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title: réunion REMI du GA stats en IRMf

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# réunion REMI du GA stats en IRMf

Présents : 
Mélanie Pelegrini, Gaelle Leroux, Jean-Luc Anton, 
Oussama Abdoun, Isabelle Faillenot, Isabelle Corouge, Charlotte Sinding, Marie Chupin, Bastien Cagna, Jessica Lebenberg, Romain Viard, Marion Sourty, Cécile Bordier, Daniel Balvay, Thibault ., Pierre-Yves Postic, Jeremy Lefort-Besnard, Dmitrii ., Julien Sein, Emilie Poirion, V Auboiroux, Elise Météreau, Esther Fontaine, Khaoula Bouazizi-Verdier, Anne Kavounoudias, Raphaëlle Schlienger, MM El Mendhili, Hugo Boniface, Fabien Schneider, "guest"


Etudes de groupe en IRMf

# Problèmes rencontrés / questions soulevées :
- analyse de groupe quand hrf+dérivées modélisées en 1er niveau (plusieurs régresseurs au premier niveau)
- Prise en compte des variances obtenues au 1er niveau pour chaque sujet (différence entre SPM : effets aléatoires et FSL : effets mixtes)
- Prise en compte possible (et intérêt de le faire) des informations issues des différents runs acquis chez chaque sujet (mesurees répétées) ? 
- analyses de 2nd nv avec proposition full factorial/flexible...facteurs sujets/groupe/condition...
- covariables (nuisance ou pas ?)
- covariable sous forme d'image ? (existe-t-il une toolbox pour faire ça ?)
- à quel moment on fait des analyses par permutation ? Via SnPM (MPI) ou en Python (JLB)
- cas où il y a de grosses variations interindividuelles (des réseaux différents par sujet ?)
- analyse par ROI: extraction des valeurs moyennes puis analyse des données numériques dan sun logiciel de stats (+ éventuellement en utilisant un masque d'analyse dans SPM)

(à part) Auto-corrélation au 1er niveau


(Pb technique : Analyse par ROI avec NiLearn)


# Solutions logicielles :
SPM
FSL
FSL Randomize (incl. TFCE)
Toolbox Sandwich
SnPM
GLM Flex
Afni ?
Nilearn ?
Nilearn propose surtout des solutions "voxel-wise".Ca complique pas mal la manière dont on fixe les p-values limites. Pour combler ce manque, des méthodologies de permutations existent.
MVPA : nilearn, Cosmo-MVPA
VoxelStats ? (à vérifier)
équivalent TFCE (comme dans FSL Randomise) dans SPM par Christian Gaser (CAT12): https://neuro-jena.github.io/software.html#tfce
Pour les modèles mixtes : FSL (Flame ?) MFX (SPM)

# Pour échanger :
https://remi.network/fr/documentation/analyses-de-groupe?check_logged_in=1
https://discourse.remi.network/
Pour avoir accès à ce lien discourse, envoyer un mail à : naveau@cyceron.fr 


# Pour la suite :

- tableau des logiciels les plus performants pour les analyses de groupe selon point méthodo ciblés / quel logiciel permet ou pas de faire pour les analyses de 2nd niveau
- permutations/SnPM/TFCE : comment seuiller les cartes après ?


# emails:
jeremy.lefort-besnard@inria.fr
isabelle.faillenot@univ-st-etienne.fr
oussama.abdoun@pm.me
gaelle.leroux@cnrs.fr
Jean-Luc.Anton@univ-amu.fr
anne.kavounoudias@univ-amu.fr
raphaelle.schlienger@univ-amu.fr
charlotte.sinding@inrae.fr
pierre-yves.postic@cea.fr
isabelle.corouge@irisa.fr
elise.metereau@isc.cnrs.fr
sourty@unistra.fr
cecile.bordier@chu-lille.fr
mm.elmendili@univ-amu.fr
julien.sein@univ-amu.fr
bastien.cagna@icm-institute.org
melanie.pelegrini@inserm.fr
fabien.schneider@univ-st-etienne.fr
