###### tags: `fccps`, `gz`

# Термины и сокращения

## Русскоязычные термины и аббревиатуры
- АФК -- активные формы кислорода;
- Ауранофин -- противовоспалительный иммуносупрессивный пероральный препарат, органическое соединение золота. За рубежом применяется при ревматоидных артритах. В России лекарственные средства с ауранофином не зарегистрированы. Предположительно действие ауранофина основано на ингибировании ферментов, регулирующих внутриклеточный окислительно-восстановительный потенциал и свободные радикалы кислорода — тиоредоксин-редуктазы и каппа-B-киназы. Блокирование этих ферментов приводит к окислительному напряжению в клетках с последующим апоптозом;
- Безмасштабная сеть -- граф, для вершин которого вероятность иметь порядок k имеет имеет степенную зависимость от k;
- ВЭЖХ -- высоко-эффективная жидкостная хроматография;e
- Взвешенный граф -- граф, у которого каждое ребро имеет числовой "вес";
- Гипоксия -- пониженное содержание кислорода в организме или отдельных органах и тканях, патологическое состояние, возникающее в клетках и тканях вследствие ишемии.
- ГО -- генная онтология (обычно говорят "термы ГО" или "термины ГО"), дерево семантических терминов, каждый из которых включает функционально общую группу генов;
- Датасет -- таблица данных большого размера;
- ДГК -- докозогексаеновая кислота, 22:6 (англ. DHA)
- Дистанция Жаккара -- мера общности двух множеств;
- Дифференциальная экспрессия --
- ДМСО -- диметилсульфоксид;
- ДППХ -- дипальмитоилфосфатидилхолин (англ. DPPC);
- ДТТ -- дитиотреитол;
- Интерактом -- граф белок-белковых взаимодействий; различают "истинный" интерактом (на основе физических взаимодействий) и "функциональный", где белки объединены на основе их участия в общих процессах;
- Кластеризация (кластерный анализ) -- метод анализа, демонстрирующий, взаимную группировку различных сущностей (в основном представимых в виде векторов);
- Кондиционная среда -- супернатант (надосадочная жидкость, остающаяся после того, как осядут нерастворимые вещества), содержащий множество биологически активных компонентов;
- Коэкспрессионный кластер (ко-кластер) -- группа генов (или белков), все члены которой изменяются скореллированно в наборе образцов;
- ЛДА -- линейный дискриминантный анализ;
- ЛСН -- лаурилсульфат натрия, SDS;
- Метрика -- функция, определяющая расстояния между объектами (векторами);
- МС -- масс-спектрометрия;
- МС2 или МС-МС -- масс-спектрометрия с фрагментацией (либо масс-спектр фрагментации в зависимости от контекста);
- Окислительный стресс -- явление вызываемое дисбалансом между продукцией и аккумуляцией АФК в клетках и тканях с одной стороны и способностью биологической системы к их детоксификации и удалению с другой.
- ОЦМА -- окклюзия центральной мозговой артерии (MCAO, middle cerebral artery occlusion);
- Панобиностат -- лекарственное вещество используемое для лечения множесвенной миеломы, действует как неселективный ингибитор гистондеацетилаз;
- Пероксиредоксины -- широкораспространённое семейство антиоксидантных ферментов PRDXn. У млекопитающих ферменты этой группы контролируют уровень цитокин-индуцированных пероксидов, участвующих в передаче клеточных сигналов;
- ПНЖК -- полиненасыщенные жирные кислоты (англ. PUFA);
- Редокс-протеомика -- группа протеомных методов, используемая для обнаружения окисленных белков и определения степени и локализации окислительных модификаций в интересующем протеоме;
- Редокс-сигналинг -- способ передачи клеточных сигналов, основанный на окислительно-восстановительных реакциях между участниками пути передачи сигнала;
- Сукцинат -- метаболит цикла Кребса, субстрат комплекса II ЭТЦ митохондрий; Обнаруживается в повышенных концентрациях в клетке в условиях гипоксии;
- ТПП -- Термическое Профилирование Протеома, протеомный метод, основанный на том принципе, что белки могут изменять свою термостабильность при взаимодействии с низкомолекулярными веществами, нуклеиновыми кислотами, другими белками, а также подвергаясь пост-трансляционными мидификациям;
- Тиоредоксинредуктазы -- ферменты класса оксидоредуктаз, катализирующие реакцию восстановления окисленного белка тиоредоксина за счет молекул НАДФН. Входит в состав тиоредоксиновой системы -- одной из важнейших антиоксидантных систем клетки;
- TMT-таг -- химическая метка, позволяющая проводить мультиплескирование (одновременный анализ нескольких образцом в одном запуске МС);
- Целастрол -- химическое соединение, выделенное из экстрактов корней Tripterygium wilfordii (виноградная лоза бога грома) и представляет собой пентациклический тритерпеноид, принадлежащий к семейству хинонметидов;
- Экзосома -- мультибелковый комплекс, способный к разрушению различных типов молекул РНК;
- ЭПР -- эндоплазматический ретикулум;
- ЭТЦ (электрон-транспортная цепь) -- система трансмембранных белков и переносчиков электронов, необходимых для поддержания энергетического баланса клетки;

## Англоязычные термины и аббревиатуры
- A431 -- клеточная линия эпидермоидной карциномы человека;
- CETSA (Cellular Thermal Shift Assay) -- метод, имеющий в основе принцип, идентичный Термическому Профилированию Протеому (ТПП), и отличающийся от последнего методом детекции белков, основан на иммуноблоттинге, в то время как ТПП на масс-спектрометрии;
- CFL1 (кофилин 1) -- актин-связывающий белок, входящий в семейство ADF/Кофилин;
- CTBP1 (С-конец связывающий белок) -- регуляторный белок, который связывается с сайт-специфичными ДНК-связывающими белками и участвует в деактивации генов.
- DAO (D-amino acid oxidase) -- фермент-оксидаза, полученный из дрожжевого организма Rhodotorula gracilis, и, катализирующий реакцию окисления Д-аминокислот до соответсвующих кетокислот, H2O2 и иона аммония;
- DDA -- Data-dependent Acquisition (иногда переводят как "зависимое сканирование"), метод регистрации масс-хроматограммы, в котором на фрагментацию выбираются самые интенсивные пики МС1;
- EGF -- Epidermal Growth Factor, эпидермальный фактор роста;
- FGF -- Fibroblast Growth Factor, фактор роста фибробластов;
- HCT116 -- клеточная линия, полученная из клеток, изолированных из толстой кишки пациента с раком толстой кишки;
- HIF1alpha -- транскрипционный фактор, играющий важную роль в клеточном ответе на системные уровни кислорода у млекопитающих;
- HILIC -- HydrophILIc Chromatography; вариант нормально-фазной хроматографии для лучшего разделения гидрофильных низкомолекулярных соединений;
- HMDB -- Human Metabolomic Database, депозитарий с данными метаболома человека;
- HMGB1 (high-mobility group protein B1) -- белок из группы ядерных негистоновых белков HMG. HMGB1 взаимодействует с ДНК ядра клетки. Кроме того, HMGB1 играет роль в воспалении, являясь цитокиновым медиатором.
- HSPA5 -- cвязывающий белок иммуноглобулина, также известный как белок 78 кДа, регулируемый глюкозой, или белок 5 теплового шока 70 кДа;
- HSPA9 -- митохондриальный 70кДа белок теплового шока (mtHsp70), также известный как морталин;
- HSP70 -- белки теплового шока массой 70кДа представляют собой семейство консервативных повсеместно экспрессируемых белков теплового шока;
- HyPer -- первый генетически-кодируемый флуоресцентный индикатор для детекции внутриклеточного пероксида водорода;
- HepG2 -- клеточная линия гепатоцеллюлярной карциномы человека;
- HEK293 -- иммортализованная клеточная линия эмбриональной почки человека;
- IAA - йодацетамид, реагент для блокирования свободных тиоловых групп. То же, что IAA-L, химическая формула 12C2H4INO
- IAA-H -- "тяжелый" йодацетамид, реагент для дифференциального мечения тиоловых групп. Химическая формула 13C2D2H2INO;
- iTRAQ - изобарная метка, аналог TMT (уже не выпускается);
- CRAN -- The Comprehensive R Archive Network (депозитарий пакетов R);
- LFQ -- Label-free Quantification (квантификация без использования изотопных меток), способ измерения относительного изменения представленности белков в протеоме на основе анализа масс-хроматограммы МС1;
- MCL -- Markov Cluster Algorithm, метод графовой кластеризации;
- MCM -- Micro Chromosome Maintaining, белковый комплекс, учатсвующий в образовании вилки репликации;
- MSTP -- 4-(5-Methanesulfonyl-[1,2,3,4]tetrazol-1-yl)-phenol, тиол-блокирующий агент;
- WGCNA -- Weighted Gene Coexpression Network Analysis, метод анализа групп коэкспрессии;
- NF-κB p65 (RelA) -- один из пяти компонентов, формирующих транскрипционные факторы семейства NF-κB (nuclear factor kappa-light-chain-enhancer of activated B cells);
- NOX2 (НАДФН-оксидаза 2, или gp91phox) -- основная фагоцитарная изоформа НАДФН-оксидазы, клеточной мембранной оксидоредуктазы;
- PARK7 -- протеиновая дегликаза DJ-1, также известная как белок 7 болезни Паркинсона;
- PCA -- Principal Component Analysis, метод главных компонент;
- PBS -- Phosphate Buffer Saline, фосфатно-солевой буффер;
- POLRxy -- белки-компоненты комплекса РНК-полимеразы;
- PI3K (фосфоинозитид-3-киназы, или фосфатидилинозитол-3-киназы) -- семейство ферментов, фосфорилирующих фосфатидилинозитол в положении 3D инозитольного кольца. Являются ключевым элементом PI3K сигнального пути.
- PSM -- peptide-to-spectrum match, спектр фрагментации в "протеомике дробовика", сопоставленный с теоретическим спектром пептида из базы референсного протеома;
- SKI комплекс -- мультибелковый комплекс, участвующий в 3'-концевой деградации матричных РНК у дрожжей;
- SHR -- Spontaneous Hypertension Rats, линия крыс с врожденной гипертензией;
- TagBFP -- мономерный синий флуоресцентный белок, полученный путем мутагенеза белка TagRFP;
- THO комплекс -- ключевой компонент ко-транскрипционного образования мРНП, способных экспортироваться из ядра, однако его точная функция неизвестна.
- TOM --- Topology Overlap Measure, топологическая мера похожести двух узлов графа (исп);
- U2OS -- клеточная линия остеосаркомы человека;
- VSN -- Variance Stabilizing Normalization, метод нормализации данных;
- ZC3H14 -- поли(А)-связывающий белок, способоный влиять на экспрессию генов и длину поли(А) хвоста молекул мРНК;