# Como extrair as sequências dos resultados do Blast no Phytozome

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#### Primeiramente tenha em mente que:
1. Este tutorial foi feito em setembro de 2022, portanto se o site for atualizado pode ser que os passos aqui descritos não funcione
2. Você precisa estar previamente cadastrado no sistema do JGI pois a função "Add to Cart" só estará ativa se tiver cadastro no site.
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# Etapas pós busca (Blast) do seu gene alvo em genomas no phytozome

## 1. Fazer o download das sequências

Para fazer o download das sequências, primeiro você deve logar no sistema do Phytozome.


 

### Logado aparece com essa modificação na lateral direita (exemplo do meu login):


 
 

### Após isso selecionar as sequências que quer fazer o download

*Para selecionar todas é só clicar na caixa como o exemplo abaixo:*


 
 

### O site liberará a função **"Add to Cart"** na página


Depois que você clicar em "Add to Cart", do lado de Add to Cart aparecerá a quantidade de sequências adicionadas ao "carrinho":


 
 

### Após isso clicar em "Cart" na parte superior do site:


 
 

### Esta tela irá aparecer:


 
 

### Selecione as sequências:

 
 

### E pressione a função download que irá abrir essa janela e clique em genes e pressione "OK":

 
 
### Quando concluído o processamento, aparecerá essa tela:


O objetivo dessa tela é "perguntar" como você quer que os dados das tuas sequências sejam mostrados, ou seja, quais informações você quer que vá no cabeçalho por exemplo.

Minha sugestão é sempre deixar o nome do gene para você conseguir identificar possíveis sequências com problemas já no cabeçalho, sendo assim, siga os seguintes passos:
 
**1º** mude a opção "Attributes - click to specify" na lateral esquerda:


Depois que você clicar, aparecem essas opções:

 

**2º** Clique na opção "Header Information", que significa as informações do cabeçalho:


 

Nesta tela, clique nas opções:

**"Organism Name"** e **"Description"**:


 

#### Após isso clique em "Results" no menu superior:

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Observe que o cabeçalho das sequências agora tem o nome do genoma/espécie e a informação sobre a predição gênica
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#### Agora, para finalizar, para fazer o download, é só clicar em "GO", que irá fazer o download de um arquivo tipo texto com as sequências:


#### Agora compare as sequências com os resultados do blast para fazer a curadoria das sequências, retirar ou separar conforme os critérios discutidos no dia 08 de setembro. :seedling: