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# System prepended metadata

title: Sleep and breathing

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# Sleep and breathing

## sleep database and tool
https://archive.physionet.org/physiobank/database/capslpdb/
https://sleepdata.org/datasets

## 建構標準化睡眠異常資料收集平台
- 請基於上述內容，並參考相關文獻，產生一份計畫書。計畫書主題為"建構標準化睡眠異常資料收集平台"，包含以下章節:
摘要
研究動機與研究問題
文獻回顧與探討
研究方法及步驟
預期結果
參考文獻
[chatGPT result](https://chat.openai.com/c/25906400-9bdf-4d49-b843-82a569c2366c)

## EDF 檔解析
[chatGPT result](https://chat.openai.com/share/ee19e9e9-abe2-4ce0-b6d7-5efd94e9d47b)

## Trello: TZ hospital project
- https://trello.com/b/ODImoo9Q/%E7%9D%A1%E7%9C%A0
## 12/15
- 系統流程
  ![FHIR 生醫資訊儲存及就醫流程模擬系統](https://hackmd.io/_uploads/ryVgUGFIT.jpg)
- 系統展示
- FTP 發布訊號議題
- 人才培訓及延續
- MISAC connectathon for super junior
-- 很需要低年級同學長期參與，如發展影像及訊號標記與報告標準化系統
-- 熱心線上講師快速入門教育訓練
-- 搭配精準醫療、智慧醫療、長期照護之應用

## 期末報告
建構標準化醫療物聯網模擬平台:以睡眠異常診治系統為例
建構標準化睡眠異常資料收集平台

醫資標準是系統整合應用的基礎，而目前並無睡眠異常檢測標準規範，本計畫建構標準化睡眠異常診治系統。系統基於 FHIR 醫資標準，將睡眠異常診查過程之病人、就醫、訊號、及索引資料標準化，並將文字形資料標準化後，放置於 FHIR 伺服器，睡眠訊號放置於 FILE 伺服器，系統提供睡眠訊號調閱檢視介面，以利後續檢視及診斷。本計畫開發之系統可透過 FHIR 標準 API 與醫院 HIS 整合應用；利於醫院 HIS 提供睡眠異常篩檢服務請求(FHIR serviceRequest) 轉介到睡眠中心做檢查，利於基於 FHIR encounter 進行睡眠檢查就醫管理；由不同次就醫檢查，比對評估其睡眠改善狀況。並使用 FHIR documentReference 管理睡眠過程紀錄之腦波、呼吸、血氧、心電圖、肌電圖等訊號，利於後續分析應用。我們希望未來可擴展此系統，可將訊號標記及睡眠檢查報告標準化。並解析現行各式睡眠檢查儀器產生之 EBM、EDF 等不同格式的資料，並將資料規格匿名化、標準化，雲端存放。利於整合不同醫院產生的睡眠訊號，也利於民眾居家進行睡眠訊號紀錄，授權記錄資料給醫院技師及醫師進行診斷評估。
## connectathon
- https://hackmd.io/ewZ8VrA6TwaVstc4rQdwhg

## 問卷
Pittsburgh Sleep Quality Index (PSQI)
https://www.goodmedicine.org.uk/files/assessment,%20pittsburgh%20psqi.pdf

Epworth Sleepiness Scale
https://www.cdc.gov/niosh/work-hour-training-for-nurses/longhours/mod2/epworth-P.pdf
- 已有初步 FHIR 問卷網頁
## 11/24
- [trello 專案管理](https://trello.com/b/ODImoo9Q/%E7%9D%A1%E7%9C%A0)
- FHIR and media server 雲端主機(AI 中心 Andy 主任與 google 合作)
- 標準訂立與聯測
-- [2023/10 MI-TW connectathon](https://mitw.dicom.org.tw/2021/connectathon.html)
-- [2023/11-12 IoT 小型聯測](https://hackmd.io/ewZ8VrA6TwaVstc4rQdwhg?view#use-case-11) 
-- 2024/7-8 醫學影像及連續性波形、標記、及報告
- 跨域人才培育
-- 台灣
-- 國際 向下紮根
慈大醫工楊惠雯 助理教授 睡眠分析專家
-- 國際跨域人才
--- 數位
- 12/15 
https://hackmd.io/EzLeXI_kQoK474myGTJdcQ?view
https://mitw.dicom.org.tw/#/Tracks/2
https://www.youtube.com/watch?v=YwtVudNtgzk&t=214s
http://203.64.84.150:51888/user5/23/2023-09-14FHIRwaveform.mp4
## 0908 
- [會議記錄方式](https://hackmd.io/7PqtWOkbQp6SV0JXLz6oSg#%E6%9C%83%E8%AD%B0%E8%A8%98%E9%8C%84)
- 經費執行及購案
- 後續計畫
-- 訂立及公告標準、聯測、徵求合作醫院、民眾、政府機構、廠商
- 2023 10/2-6 MI-TW 聯測 
-- https://mitw.dicom.org.tw/#/Result
-- https://mitw.dicom.org.tw/
-- 工作坊: 與AI協作之醫資標準化系統推行工作坊(10/6 (五) 10:00-14:00) 
- FHIR Waveform 
-- [如範例](https://docs.google.com/presentation/d/1Bm4xFyMZTbz13raH2JWNrxM4XsjhSoRF/edit#slide=id.p1)
-- 後續加入[FHIR 標記座標、標記意義說明](https://docs.google.com/document/d/1HOpYZ8leRtXIBoah_6qc4d4kLEeVXeX_/edit?usp=sharing&ouid=107126242390772765102&rtpof=true&sd=true)
-- 教育訓練及訂立標準



## 0724
FHIR 生醫資訊儲存管理系統
系統功能:
EBM 睡眠訊號解析程式
EBM 資料匿名及對照表產生程式
FHIR 開源伺服器安裝說明
生醫資料上傳調閱前後端程式
FHIR 匿名病人及就醫資料上傳網頁

保固:兩年


近期工作:
舒雅週三下午兩點
週三晚上八點半資深校友程式高手來支援
入口網站程式
PHR 及 EMR 人員、組織、裝置規格確立
QT C++  EBM 資料解析、匿名、對照表、FHIR Patient 及 Encounter

client 裝置憑證產生 27 晚上八點
FHIR server 安裝文件 文榮
FHIR server 安裝 co co 香港主機及林宗輝博士陽明主機 丘 陳
fhir server docker

FHIR server and DICOMweb  server 安裝

FHIR server + DICOMweb + FHIR gateway + 一些簡單之網頁範例程式 岳勳  Package 後續
-- 用於醫院、~~廠商~~、學校之教育推廣
-- 如用於某一科調閱就醫病人在 server 上的文件或影像(範例病例及影像也事先放在 Package 上)

JSON、 web server
範例系統安裝
程式及文件整理: 



## 0518
- 儀器可出哪些資訊手錶
- 數發 
- 東華有教授 運動處方
- https://hackmd.io/26qcRbfLRbSXu01XVkETXw?both#EBM-data
## EBM data
- EBM  and DICOM ECG viewer
-- https://drive.google.com/drive/folders/1GzovVscVYER7m6K1IIxfO6D-7z0_7llW?usp=sharing
- [EBM 資料說明及解析程式](https://drive.google.com/drive/folders/1HETPrqnvmMNm1QKDTVithRsJ6eI3ip7L?usp=share_link)
## 20230506 (舒雅)
1.先建立愛佳portal 端帳號登入及開課系統
2. de-identify and deploy 
https://hackmd.io/ESjpAB5ZRES_s2tucK9xxA?view#de-identify-and-deploy
- 翻成英文
## 舒雅規劃 20230420
- https://hackmd.io/P8qlSJvyTqCVU-je__3wZg
## 可能使用的系統及產生的訊號
- 醫院端: 睡眠中心、心肺功能室、病房等
- 居家及行動裝置: 生醫訊號擷取貼片、智慧手機、耳機、智慧床、音箱、攝影
- 訊號: 醫電、聲音、血氧、動作、視訊、儀器參數等
## 發展趨勢
- 由於 IoMT 興起，睡眠、呼吸、心律、心血管疾病評估及治療有機會在居家端進行
- 目前需進行:
1. 醫院端及居家端生醫訊號標準化
2. 收集數據，證明居家端訊號收集及判讀結果可與醫院端等效

## hospital exam work flow
![](https://i.imgur.com/4p3iN4c.png)
## 20230418 建立匿名化睡眠資料系統
- 睡眠中心資料匿名化上傳
- 建立匿名 FHIR server
-- 匿名 FHIR patient 及 encounter
- 匿名病人對照表(睡眠中心保存)
- **愛家人員管理，認證後，ID token** 連到問卷系統4/20 15:40 語文榮視訊討論
- 大挑戰: 需招募團隊來挑戰
-1. 基於特定資料結構，程式產生及解析資料
-- https://hackmd.io/lw-wxcs_Rhm1o0_QP4Eddw#%E7%A8%8B%E5%BC%8F%E8%AE%8A%E6%95%B8%E4%B9%8B%E8%B3%87%E6%96%99%E5%9E%8B%E6%85%8B%E4%BB%A5-C-%E7%82%BA%E4%BE%8B
-2. 各式的報告及問卷: 會有需多的 FHIR 分析報告要開發
-3. https://www.bnext.com.tw/article/68427/itri040601


## 20230321
- 睡眠中心  訊號 主機管理
- FHIR observation
https://docs.google.com/presentation/d/1mAiNWlShJ-wB67zEsFETK0p52JyT4mBv/edit#slide=id.p42
- Waveform data
https://docs.google.com/presentation/d/1Bm4xFyMZTbz13raH2JWNrxM4XsjhSoRF/edit#slide=id.p1

## 20230209
- 在參與 MI-TW  提標準化需求
- 宜花交流
- 證照及測驗
- 專利? : 呼吸 心率 血氧 演算法

## 目前成果
- 黃哲宇
-- https://github.com/Huang-Che-Yu/Sleep-Apnea
-- https://github.com/Huang-Che-Yu/MITW2020Patient
## conferences
- 20-22 April, 2023 Europe, virtual conference ?
-- https://sleepandbreathing.org/

呼吸 心率 血氧
大體
Open 網路學習平台
預定 30 個大體老師:  敘事訪談 + 影像重建
許嘉駿老師 病人外觀 AR VR 
四個專任 及兼任

3D slicer 

線上虛擬團隊
專案管控及經費報支


