# 1號 Gromacs * 沒有使用hwloc hwloc -顯示CPU拓撲，比較方面地查看CPU各級緩存以及各個核、物理CPU之間，可以共享哪一級別的CPU cache便攜式硬件位置（hwloc）軟件包提供了便攜式抽象（跨操作系統，版本，體系結構等）現代體系結構的分層拓撲結構，包括NUMA內存節點，共享緩存，處理器插槽，處理器內核和處理單元（邏輯處理器或“線程”）。 它也聚集各種系統屬性，例如緩存和內存信息。主要是旨在幫助應用程序收集有關現代的信息計算硬件，以便相應有效地利用它。 hwloc可以多種方便的格式顯示拓撲。它還提供了強大的編程接口（C API）來收集信息有關硬件，綁定進程等的更多信息。 ## GROMACS 運行 ![](https://i.imgur.com/IfkKdvm.jpg) 1. 首先下載所需蛋白結構文件，為PDB文件。 2. 用pdg2gmx 獲得拓普文件。 * 拓譜文件 - 包含了模擬中定義一個分子的所有必需信息。 3. 定義盒子即進行填充溶劑、離子，使其達到能量最小化。 4. 開始模擬動力學之前，必須平衡蛋白質周圍的溶劑和離子。 5. 成品模擬。 ## 安裝流程 使用 intel mpi 編譯 及 mkl 函式庫 ### cmake ``` mkdir /usr/local/cmake cd /usr/local/cmake/ wget https://github.com/Kitware/CMake/releases/download/v3.20.0-rc2/cmake-3.20.0-rc2.tar.gz tar xvf cmake-3.20.0-rc2.tar.gz cd cmake-3.20.0-rc2/ ./bootstrap --prefix=/usr/local/cmake gmake -j16 gmake install cmake --version export PATH=/home/nckuhpclab08/cmake/cmake320rc2/bin:$PATH ``` ### gcc & openmpi ``` module load gcc/9.3.0 module load mpi/openmpi-4.0.5/gcc930 ``` ### mkl (函式庫) 問題解決 http://cdlc.cau.ac.kr/Gromacs/966 https://blog.csdn.net/arackethis/article/details/43488021 https://software.intel.com/content/www/us/en/develop/tools/oneapi/components/onemkl/link-line-advisor.html http://cdlc.cau.ac.kr/Gromacs/966 ``` module load intel/2018_u1 module show intel/2018_u1 export MKLROOT=/pkg/intel/2018_u1/compilers_and_libraries_2018.1.163/linux/mkl ``` ### configure and install ``` cmake -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl -DMKL_LIBRARIES=$MKLROOT/lib/intel64/libmkl_rt.so -DMKL_INCLUDE_DIR=$MKLROOT/include -DGMX_SIMD=AVX2_256 -DGMX_MPI=ON -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_BUILD_MDRUN_ONLY=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=ON -DGMX_DOUBLE=OFF -DGMX_GPU=OFF -DGMX_HWLOC=OFF -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/nckuhpclab08/gromacs-2020.2/gromacs2020.5-avx2 -DCMAKE_C_COMPILER=mpicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release -DCMAKE_COLOR_MAKEFILE=ON -DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=TRUE .. make make check make install export PATH=/home/nckuhpclab08/gromacs-2020.2/gromacs2020.5-avx2/bin:$PATH ``` ###### tags: `gromacs`