# 醫學數位內容

## [課程目標](https://mos2718.github.io/MICexp/S0_Introduction2021.pptx)
- 使用工具及範例程式，分析常見的醫學數位內容。
- 搭配應用情境，了解資訊整合流程。
- 基於範例程式及應用情境，用以致學，了解實際應用所需資訊知能。
- 參與醫資開發團隊，探索健康醫療未來發展
- **學會做專案(應用知識)**

## Super junior projects
- 輔導國高中及大學低年級同學用以致學:
- 1.可基於所學內容發展臨醫數位教材
- 2.[可建構標準化問卷及測驗](https://hackmd.io/1AYPKLv_RDSAMcD91gXwpA)
- 3.教材內容及測驗可放置到標準化學習內容管理平台，與數位學習系統整合應用
- 4.可協作發展標準化醫療、健康、及照護應用

## [檔案及串流資料解析](https://hackmd.io/lw-wxcs_Rhm1o0_QP4Eddw?view)
## [JSON data](https://hackmd.io/D2mj64z6SBSN7LikIzoscA?view)
## CSV 檔
-https://hackmd.io/k3RH4UyEQeW4rxiLOER0bg?view

## meta data
- 可問 chatGPT
- 可用 FHIR documentReference 及 imagingStudy 描述一般數位檔案及 DICOM 影像

## txet and binary based data
- txet based data(文字檔): 文字資料+排版資訊。文字編輯器可產生及編輯及產生。(不建議用專屬的文件規格，如word 或 pdf )
- binary based data(數位檔): 字元、整數、浮點數、文字混雜形成的資料
-- 如程式物件存檔後的資料， Tag,length,value data

### 文字檔範例
- 包含一列形成的文字檔，如 CSV檔
- 結構化文件，如 XML 及 CSV 檔
### 數位檔解析挑戰 or 物件存檔後解析的困擾
- 每個人定義的物件包含的內容、選用的資料格式、資料排列順序可能不相同
- 同一程式，版本異動後，物件包含的內容可能不同。新版物件及程式解析舊版物件存檔的資料可能有問題
-- 物件有辦法繼承，但無法解讀舊資料
- 不同之作業系統，endian 可能不同

## [與作業流程及系統整合應用](https://hackmd.io/CskfdyIRSsCL6msZ94zirQ?view#Healthcare-workflow)

## clinical data
- 文字病歷、 [醫學影像](https://hackmd.io/ZnZthfFjS66Zu4B3Roh3Kg?view)、[生醫波形](https://hackmd.io/Ts4PFnhaSLWP10Wf-zghLg?view)、[基因檢測](https://hackmd.io/OhI7XC1vSxe9b6tDRxqHgw?view)

## 範例程式
- [Python exp 1](http://203.64.84.150:51888/user5/v/2022-08-30CSVtoFHIR.mp4)、Python exp
- [C](https://hackmd.io/KYRvbjcySseWqkzJZBxlEA?view)
- [JS](https://hackmd.io/jFpJ3uPySMihW4vqKeQg3w?view)、Python

### 相關連結
- [DICOM 檔案](ftp://medical.nema.org/MEDICAL/Dicom/DataSets/)
- [ DICOM](http://203.64.84.113/t/DICOM/index.htm)
- [HL7 V2 簡介](http://203.64.84.113/t/HL7V2/index.htm)
- [FHIR Genomics](https://hackmd.io/mSG-AjykTg2O6GN132DC_A)
## de-identify and deploy
- 通常儀器產生的生醫訊號或影像檔案中包含 1.擋頭(個資、就醫、儀器參數等) 2. 資料。建議匿名化發布步驟:
- 1.讀取生醫及影像資料，找到資料檔頭
- 2.去除擋頭將資料另外存檔
- 3.發布單存的資料
- 4.產生資料的meta data(個資、就醫、儀器參數、讀取URL等) 另外保存
- 另可基於上述結果建立，匿名的內容儲存庫及檢視系統
-- 匿名的內容儲存庫、[檢視系統範例](https://drive.google.com/drive/folders/1GzovVscVYER7m6K1IIxfO6D-7z0_7llW?usp=share_link)

## 相關 Line 群組
- FHIR 癌病個管: https://line.me/R/ti/g/T_5v96gINw
- FHIR financial:
https://line.me/R/ti/g/sSx1FuYVxO