Por default singularity/Apptainer guarda el cache en HOME/.singularity/cache. Ahí se guardan copias de las imágenes sif que se hayan descargado con el fin de reutilizarlas si no ha habido cambios en la imagen. Esto rápidamente puede llenar el cache dentro del home lo cual puede ser contraproducente para Don Clusterio. Para evitar que esto suceda es necesario mover el folder de cache de singularity con los siquientes pasos: Cargar el modulo de singularity/apptainer module load apptainer Primero vamos a a limpiar el caché actual en el home (nos pide confirmación): singularity cache clean Creamos un nuevo folder dentro de /misc para la nueva ubicación del caché. mkdir /misc/micompu/mifolder/singularity_cache Crear una nueva variable de entorno en tu .bashrc para que apptainer/singularity apunte a donde esta el nuevo folder

Secuencias/implementaciones [ ] Echar a andar QSM Paravision [ ] Navigators [ ] Drift correction PV6.1 [ ] Drift compensation PV 7 [x] Blip up/Blip Down (jeremy sequence) [ ] Blip up/Blip Down (Budde sequence) [ ] B0 map al inicio y B0 map al final para engañar a Eddy

DW-MRI introduction Recordatorio resonancia magnética (alram) DW-MRI física y equación (alram) Coeficiente de difusón (alram) Signal representations DTI (alram- Concha) dMRI quantitative (micro) vs tractography (macro) (Concha) Q-space (Ricardo)DSI/dODF

Pipelines DESIGNER Paper: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1053811918306827 QSIPREP Paper: https://www.nature.com/articles/s41592-021-01185-5 PreQual Paper:https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/mrm.28678

Jefes [ ] Luis [x] Hiram [ ] Alonso Nota: Dr. Alonso y Dr. Concha dieron un seminario de métodos Alumnos [x] Pau [x] Olimpia

General pvconv (https://pvconv.sourceforge.net/) nanconvert https://github.com/spinicist/nanconvert idl (https://www.l3harrisgeospatial.com/Software-Technology/IDL) icy (https://icy.bioimageanalysis.org/) Visualization Coin3D https://www.coin3d.org/ MRI visualization

El servidor de rocket-chat del LANIREM se encuentra en: https://chat-lanirem.lavis.unam.mx/ A diferencia de otros servicios como redes sociales, este servidor no está centralizado en la web de rocket-chat, sino que se encuentra dentro del LAVIS. :one: Para logearse vía web tienen que usar dicho link para logearse: Acceder a https://chat-lanirem.lavis.unam.mx/ Logearse con su usuario y contraseña a este servidor. Si eres usuario de primer uso aquí podrás crear tu usuario.

General [x] Upgrade ubuntu 2022 [x] Generar cluster [x] SGE [x] NIS [x] NFS [ ] ssh con doble autentifacion

modulos https://lmod.readthedocs.io/en/latest/030_installing.html software_config https://github.com/lconcha/configs/blob/master/fmrilab_softwareconfig.sh deb-get https://github.com/wimpysworld/deb-get flatpak

cmake python3-matplotlib tcsh vim xfonts-base xfonts-100dpi gsl-bin libcurl4-openssl-dev libgdal-dev

Export desde consola vieja Hay dos tipos de objetos que podemos exportar Dataset: Un estudio completo. Incluye instrucciones de escaneo y los datos. Si tu estudio a exportar es muy grande considera exportar el protocolo. Extension .PvDatasets Protocol. Incluye una serie de instrucciones de escaneo. Si tu escaneo lo realizas seguido conviene esta opción. De esta forma ya sólo jalas tu protocolo de la lista de protocolos a tu estudio a realizar. Extension .PvProtocol Nota 1: Todos los protocolos ya fueron exportados de la consola vieja a la nueva. Sin embargo fueron exportados en masa del usuario nmrsu. Ahora que cada laboratorio tiene su cuenta les recomendamos adminsitrar sus propios protocolos (borrar los que no necesiten). Nota 2: Pueden tener ambos paravision abiertos para el procedimiento, pero ha sucedio un par de veces que hay conflicto de licencia. Si esto sucede requieren reiniciar la máquina y abrir los paravision por separado.

Please download the data /misc/rhesus/rrios/noBackup/MRI_stuff/dMRI-for-preprocessing-best-practices/Release Preprocess the DWI images with your typical image preprocessing pipeline. [ ] Denoising. Mrtrix3 Cordero-grande Default parameters

# Spinning wheel <iframe src="https://wheeldecide.com/e.php?c1=Ricardo&c2=Ana&c3=Hiram&c4=Luis&c5=*Alejandra&c6=*David&c7=Paulina&c8=Fernando&c9=Alfonso&time=7" width="500" height="500" scrolling="no" frameborder="0"></iframe> [](https://wheeldecide.com/js/wheel.js?v=2) [](https://wheeldecide.com/functions.js)

B-tensor encoding Biophysical models [ ] Afzali - 2021 - SPHERIOUSLY? The challenges of estimating sphere radius non-invasively in the human brain from diffusion MRI https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1053811921004602 [x] Chantal tax - 2021 - The dot-compartment revealed? Diffusion MRI with ultra-strong gradients and spherical tensor encoding in the living human brain https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1053811920300215 [ ] Gyori - 2021 - On the potential for mapping apparent neural soma density via a clinically viable diffusion MRI protocol https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1053811921005796 DTD

La wiki del C-13 en la actualidad esta albergada como una git-hub wiki como parte del repositorio: https://github.com/c13inb/c13inb.github.io/wiki . Este repositorio es una pagina web hecha por Raul para el lab sin mucho uso. Lo confuso de este esquema es que la wiki es un sub-repositorio que existe dentro de otro repositorio. Lamentablemente no tienes todas las comodiades que ofrece github para el manejo del repositorio principal (funcionalidades de pull request e interfaz grafica de commits etc) pero aun asi podemos trabajar en ella colaborativamente. Para ello primero necesitas ser colaborador del siguiente repositorio: https://github.com/c13inb/c13inb.github.io Para esto deberas contactar al Doctor Concha y darle tu usuario de github. Ya siendo colaborador puedes modificar la wiki con las opciones de manera web o local como se describe por aca: https://docs.github.com/en/github/building-a-strong-community/adding-or-editing-wiki-pages Algunas reglas bascias para la organizacion de la Wiki:

Esta es una lista nunca terminada de diferentes herramientas que nos hacen la vida fácil. Inkscape ctrl shift a: Alinear ctrl shift f: Fill/stroke ctrl g : Agrupar ctrl u : Desagrupar Usar shutter o shift+ImprPant para hacer snapshots y pegarlos en Inkscape.