# 112 數位內容作業 # 113 醫學數位內容 生醫資訊波形 單元目標 - 瞭解常見之生醫波形資料，及其應用情境 - 瞭解常見之生醫波形格式；文字檔及數位檔 程式分析生醫波形 c 8 行 體驗生醫波形標準化轉檔及呈現程式 要學甚麼(陳盈竹 健康醫療應用情境討論 1 單元目標 了解實務需求；接觸醫療資訊領域專家，了解現況及需求。參與醫療資訊相關研討會，了解發展趨勢 思考我想做什麼、可做什麼、如何去施行，討論如何與外界合作，長期發展 研討會與視訊會議 了解訊號規格 基於文件分析 與做過的人討論 程式簡單修改擴充 1. 找出訊號起始位置 2. mi-tw 工作小組 生醫波形發佈、調閱、及呈現 單元目標 學會資料發佈及調閱機制 體驗網頁繪製波形圖及滑鼠繪圖程式，了解要學甚麼 波形異常標記及判讀的應用 體驗生醫波形調閱及呈現程式 了解資料發布及調閱 了解生醫波形 DICOM 檔案概述 單元目標 了解 PACS 系統 了解醫學影像 DICOM 檔包含哪些內容及其資料格式 練習讀取及解析 DICOM 檔 醫學影像呈現 單元目標 了解醫學影像像素 module，如 Rows、Columns 、Pixel Data、pixel spacing 了解如何解讀 DICOM 影像常見標籤 體驗醫學影像解析範例程式 影像結構化報告 單元目標 了解影像結構化報告應用需求 體驗 HTML image finding 範例程式 NGS 定序產生的資料 單元目標 了解基因定序過程會產生哪些資料 了解 NGS 定序在臨床的應用 NGS variant calling 結果處理 單元目標 了解 NGS variant calling 結果文字檔 了解基因變異位點資訊在臨床醫療的應用 體驗 NGS CSV 報告轉 FHIR observation 了解 NGS 定序在臨床的應用 健康醫療資訊化流程 1 單元目標 了解就醫、看診、檢查流程，如影像檢查流程、檢驗檢查流程 了解流程經過的關卡 就醫、看診、檢查流程 https://hackmd.io/7YeI1b2YQRGqdeiZujeS6g?view#FHIR-healthcare-workflow FHIR and DICOMWeb imaging workflow https://mos2718.github.io/svgFHIR/Index.html 影像檢查流程產生的資料https://mos2718.github.io/svgFHIR/Examples.html 臨床 NGS 定序及報告產生流程 http://203.64.84.150:51888/user5/Geno/ppt/c1.pdf 健康醫療資訊化流程 2 單元目標 了解醫療流程使用之伺服器及子系統，每個關卡須向伺服器調閱及上傳的資訊 了解流程中資訊產生之次序及其參考關係 課程專題報告 1 可參予的計畫 參與工作小組 可做什麼 可現學現用 可與人合作 Project 影像檢查流程 檢驗檢查流程 時間的議題 課程專題報告 2 參與的專案及未來規劃 單元目標: 大學除了可不斷地學習及探索知識， 也可參與實際應用專案， 尤其是跨領域、與外界合作之專案。 數位學習可打破時空限制， 建議同學把握時間，積極參與專案(線上為主)。 從想做甚麼，轉變能做什麼、已做什麼! 單元目標: 現行各系統產生的資料規格不一， 健康醫療領域，很需要資訊標準化整合應用。 FHIR 新型國際醫資標準， 在電子病歷、健康照護、IoT、生醫訊號、醫學影像、基因分析、保險支付等皆有許多應用。 同學可與醫療及標準專家合作， 這可從整理 FHIR JSON 資料(這門課已有初步介紹)開始，站在產業的制高點，長期發展健康醫療應用。 量測標記及呈現 - 生醫訊號解析成功與失敗案例 生醫波形資料 byte stream and printf 出題 文字檔 (CSV, FHIR JSON, XML) 解析方式 數位檔 內含許多不同資料型態的資料，如病人基本資料、就醫資料、波形資料 - 病人及就醫資料可為文字型態(ASCII + 中文碼) - 波形資料可能的資料型態:文字型態數值、數值資料':1,2,4 byte int, 2,4,8 byte 浮點數 - 數值資料需考慮 sing 及 unsign , big endian little endian -- tag length value 資料 文字與數位資料混合: 說明 : 作業六、七可與範例程式或學長姐發展的系統整合應用。期末報告及寒假挑戰目標 ## 期末整合應用 - 與學長姐組成合作團隊。了解他們已開發的系統 - 學長姐發展之潛力應用將這學期所學內容及開始了解範例程式 ## [MI Projects](https://hackmd.io/F0mT1uZ6SsKhvfhSj5Z5DA?view) ## 作業五: 產生與課程相關題庫 如 ASCII、CSV、JSON、數位資料、DICOM 影像、NGS、醫護流程等，以此產生 5 題選擇題，並轉成網頁發布呈現。做法如下連結: https://hackmd.io/srcFRshdQVmbttOq0bMGnA?view#CSV-create-QQ-processes 將產生的題目網頁發佈到 github，在此繳交區回應可連結之 URL ## 作業四: 內容發布及網頁呈現 - 將呈現 CSV、JSON、生醫訊號、影像、NGS 資料的網頁程式發佈到網站 -- 同學還不會網頁程式沒關係，會教如何由 chatGPT 產生內容及網頁程式 -- 可發布到 github 上 - 產生可在瀏覽器呈現結果之 URL，將此結果貼到作業繳交區 ## 作業三: 讀取及呈現 CSV 檔 1. 請將以下 CSV 資料再加一列，記錄你的學號、姓名、及住址 2. 將準備好的資料存檔 3. 參考以下程式，讀取你的存檔資料 -- https://hackmd.io/lw-wxcs_Rhm1o0_QP4Eddw?view#C-read-file-example 4. 錄製你的修改的程式及執行結果畫面，繳交錄製結果 ```csv 111316007,蕭家閎,台中 111316008,陳每每,Taipei ``` ## 作業二 OBS studio 軟體安裝 1. 參考以下連結安裝 OBS studio -- https://obsproject.com/ --https://www.yzu.edu.tw/admin/aa/files/aatsc/OBS_Studio%E8%BB%9F%E9%AB%94%E5%AE%89%E8%A3%9D%E4%BD%BF%E7%94%A8%E5%8F%8A%E7%9B%B8%E9%97%9C%E8%A8%AD%E5%AE%9A%E8%AA%AA%E6%98%8E.pdf 2. 執行 OBS 錄製一段影片 (2分鐘即可，可呈現個人風格或喜好)，將影片分享到作業繳交區。可直接上傳檔案。或使用 google 雲端，分享 URL ## 作業一 - 在 hackmd 上發布你在大學期間最想做得五件事(並在其中兩件事注明可與師長共同進行) -- 條列的事情須具備具體施行方案，例如增進程式能力可改為每周上機練習程式至少 20 小時。又如，增進專業能力，可改為每學期至少參加五次專業領域研討會，並產生至少三份整理完善的新的報告，並與師長討論。 `請將 hackmd 連結貼到 moodle 作業繳交區` 學長姐提供之hackmd 使用簡報 1. https://drive.google.com/drive/u/0/folders/11TZFHisTS09rimjQOpHr9MKhtSbPxSl8 2. https://docs.google.com/presentation/d/1ZpLmQL7YzpE-fkYj7A7bhxxKeD8gqZntIc-mNQo5Z0s/edit#slide=id.p [chatGPT 回應](https://chat.openai.com/share/82041123-c99d-4307-a7e6-893700559452)