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title: BioPackathon 2020 no3 (Japanese)
tags: [Japanese]

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# BioPackathon 2020 no3 (Japanese)

###### tags: `Japanese`

## 西田

- RCy3はどうやってBiocCheckでvignetteの実行をスルーしているのか?
    - まだわかってない
    - BiocCheck（[--no-check-vignettes](http://master.bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/BiocCheck/inst/doc/BiocCheck.html)）
    - SinglePackage builderでそれをどう設定しているか
    - 昔のパッケージ
    - 交渉しだい
- githubの無料プランだとActionsの時間上限があることを知る
    - 福島さんはもう75%行ったらしい
- csonensonさんのactionsをパクったがエラーあるのに緑出してる...
    - https://github.com/kozo2/RCy3/actions/runs/118892228


## 露崎
- 最近の良さげなRパッケージを調査

    - [BioC 3.11](https://bioconductor.org/news/bioc_3_11_release/)
        - [basilisk](https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/basilisk.html) : Anacondaを使ってBioconductorパッケージに必要なPython3のバージョンを固定する
        - [BiocDockerManager](https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/BiocDockerManager.html) : DockerHubの[bioconductor](https://hub.docker.com/u/bioconductor/)レポジトリから、R環境をdocker pullできる
        - [sparseMatrixStats](https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/sparseMatrixStats.html) : Matrixパッケージの疎行列に対するMatrixStats的位置づけ
        - [cmapR](https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/cmapR.html) : Connectibity MapのAPI
        - [rhdf5filers](https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/rhdf5filters.html) : HDF5ファイルのデータと圧縮・解凍をしながらやりとりできる
        - [fluentGenomics](https://bioconductor.org/packages/release/workflows/html/fluentGenomics.html) : 新しいWorkflowパッケージ
    - CRAN
        - [memoise](https://cran.r-project.org/web/packages/memoise/index.html) : 一度計算した値は、二回目はしなくていいようにキャッシュするパッケージ（関連: [BiocFileCache](https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/BiocFileCache.html), [AnnotationHub](https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/AnnotationHub.html)）
        - [slam](https://cran.r-project.org/web/packages/slam/index.html) : Sparseな配列・行列オブジェクト
        - [phateR](https://cran.r-project.org/web/packages/phateR/index.html) : PHATEアルゴリズム（次元圧縮）のR実装
        - [blogdown](https://cran.r-project.org/web/packages/blogdown/index.html) : 簡単にブログを生成できるらしい（HugoかJekyllかHexo）
        - [automl](https://cran.r-project.org/web/packages/automl/index.html) : PSOでハイパーパラメーターの自動調整によるAutoML（Deep Learning)
        - [tfhub](https://cran.r-project.org/web/packages/tfhub/index.html) : TensorFlow HubへのAPI、転移学習ができる
        - [tinytest](https://cran.r-project.org/web/packages/tinytest/index.html) : 軽量なユニットテスト
        - [crandep](https://cran.r-project.org/web/packages/crandep/index.html) : CRANの依存パッケージ名の取得（関連 : [BiocPkgTools](https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/BiocPkgTools.html))
        - [qiitr](https://cran.r-project.org/web/packages/qiitr/index.html) : QiitaのAPI
        - [msigbr](https://cran.r-project.org/web/packages/msigdbr/index.html) : MSigDBのAPI（ライセンス的にはグレー？）
        - [disk.frame](https://cran.r-project.org/web/packages/disk.frame/index.html) : data.tableっぽい文法で、巨大な行列をOut-of-coreに処理できる
    - GitHub
        - [zarr-R](https://github.com/gdkrmr/zarr-R) : [Zarr](https://chanzuckerberg.com/eoss/proposals/scalable-storage-of-tensor-data-for-scientific-computing/)のRラッパー（4ヶ月くらい活動が無いが、完成させてほしい）
        - [BuildABiocWorkshop2020](https://seandavi.github.io/BuildABiocWorkshop2020/) : Bioconductor2020ワークショップのテンプレート（どこかで二次活用できる？）
    - その他
        - COVID-19関係のパッケージの量がすごい...!（ https://towardsdatascience.com/top-5-r-resources-on-covid-19-coronavirus-1d4c8df6d85f ）

- new package 調査、紹介はたしかにいいアイデア
    - CABではnew package のtableをもらっているあれみんなと共有した方がいいかも
- rhdf5のデータがおもしろいかも
- workflow packageに注目
    - 時間がかかっていい
    - [f1000](https://f1000research.com/gateways/bioconductor)
    - [BiocWorkflowTools](https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/BiocWorkflowTools.html)
- tfhubはくめさん関係かも

## 久米
- PythonとRの連携を行っているBioconductor packageはありますか? PythonのDL model(tensorflow-model)をRでも使いたい
    - [reticulate](https://cran.r-project.org/web/packages/tfhub/vignettes/hub-with-keras.html)
- MacではそもそもNVIDIA GPUサポートが打ち切られ, WindowsでもGPU使わない
【To do】
- 今回は、[rMiW](https://github.com/kumeS/rMiW) の開発を頑張る
    - モデルスクリプトを検討する
    - tfhub も検討する
- Wikidataのグラフ構造探索のCI(Gist)の動作確認
    - 形態情報に関するメタデータ検索
    - 実例(形態情報、細胞種、形態変化 etc)を考える
    - visNetwork (ネットワークが大きく) => RCy3でも書けたら 
    - [グラフ図のサンプル](https://kumes.github.io/DataScience/Wikidat_visNet01_5%E9%9A%8E%E5%B1%A4_%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%8F%E3%82%9A%E3%82%AF%E8%B3%AA%E6%8A%9C%E3%81%8D.html)


## 福島
- Actions, Actions, Actions!
- GitHub private repositoryを利用して2-3のパッケージでActionsしてみています……
- 開発中のとあるパッケージでActionsでBiocCheckすると、os=macのときだけエラー出てるー！
- 上記のエラー箇所は* Checking for support site registration...
Error in if (suppressMessages(content(response))) { : 
  argument is not interpretable as logical
Calls: <Anonymous> -> checkForSupportSiteRegistration
Execution halted
##[error]Process completed with exit code 1.
- GitHubからお知らせ：You’ve used 75% of included services for GitHub Actions for the afukushima account.→ひとまずyamlファイルでcronしないことにした→結局今日までで100%越えました。ｗ
- ここで(100%超え) https://github.com/nektos/act を使ってもらうといいのかも...
  - この act というツールはローカルの計算機環境で github actionsするものです。
- actionsの時間制限 月3000分以上は金どうはらっても無理なの?
- 露崎さんはローカルでいっかなって感じらしい
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