# IBS pipeline

###### tags: `fccps.it`

## Inside script

#!/bin/bash

cd /data/ibsresults 

ls *.mzML

База FASTA.

DB=../current.fas

Скачивается с UNIPROT либо собирается philosopher.

+Контаминанты (!!)
Trypsin, LysC (др. ферменты), BSA, кератины кожи
philosopher умеет добавлять

FBS - у нас есть снятый.
прибавляем его когда делаем протеомику по кл. линиям

Для Identipy:
-db: путь до базы
-cfg: путь до конфига с настройками протеомики
-prefix: префикс перевернутых белков в базе
-nproc: количество ядер
-dino: путь до программы feature detector-а
(Dinosaur / Biosaur)
-demixing: разбор гибридных спектров (только если есть feature detector)

Identipy + scavager в цикле на все спектры:

for fn in `ls *.mzML`;
do
        fnb=`basename -s .mzML $fn` 
        ls -lht $fnb.mzML

        identipy \
         -db $DB \
         -cfg ../current.cfg \
         -prefix rev_ \
         -nproc 16 \
         -dino ../runbsr.sh \
         -demixing \
         ${fnb}.mzML

        scavager ${fnb}_identipy.pep.xml -p rev_ -fdr 5.0
done;

Сборочный scavager

scavager *.pep.xml -p rev_ -q -db $DB -fdr 1.0

Сделать папочку:
- working sample
- папку с базами для человечек, мышь, крыса
- конфиги для Lumos, HF