HackMD
dMRI preprocessing pipelines
Pipelines
DESIGNER
Paper: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1053811918306827
QSIPREP
Paper: https://www.nature.com/articles/s41592-021-01185-5
PreQual
Paper:https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/mrm.28678
TractoFlow
Paper: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S105381192030375X
PyDESIGNER
(Implementación python del DESIGNER)
Hay un BIDs APP con preproc mrtrix3:
https://github.com/BIDS-Apps/MRtrix3_connectome
(NOTA: Todos los pipelines anteriores incluyen opciones para modelos de microestructura o tractografía [o ambos])
Hay un piepeline de preproc (con mrtrix3 + fsl) en Brainlife.org :
https://brainlife.io/app/5a813e52dc4031003b8b36f9
Herramientas y stuff
Tour de Force paper de preprocesamiento:
What’s new and what’s next in diffusion MRI preprocessing
El tutorial del Dr. concha de preproc en ratas:
https://github.com/c13inb/c13inb.github.io/wiki/dwipreproc-rat
Tutorial en el Andy's Book:
https://andysbrainbook.readthedocs.io/en/latest/MRtrix/MRtrix_Course/MRtrix_04_Preprocessing.html
La guia de usuario para EDDY de FSL:
http://ftp.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/tutorial_packages/centos6/fsl_507/doc/wiki/eddy(2f)UsersGuide.html
El wraper de mrtrix3 para las herramientas de preproc FSL: https://mrtrix.readthedocs.io/en/dev/reference/commands/dwifslpreproc.html
