# Reconstrução do estado ancestral usando [MESQUITE](https://www.mesquiteproject.org/).
Para detalhes do uso do Mesquite veja [aqui](https://www.mesquiteproject.org/Ancestral%20States.html).

## Para realizar as análises são necessários dois conjuntos de dados:
1. Os dados que se deseja mapear

2. A árvore filogenética

Vamos usar a árvore que está no arquivo *finches.txt* e os dados do arquivo *finches.cvs*

## Como realizar a análise de *Character Tracing*
Abra um novo arquivo no Mesquite com 11 taxa e um caracter contínuo (vamos fazer inicialmente a reconstrução do peso dos tentilhões): **File > New File**


Copie e cole os dados da planilha excel na matriz de dados do Mesquite.

*Note que para cada Cada tipo de caracter uma nova matriz deverá ser feita: caracteres categóricos, contínuos e geográficos*.


Agora com a matriz pronta, vamos abrir a árvore.

Para adicionar a árvore clique no botão **"Taxa & Trees"** do menu superior e selecione a opção **"New tree window >> With Trees from Source"**


Que abrirá a janela que você indicará que você irá usar um arquivo de árvores externo para realizar as análises, portanto selecione a opção **"Use Trees from Separate NEXUS File"**.


Após selecionar a árvore, aparecerá na tela a árvore que carregou:


Para fazer a análise de "Character Tracing" você deve clicar no botão do menu superior **"Analysis Tree"** e selecionar a opçao **"Trace Character History"**.


Que abrirá a seguinte janela, em que você deverá selecionar a opção **"Parsimony Ancestral States"**


Após realizar esse procedimento, você poderá observar como se comporta o caracter **Peso** ao longo da filogenia dos tentilhões. Posicionando o mouse nos nós é possível conferir qual o peso estimado de cada ancestral nos nós da árvore.


Salve a árvore com os dados de reconstrução
O Mesquite não permite traçar caracteres contínuos usando Máxima Verossímilhança. Mas agora recomçe o tutorial e faça o mesmo procedimento para o caracter discreto **Hábito alimentar**.

Quais as diferenças observadas na reconstrução do caracter ancestral via Máxima Parcimônia e via Máxima Verossimilhança?