# IGV
Integrative Genomics Viewer の略

## 公式サイト
http://software.broadinstitute.org/software/igv/

## お役立ち・参考サイト
[bioinformatics ゲノムブラウザー IGV](https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/mapping/igv/)

[IGV 使い方 インストール〜便利な使い方まで | リファレンス・マッピングデータ・アノテーションを読み込んで表示しよう](http://bioinfo-dojo.net/2016/08/17/igv_mapping_data/)

[統合TV Integrative Genomics Viewer IGVを使い倒す 〜基本編〜](https://togotv.dbcls.jp/20140529.html)

[統合TV Integrative Genomics Viewer IGVを使い倒す 〜マッピングデータを可視化する〜](https://togotv.dbcls.jp/20140716.html)

[macでインフォマティクス IGVをコマンドラインから起動する](http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2017/07/05/132019)

## インストール方法
上記サイトを参照

または、condaにてinstall
`conda install -c bioconda igvtools`
`conda install -c bioconda igv`
※コマンドラインより使用する場合はcondaのほうが良いかも？
　（余談：筆者は公式サイトのやつ・condaの両方install済み）

## HowTo　マッピングデータを可視化〜GUI操作版〜
#### 0.準備体操
・igv install
(公式ダウンロードサイトより：http://software.broadinstitute.org/software/igv/download)

・igv　起動
zipファイルをインストール・展開し、フォルダに移動して
`./igv.sh &`
をターミナルで実行しIGV起動。

・samtools install
`conda install -c bioconda samtools`

・お好みのデータでRNAseq解析をやっておく。
→今回の場合、bamファイル（マッピングデータ）を使用します。

#### 1.bamファイルを染色体順にソート
例えば
`samtools sort -@ threads -o output.sort.bam input.bam`
こんな感じ
`samtools sort -@ 6 -o SRR000.Aligned.out.sort.bam SRR000.Aligned.out.bam`

#### 2.sort.bamにindexをつける
例えば
`samtools index output.sort.bam`
こんな感じ
`samtools index SRR000.Aligned.out.sort.bam`

※indexでは-@ threads の設定はできません。

#### 3.IGVでゲノムファイルを読み込む
ローカルにgenomeファイル持ってるよ、って場合はこちら。（←だいたいこっちだと思います）
「Genomes」→「Load Genome from File...」より選択して読み込む。
※サーバーにない場合は[UCSC](http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html)や[NCBI](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome)などから探し出してgenomeをローカルにダウンロードしておきましょう。

サーバーからgenomeファイルをダウンロードして読み込む場合。（←マニアックなgenomeはないよ）
「Genomes」→「Load Genome From Server ...」より検索してダウンロード。

#### 4.アノテーションファイル読み込み

「File」→「Load from File...」

※３とほぼ同じなので画像省略

#### 5.bamファイル読み込み
「File」→「Load from File...」
1.bamファイルを染色体順にソート　で出たファイルを読み込むよ！
これで、ほぼ完成です！

※画像省略・・・公開していいのか不明なデータしか手元にないので、イメージは参考URLをご参照ください。。。

#### 6.確認したい領域を指定
画像のように、確認したい領域を入力すると、確認したい領域に移動してくれます。
右上の「＋」で拡大、「ー」で縮小。

#### 7.画像保存
いい感じに表示できたら画像を保存しましょう！
「File」→「Save image...」　で名前をつけて保存です。

#### 8.セッションの保存
セーブ機能もあるよ。
「File」→「Save Session...」でセーブ。
再開するときは、
「File」→「Open Session...」で開く。

#### 9.IGV終了
左上の「×」をクリックで終了。

#### 10.そのた便利かも機能
・指定領域を表示
あらかじめ指定したい領域に移動する。（6.確認したい領域を指定　参照）
「Regions」→「Region Navigator...」
→「Add」→表示された領域をクリック→「view」→赤色で表示される。

縮小したらこんな感じ。
表示（赤色）を消す場合は「Remove」

・bamファイルが大きいとき・・・（表示されません！！）
必要なリードのみを抜き出す。
`samtools view -hb SRR000.Aligned.out.bam chr１:100000000-100200000 > new_SRR000.Aligned.out.bam`

・bamファイルをmergeしてみる。
※同一臓器毎にmergeする等。
`samtools merge merged.bam 1.bam 2.bam`

・そもそもsamファイルしかないとき。

`samtools view -Sb SRR000.sam > SRR000.bam`

参考URL：[macでインフォマティクス　bamファイルの分離とマージ](http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2017/06/07/192328)

## 基本編おわり
CUI（python）で動かす方法は別途