hackmd-github-sync-badge Eco-Evo-Toolbox This repository serves a tentatively mission to note useful literatures/Apps/resources using in my researches about Ecology and Evolutionary Biology.This repo would periodically synchronize to the github repo aswell. Table of Contents Statistics General topics

Wallace使用指南 Table of Contents 專案介紹 本指南的目的是引導讀者進行物種分布模型的建立 (又可稱為物種的「生態棲位模擬」)，並將結果出圖呈現。我們使用的平台為R語言，此為在生態、演化領域被廣為使用的程式語言，透過程式語言進行模型配適，我們可以完全重現每一次的分析過程，並且可以將需要重複進行的步驟交由電腦自動完成，將寶貴的時間省下來檢視更為重要的研究細節。 利用R配適物種分布模型的方式眾多，也有許多前輩將常用的指令稿整理成數個package。我們將要分別使用「Wallace」進行模型配適，及「rasterVis」來視覺化分析結果。 Wallace是一個R-based的彈性化的物種分布模型建立框架 (原文為："a flexible latform for reproducible modeling of species niches and distributions")，可以視為一個GUI app。具有開源 (open)、可擴充 (expandible)、可重複性 (reproducible) 三大特色，透過彈性且具互動性的操作介面，一步步引導使用者建立出自己的模型。Wallace曾入圍2015度 Ebbe Nielsen Challenge of the Global Biodiversity Information Facility (GBIF)，並被教授物種分布模型的相關概念。

AgriMap_TW Table of Contents Introduction AgriMap_TW是一組用來快速、自動化製作面量圖的R script。面量圖是主題地圖的一種，其製作方法是根據統計數值的多寡來將不同的地理區域上色，如此可有效呈現地理區域間目標數值的分布情形，常使用於資料視覺化的各種應用場合，例如：縣市長全國選舉時用以呈現各縣市的勝選政黨。本專案主要利用R的package: tmap進行地圖繪製，使用者只需依指示將資料放入對應資料夾，設定好參數，執行後即可得到面量圖。目前的script會輸出四種型式的面量圖：.tiff檔、.png檔、.svg檔，與.shp檔；其中.svg檔可以使用向量編輯軟體進行細部修正，.shp檔則可以透過GIS軟體開啟、進行深入分析。 目前的版本雖未統合成R package的型式，但已嘗試進行初步的模組化，或許在未來版本的更新中可以升級成R package，或以獨立軟體的型式發布。 Beginners Guide 環境建置

使用QGIS製作面量圖 大綱 [TOC] 內容說明 本教學將一步一步帶領讀者使用開源GIS軟體 — QGIS，製作面量圖。面量圖是主題地圖的一種，其製作方法是根據統計數值的多寡來將不同的地理區域上色，如此可有效呈現地理區域間目標數值的分布情形，常使用於資料視覺化的各種應用場合，例如：縣市長全國選舉時用以呈現各縣市的勝選政黨。本教學包括下列各點： 使用QGIS開啟shapefile檔。 插入以逗號分隔檔(.csv)存在的統計資料。 進行「資料表連接(table join)」，將圖徵與統計資料連結起來。

TNT教學 https://www.researchgate.net/publication/323615953_A_guide_for_the_analysis_of_continuous_and_landmark_characters_in_TNT_Tree_Analysis_using_New_Technologies https://matthewvavrek.com/2011/10/19/tnt-and-ubuntu/ https://sites.google.com/site/rossmounce/palass2011 TNT-Bootstrap http://faculty.baruch.cuny.edu/jwahlert/bio1003/winclada_tnt_separate_basics.html https://www.academia.edu/10365340/Guia_para_o_software_T.N.T._cap%C3%ADtulo_de_disserta%C3%A7%C3%A3o_de_mestrado_atualizado_Guide_for_the_software_T.N.T._updated_MSc_thesis_chapter_in_Portuguese