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title: 'Alinhamento de sequências no MAFFT'
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Alinhamento de sequências no MAFFT
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1. Acesse o site https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/index.html
2. Em **"Input"** é possível colar as sequências na caixa de texto ou, logo abaixo, selecione **Escolher arquivo** e carregue o seu arquivo no formato FASTA com as sequências de DNA das espécies.


3. Dê um nome ao seu trabalho (este nome será usado para nomear seu arquivo final do alinhamento). Se vocês quiser, também pode informar seu e-mail para receber uma mensagem quando o alinhamento estiver pronto. Essa função é principalmente necessária caso esteja trabalhando com grande volume de dados.

4. Clique em **"Submit"**. *O Mafft oferece uma gama de opções de tipos de alinhamentos - global, local ou que considera a estrutura secundária da proteína já no alinhamento (importante para ITS). Explore as opções no Help*

5. Quando o alinhamento estiver pronto, você receberá um e-mail com um link para acessar o resultado.


6. Confira a direção das sequências analisando os gráficos apresentados à esquerda da tela. Linhas invertidas em azul indicam que a sequência foi disponibilizada no sentido inverso e é necessário "desinverter".
*Caso precise inverter uma sequência, utilize um dos vários aplicativos disponíveis online como, por exemplo, Sequence Manipulation Suite [(https://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html)]

7. Um resumo dos comandos selecionados é apresentado na parte direita da tela.


8. Para salvar teus resultados, clique em **"Fasta"** no canto superior esquerdo e faça o download do alinhamento. O Mafft vai usar o nome do trabalho para nomear o arquivo.

9. Você pode ver uma prévia do agrupamento dos táxons clicando em **Phylogenetic Tree > Neighboor Join ou UPGMA**. Mas é apenas uma prévia para auxiliar na avaliação das sequências e alinhamento, não use essa árvore como resultado do seu alinhamento!

10. *Trimming*: Abra seu alinhamento em algum software como Mega, Ugene ou BioEdit. Note que as pontas da sequência não estão perfeitamente alinhadas e preferencialmente, essas porções devem ser removidas minimizando o número de caracteres faltantes na análise.


11. Mais frequentemente o *trimming* é feito "na mão", mas existem alguns softwares que podem fazer isso para vocês (por exemplo, veja trimAl [http://trimal.cgenomics.org; disponível online em http://phylemon2.bioinfo.cipf.es/utilities.html] ou ClipKit [https://jlsteenwyk.com/ClipKIT/]).

###### tags: `Sistemática Filogenética` `PPG Evolução e Diversidade` 'alinhamento' 'trimming'