Spack 指令教學

# Spack 指令教學 :::success ## 速成表 ``` module avail = spack find + spack compilers module list = spack find --loaded module load = spack load module info = spack load --sh module remove = spack unload module purge = spack unload -a ``` ::: ## Intro [Spack](https://github.com/spack/spack) 是套件管理器，但不同於 apt 懶人打包好，Spack 全部都 Compile from Source，且允許同軟體多版本並存，有 Code 在，問題可控、性能可調，且能享受大家貢獻的 Install Script，唯一缺點就是安裝可能慢了點。 ## 為什麼我們需要 - mpich ![image](https://hackmd.io/_uploads/rJ7St25yC.png) - netcdf ![image](https://hackmd.io/_uploads/rJ-DKnck0.png) ## 管理員安裝 ``` cd /opt/ git clone -c feature.manyFiles=true https://github.com/spack/spack.git ``` ## 使用者安裝 - 設定環境變數 ``` . /opt/spack/share/spack/setup-env.sh source /usr/share/modules/init/bash ``` - 查找已經存在的 Compiler ``` spack compiler find ``` - 沒找到的手動新增 compiler by path ``` spack compiler add /opt/intel/oneapi/compiler/latest/bin/ ``` - 查找外部套件，例如 Ubuntu 已經安裝好的，可以節省重複編譯的時間。 ``` spack external find ``` > 被找到的套件會被加入 `~/.spack/packages.yaml` 自然而然地跟其他套件列在一起（？ :::spoiler Out of Data spack compiler add `spack location -i intel-oneapi-compilers`/compiler/latest/linux/bin/intel64 spack compiler add `spack location -i intel-oneapi-compilers`/compiler/latest/linux/bin > SCC 2022 國網 A100 請用 > . /opt/.spack/Spack/share/spack/setup-env.sh > 沒為什麼，只是我打到大寫了但我沒發現 =.=[name=WilliamMou] ::: ## 通用規則 - 套件表示法 - `@` 開頭表示版本號 - `%` 開頭表示編譯器 - `^` 開頭表示依賴項 - 遇到套件重複，可以用 `/hash` 來代替 pkg :::info - 安裝 22.1.2 版本的 py-pip，並且依賴於 3.10 版本 python ```$ spack install py-pip@22.1.2 ^python@3.10``` - 查看 hash code 為 `/bsfcrrm` 的套件的 spec （套件相依關係） ```$ spack spec /bsfcrrm``` ::: ## 常見指令 ### spack compilers 找到機器上所有的 compilers :::info ```$ spack compilers``` ==> Available compilers -- aocc ubuntu20.04-x86_64 -------------------------------------- aocc@3.2.0 -- gcc ubuntu20.04-x86_64 --------------------------------------- gcc@9.4.0 -- nvhpc ubuntu20.04-x86_64 ------------------------------------- nvhpc@21.5 ::: - 使用 Intel icc 安裝 pkg ```spack install pkg%intel``` - 使用 Intel icx 安裝 pkg ```spack install pkg%oneapi``` ### spack list check all pacakge that could be installed by `spack` ### spack info `pkg` get detailed information on the `pkg` ### spack spec `pkg` show what would be installed, given a spec for `pkg` ### spack install `pkg` 安裝，舉例： - 安裝 GCC - OpenMPI 5.0.2 版本，用 gcc 編譯，開啟 orterunprefix，底層使用 ucx 通訊: - `spack install openmpi@5.0.2%gcc+orterunprefix fabrics=ucx` - 安裝 hdf5 及其依賴 - `spack install --fresh --no-cache --overwrite hdf5+fortran+mpi+hl%nvhpc ^openmpi@4.1.4%nvhpc+orterunprefix+cuda cuda_arch=80 fabrics=xpmem,knem,ucx,hcoll ^ucx@1.13%gcc +thread_multiple+knem+xpmem+cma+rc+ud+dc+mlx5_dv+ib_hw_tm+dm+verbs+gdrcopy+cuda+optimizations+rdmacm cuda_arch=80 ^rdma-core~static` ### spack find `pkg` 找到已經安裝的 pkg :::info ```$ spack find``` ==> In environment cupy ==> Root specs cuda@11.3.0 cudnn nccl +cuda cuda_arch=70 py-pip@21.3.1 python@3.10.6 ==> 61 installed packages -- linux-ubuntu20.04-zen2 / aocc@3.2.0 -------------------------- berkeley-db@18.1.40 ca-certificates-mozilla@2022-07-19 expat@2.4.8 gettext@0.21 libffi@3.4.2 libmd@1.0.4 ncurses@6.2 perl@5.34.1 py-pip@21.3.1 readline@8.1.2 tar@1.30 xz@5.2.5 bzip2@1.0.8 diffutils@3.7 gdbm@1.19 libbsd@0.11.5 libiconv@1.16 libxml2@2.9.13 openssl@1.1.1q pkgconf@1.8.0 python@3.10.6 sqlite@3.38.5 util-linux-uuid@2.37.4 zlib@1.2.12 -- linux-ubuntu20.04-zen2 / gcc@9.4.0 --------------------------- berkeley-db@18.1.40 cmake@3.23.2 expat@2.4.8 libbsd@0.11.5 libnl@3.3.0 nccl@2.11.4-1 pkgconf@1.8.0 py-wheel@0.37.1 sqlite@3.38.5 zlib@1.2.12 bison@3.5.1 cuda@11.3.0 flex@2.6.4 libffi@3.4.2 libsigsegv@2.13 ncurses@6.2 py-docutils@0.18.1 python@3.9.13 tar@1.30 bzip2@1.0.8 cudnn@8.2.0.53-11.3 gdbm@1.19 libiconv@1.16 libxml2@2.9.13 openssl@1.1.1q py-pip@22.1.2 rdma-core@39.1 util-linux-uuid@2.37.4 ca-certificates-mozilla@2022-07-19 diffutils@3.8 gettext@0.21 libmd@1.0.4 m4@1.4.19 perl@5.34.1 py-setuptools@63.0.0 readline@8.1.2 xz@5.2.5 ::: > 用 Compiler 來分類套件，所以 `module avail` 會分成 `find` 和 `compilers` ### spack find --load 找到已經 load 的 pkg ### spack load `pkg` load pkg，可與 module load 同時使用。 > spack load 可以利用上面的套件篩選方式快速找到可用套件，module load 需要完全打對名字。 ### spack location -i `pkg` 找到 pkg 的實際安裝位置 :::info ```$ spack location -i python@3.10``` /opt/.spack/Spack/opt/spack/linux-ubuntu20.04-zen2/aocc-3.2.0/python-3.10.6-fomu6zh4rk4h6yxcrkkescvramk53epe ::: ### spack build-env `pkg` 確認當時安裝 pkg 所使用的環境變數 ### spack load --sh `pkg` 找到 load pkg 相關的環境變數 >（可以在 srun 用（？） ### spack unload `pkg` 從已經 load 的清單移除 pkg - `-a` 移除全部 ### spack edit `pkg` 手動編輯 package files ## env 用於視覺上得區隔環境，env 內外可以互相引用編譯好得套件。 env 內僅顯示有被 load 和在 env 內安裝的套件，視覺上比較清晰。另外可以一次移除 env 內安裝的套件。 :::info - 先建立環境。`-p` 是顯示在 (env) shell 的左側 ```$ spack env create cupy``` ```$ spack env activate -p cupy``` - 安裝並 load 套件。 ```$ spack install cuda@11.3.0``` ```$ spack load cuda@11.3.0``` ```$ spack install cudnn ^cuda@11.3.0``` ```$ spack load cudnn@11.3.0``` ```$ spack install nccl+cuda cuda_arch=70``` ```$ spack load nccl+cuda cuda_arch=70``` ```$ spack install py-pip@21.3.1 ^python@3.10``` ```$ spack load py-pip@21.3.1``` - 安裝完成後可使用套件。 ```$ pip install cupy-cuda113``` - 離開環境 ```$ spack env deactivate``` ::: :::warning env 在編譯套件的最後，可能會因為合併 prefix 產生 Fatal error，但這屬於 Spack 的 Error，只影響 Spack 的 view，不影響套件的完整性，可繼續使用。（或許關閉 view 可以解決這個問題） ::: ## 將 Binary 或閉源執行檔納入 spack 管理 - 自動尋找系統上已經存在的 lib ``` spack external find ``` - 手動加入已經安裝好的 lib vim ~/.spack/packages.yaml ``` packages: openssh: externals: - spec: sample@1.0.0%gcc prefix: /usr ``` :::warning 以上兩種都只會將 lib 放進可以 `^` 的行列，無法直接被 `spack load` 若需要 `load`，需要 spack install `sample@1.0.0%gcc` ::: ## spec matrix TODO ## ref https://spack-tutorial.readthedocs.io/en/latest/ https://re-ra.xyz/Spack-%E5%85%A5%E9%97%A8%E6%8C%87%E5%8D%97/#%E5%AE%89%E8%A3%85