# TaiBIF Open Data Toolkit (ODT) 教學文件
TaiBIF Open Data Toolkit 是一個專門針對生物多樣性資料整合的工具，採用了國際生物多樣性領域常用的 Darwin Core 資料標準， 旨在幫助使用者建立並有效管理、編輯、驗證和清理生物多樣性資料集。若想要建立資料模板、資料編輯管理和發布，此工具將能引導您進入理想的資料管理流程，並協助管控資料品質。

簡單來說就是在這個工具上傳你要檢查的資料，檢查有沒有重複、缺漏、符合格式。

## 聯絡資訊
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中研院生物多樣性研究中心 TaiBIF
信箱：[e-mail]

資料管理：高得愷 Derek Kao（[e-mail]）
GitHub：[TaiBIF Open Data Toolkit repo](https://github.com/TaiBIF/data-tool)
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## 1. [安裝載點](https://portal.taibif.tw/zh-hant/tools)
- 分為 Windows、MacOS_intel、MacOS_Arm 三個版本，請分別對應自己的系統安裝
- MacOS 用戶可以將磁碟映像檔的內容拖移置應用程式 Finder，方便下次開啟。
## 2. 開啟應用程式
- 開啟時會有終端機、命令式提示字元(黑色畫面為底的介面)可以不必理會沒關係
## 3. 建立專案
- 填寫建立專案名稱 ⭢ 確認建立
- 完整建立專案後，可以在「開啟專案」重新開啟。
## 4. 資料模板
- 選擇模板 ⭢ 選擇欄位
- 此階段是需要找出自己的資料所對應在工具上的欄位。

- 自訂模板：根據過去自己所建立的欄位帶入，可以在勾選欄位完後儲存模板。
- 主題：目前預設生態調查、寄生蟲調查、eDNA/Metabarcoding、長期生態站
- 主要提供建議該主題的欄位使用。
- **資料集類型** (必填)
- 提供 DwC 核心資料集的欄位，同時預設特定欄位為必填。
- Checklist 物種名錄的必填欄位為 scientificName、taxonID、taxonRank。
- LTSER 長期生態站上 dataID 為必填欄位
- 延伸資料集 (選填)
- 在核心資料集之外的選擇
- 新增修改自訂欄位
- *自行新增以上都沒有的欄位名稱*
- 欄位類型可分為四種：字串、數字、日期、字串、數字、日期、布林值
- 欲加入模板係指會將自訂欄位加入指定的資料集類型。
- 儲存模板後再次選擇自訂模板，點擊下一步。

## 5. 編輯資料
- 匯入資料至當前資料表，並選擇要匯入的 csv 檔，<span style="color: red;">目前僅支援 utf-8 格式匯入</span>。
- 匯入資料後可見左邊檢視欄位是匯入檔案的所有欄位，沒有被右邊對應到的欄位會用<span style="color: red;">紅色顯示</span>。匯入檔案欄位會預設資料模板欄位可以對應到的，如有不符可以透過下拉選單更改。確認匯入完成之後即可檢視資料。
## 6. 資料驗證
- 縱覽所有的錯誤訊息
## 7. 資料清理
- 快速定位編輯
- 在左側錯誤訊息欄位中，點擊相應的 Index，即可自動跳轉到該行，方便您直接手動修改該 cell 的內容。
- 快速向下填充
- 內容篩選：<span style="color: red;">先點選欄位標題再接續動作</span>
- 針對「整個欄位」批次修改
- 文字篩選：<span style="color: red;">先點選欄位標題再接續動作</span>
- 模糊搜尋可以在不完全正確的情況下，篩選出匹配的資料
- 如果要搜尋有空值的列，請勾選「正則表達式搜尋」並用語法「^$」進行搜尋

- 字串取代
- 針對欄位內的字串進行替換
- 串接物種 API
- 串接需要一些時間，請耐心等候系統回應
- 根據 scientificName 欄位的內容，串接 TaiCOL API 獲取物種的上階層分類資訊，並將結果新增至資料表中
- 分類資訊以 TaiCOL 為優先。若 TaiCOL API 無法配對該物種，則改以 GBIF API 進行查詢補充

## 8. 下載結果
- 最後透過不斷地再次驗證直到獲得沒有錯誤訊息的資料，最後下載清理結果 🎉

## 9. [問題回饋](https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSevZ-zb2L2wopAXCylrCzR_VSmRuiZaL1B8IW2vvE1NBcvtjw/viewform)
- 給我們一些回饋吧！