# BioPackathon 2020 no2 (Japanese)

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## Nishida 宣言
- github.com/ecell/transomics2cytoscape に actions で bioccheck をしかける
- github.com/biopackathon に露崎さんの資料をmodifyしたものをuploadする(もちろん露崎さんの許可を得る)

## Nishida 結果
- github.com/ecell/transomics2cytoscape の actions 普通と違ってCytoscapeのinstallまで要るのでちょい手間取っている
- 露崎さんの資料をmodifyてつかず、どれを活用するかだけ決めたい。露崎さんの資料全部

## Kume
- https://github.com/kumeS/rMiW の開発を頑張る
- Wikidataのグラフ構造探索のCI - Gist

biocでGPU(tensorflow)を使う例は無いの？とbiocの人

## Tsuyuzaki
- BiocCheckathonに物申す（5分ルール厳しすぎ、GitHub Actionsを勧める）
- https://github.com/Bioconductor/BiocCheck/issues/81

## Fukushima
- https://github.com/afukushima/rRPMM の開発を頑張る
- つーか、BiocCheck()がWinバージョンで通ってもLinuxで通らない問題で萎えている……
- 今日はGitHub Actionsを自分で使えるようにしてみる

TODO:
- devtools::install_github("r-lib/usethis") # done
- usethis::use_github_actions() # done
- .github/workflows/R-CMD-check.yamlをpush # done
- [これ](https://github.com/r-lib/actions/tree/master/examples)のStandard CI workflow部分をコピペしてpush # done --> R CMD chackは [ok](https://github.com/afukushima/rRPMM/actions/runs/105628300)

[BioCheckathon](https://github.com/Bioconductor/BiocCheck/wiki)で文句言ってもらうのがいいのかも

[Bioconductor-friendly R CMD check action feature suggestion](https://github.com/r-lib/actions/issues/84)

## Kamiya
- (何の前調べもしてないので)代謝物のパスウェイベースな可視化が楽ちんにできる方法を調べる
- {pathview}はあるものの出力がpngかGraphvizなのでもうちょい取り回しがよくあってほしい
- 理想:代謝物の行列データを入力にしたらなんかいい感じにパスウェイ上に増減が表示されてほしい

pathviewの使い方教えてください! (Nishida)
↑6月以降に…
- 化合物IDの変換をMetaboAnalystRに任せ、パスウェイネットワーク自体はgraphNELとして取り込める
　― 問題は可視化部分(igraphに変換？でも位置情報が消えてしまう)

Kamiyaさんへ
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