# 1/20補進度
==下載oneAPI==(參考加儒筆記)

需要兩個 先裝base 再裝HPC

補：[非圖形化介面安裝](https://software.intel.com/content/www/us/en/develop/articles/installing-intel-oneapi-toolkits-via-yum.html)

## Intel® oneAPI Base Toolkit
安裝指令

wget https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/irc_nas/17431/l_BaseKit_p_2021.1.0.2659_offline.sh

執行圖形化介面安裝(目前只有圖形化介面)

sudo bash l_BaseKit_p_2021.1.0.2659_offline.sh

按照介面安裝
需要執行時此編譯器時
要執行
`. /opt/intel/oneapi/setvars.sh`(安裝路徑)
會出現以下畫面
代表環境建立完成，可以開始編譯

## Intel® oneAPI HPC Toolkit
安裝指令

wget https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/irc_nas/17427/l_HPCKit_p_2021.1.0.2684_offline.sh

執行圖形化介面安裝(目前只有圖形化介面)

sudo bash l_HPCKit_p_2021.1.0.2684_offline.sh

在關掉terminal之後就會結束環境

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==安裝lammps/fftw==(參考加儒筆記)
1. [lammps本體下載](https://hackmd.io/VpOMhrskQRa8AixYB3BcyA?view#from-GitHub)(選用from GitHub 模式)
2. 安裝fftw
`wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz`
`tar -xvf fftw-3.3.8.tar.gz`
然後執行並指定安裝路徑(``--prefix=安裝路徑``)

   ./configure --prefix=/opt/fftw-3.3.8 CC=gcc F77=ifort MPICC=mpiicc --enable-mpi --enable-openmp --enable-threads --enable-avx --enable-shared=yes
   make
   make install

3. 編輯 lammps/src/MAKE/Makefile.mpi

    調整成以下(**請記得確認路徑是否正確**)
    ![](https://i.imgur.com/0eYTV7I.png)

    **上面```-std=c++11```為intel oneAPI所需，如是MPICH等則不用**

    ![](https://i.imgur.com/oQq8kSR.png)

4. 編輯完成後
在src目錄下 執行

make clean-all
make yes-all
make no-lib
make mpi

make ps # check which packages are currently installed
make yes-name # install a package with name
make no-name # un-install a package with name

    `make ps`為檢查packages是否安裝

    `make mpi`成功會生成`lmp_mpi`執行文件->在mpi環境下就可以使用(執行lammps)
    如有`make mpi失敗` 則需 ```make clean-all```清除之前的數據
    障礙排除再`make mpi`
 5. 在bashrc裡加入路徑
`export PATH=$PATH:/root/lammps/src`
然後`source .bashrc`更新變數
`which lmp_mpi` 可確認lmp_mpi(會顯示位置)

6. 進入examples，選擇合適範例測試 (ex.crack)
    `mpirun -np 4 lmp_mpi < in.(examples)`