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title: 'Utilização do CIPRES'
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Utilização do CIPRES
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O CIPRES (*Cyberinfrastructure for Phylogenetic Research*) é uma plataforma *online* com diversos recursos computacionais que permite a execução de várias tarefas como alinhar sequências, testar modelos de substituição de nucleotídeos, realizar inferência de árvores filogenéticas, etc, no servidor.

## Conteúdo

[TOC]

## Criar uma conta/login e carregar dados no CIPRES

1. Visite o site https://www.phylo.org/


2. Clique em **"use the CIPRES Science Gateway"**
3. Clique em **"Register"** para criar uma conta. Caso já possua uma conta, faça o login.
4. Você será levado para a página inicial do CIPRES.


Carregar dados no CIPRES
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1. Clique em **"Create new folder"**
2. Preencha um nome para a pasta em **"Label"** e coloque uma descrição (A descrição é especialmente útil após inserção de muitos dados e pastas, auxilia no organização).Clique em **"Save"**.


3. Uma nova janela se abrirá e a pasta recém criada estará na coluna da esquerda. É possível criar subpastas, editar pastas e deletar pastas clicando nas opções posicionadas a baixo da sua pasta.


4. Para carregar seus dados, clique nas pasta **"Data"** (Posionada no lado esquerdo, logo abaixo do nome da sua pasta) e depois em **"Upload/Enter Data"**.


5. Uma nova janela se abrirá onde será possível carregar o arquivo desejado ou inserir manualmente. Insira os dados como desejar (Você pode carregar o arquivo .fasta salvo do GenBank) e clique em **"Save"**.


Criar uma nova tarefa e alinhamento no CIPRES
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1. Clique na pasta **"Tasks"** (posicionada a esquerda, abaixo de Data) e depois cliquem em **"Create a new task"**.


2. Nova nova tela, insira uma descrição para a tarefa.


3. Clique em **"Select input data"** e deve aparecer o arquivo que você salvou em Data. Selecione esse arquivo e clique em **"Select data"**.


4. Clique em **"Select tool"**. Na nova tela que abrirá, será exibida a lista de ferramentas disponíveis no CIPRES. Se deseja fazer um alinhamento, cliquem em **"MAFFT on XSEDE"**.


5. Após selecionar a ferramenta, o CIPRES retorna à página anterior para selecionarmos os parâmetros da análise. Clique em **"Input parameters"** para visualizar os parâmetros para a tarefa. Se necessário, mude o tempo máximo de carrida (em **"Maximum Hours to Run"** mude para 150), confira a versão do MAFFT, simbolo não usuais, etc. Clique em **"Save parameters"**. Dê ok nas janelas que aparecerem.


6. Uma vez que os dados foram carregados, a ferramenta selecionada e os parâmetros salvos, você pode clicar em **"Salve task"** para guardar a tarefa ou em **"Save and run task"** para guardar e rodar a tarefa agora.


7. Uma nova tela com a lista de tarefas será exibida. Quando a tarefa estiver concluída, você receberá um e-mail informando. Você também pode verificar o estado da tarefa clicando em **"Tasks"** > **"View status"**.


8. Quando a tarefa estiver completa, na lista **Task details** clique em **Output** > **"View"**.


9. Uma lista de arquivos será exibida. Localize o arquivo **Output** com a extensão **.mafft** e faça download.


###### tags: `Sistemática Filogenética` `PPG Evolução e Diversidade`