, um por CT
    - Fluxo:
        1. Se for interna, talvez quantificar (dado da amostra). Se for externa, verificar o CT.
        2. Dependendo do valor do CT, a amostra é diluída 1/10 ou 1/100 (hoje é anotado em uma tabela) - Bibiana vai compartilhar 15-18: 1/10, 12-15: 1/100, acima de 18, não dilui
        3. 
        4. Os barcodes são numerados de 1-96, 95 amostras e 1 barcode
        
Corrida:
Verificar formato de sample sheet.
Dados de entrada manual (sem sample sheet):
- nome da corrida
- kit
- barcodes
- nome das amostras (não é preenchido)


Os externos (Butantan) devem ser capazes de cadastrar

No fluxo de inserção de uma corrida, temos algo semelhante ao Core LAB, com presets de placas.

Ao inserir as amostras, temos as seguintes colunas na app:

* Amostra
* Índice/Barcode
* Sequência do Barcode
* CT

Com isso, são gerados 2 mapas:

1. Mapa com diluição na placa, calculado com f(CT)
2. Mapa das Amostras


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TBD

No banco, precisamos modelar com uma tabela `samplesheet`, com a seguinte modelagem:

- Barcode
- Corrida

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Fluxo Lab

Requisito:
- Order by data da amostra

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