###### tags: `fccps`,`gz` # Кусочка *Обобщение методов поиска и анализа молекулярных механизмов реализации окислительного стресса при ишемии-реперфузии.* Современная биологическая наука располагает большим арсеналом физико-химических методов исследования механизмов реализации редокс-стресса в животных моделях инсульта. Данные, анализируемые в настоящем проекте, были получены следующими масс-спектрометрическими методами: - стандартная протеомика (DDA + LFQ) - стандартная протеомика (DDA + TMT) - липидомика (DDA) Масс-спектрометрические методы позволяют проводить аналитические исследования *in situ* на тканях мозга, в том числе, и непосредственно после воздействия (ишемии). Такие методы призваны описывать изменения клеточного *фенотипа*, в отличие от транскрипционного профилирования, когда организму требуется время на активацию тех или иных генов путем запуска каскадов транскрипционной активации. Сопоставление изменений транскриптома и протеома демонстрируют, что ряд изменений протеома не отражается на изменениях транскриптома. Например это касается белков воспаления, приносимых с кровью в мозг. Такому сопоставлению не уделено должного внимания в литературе, поэтому мы продолжим заниматься этим анализом в рамках аспирантского проекта В. Терещук. По результатам наших исследований, можно заключить, что стресс, возникающий при ишемии имеет сложную природу. Среди значимо изменяющихся белков обнаруживается множество ответсвенных за устранение последствия химического стресса: шаперонов (Hspa70/40), компонентов системы убиквитин-зависимой деградации (Ubqln1) и др., а также стандартных маркеров, характерных для воспаления и тромбообразования (Fga, Serpin-x). <font color='red'> Мы установили, что методы классической протеомики необходимы для анализа изменения уровня вовлечения белков ''ответа на острый стресс'' (acute stress response) в первые часы и дни после реперфузии. В то же время, для анализа поведения нейроспецифичных белков в восстановлении после инсульта можно использовать как протеомные, так и транскрпитомные методы в зависимости от лабораторных возможностей. Отметим при этом, что классическая протеомика DDA/LFQ (зависимое сканирование + квантификация без изотопных меток) значительно дешевле глубокого секвенирования транскриптома, а ее покрытия оказывается достаточно для выявления изменений уровня экспрессии многих значимых белков. Тем не менее, уровень покрытия транскриптомики чрезвычайно высок и пока недостижим для протеомных методов, особенно для их дешевых вариантов.</font> Для выделения на фоне этих изменений эффектов именно окислительного стресса разумно ''проецировать'' обнаруженные изменения на эффекты искусственного редокс-стресса, получаемого на клеточных культурах или же *in vivo* при помощи хемогенетически индуцированного эндогенного редокс-стресса. Именно поэтому мы в ходе работы над госзаданием начали и продолжаем работу по анализу открытых и собственных данных протеомики в условиях внешнего (добавление перекиси) и эндогенного (трансформация оксидазой Д-аминокислот + добавленный Д-аланин) редокс-стресса. Отдельным методическим направлением является липидомика, демонстрирующая изменение скоростей накопления липидов различных видов в ходе восстановления после ишемии. Поскольку липидный компонент наиболее уязвим для последствий редокс-стресса, это направление представляется наиболее перспективным. <font color='red'>Липидное профилирование можно использовать для исследования потребности организма в жирных кислотах различного типа в первые дни восстановления. Кроме того, этот метод - один из немногих, способный продемонстрировать интенсивность редокс-стресса, сопутствующего ишемическому стрессу. В этом же ряду можно отметить потенциальную важность редокс-протеомных методов, которые к сожалению, существенно сложнее и дороже в реализации и поэтому не были нами исследованы достаточно подробно. Наши пробные опыты с редокс-профилированием протеома ишемизированного мозга грызунов пока не дают возможности положительно оценить эту технологию. </font>