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# Escrita Científica (NG296-MFN)


## 18/08/2022 - Aula 1: Introdução

Utilizaremos o mentimeter para as aulas:

www.menti.com

A disciplina utilizará o moodle para postar as aulas em pdf, os exercícios e material extra.

> Need Analysis is the process of identifying and evaluating needs in a community or other defined population of people. Identification of needs is a process of descrabing "problems" of a targed population and possible solutions to those problems.

Objetivos do curso:

* Mudar nossa visão em relação a como escrever e ler papers;
* Visualizar de melhor maneira quais experimentos serão necessários.

- [ ] Steal like an artist - livro (ler pdf em inglês)

A matéria terá sua nota resumida na criação de um toolkit (portifólio) onde 70% da nota serão mini atividades e 30% serão uma atividade final com tudo que foi feito.

Escolher de 3 a 5 artigos para analiza-los:

* Não trazer artigos de revisão;
* Papers curtos (geralmente de revista de alto impacto - são chamados de short communication);
* Bem divididos e com figuras;
* Artigos que tenham a ver com o que você está estudando - que seja útil;
* Autores nativos da lingua inglesa - pelo menos o primeiro autor ou o último;
* Recentes e de revistas importantes

Descrever em um parágrafo como é o meu estilo de escrita - se me sentir confortável escrever em inglês.

- [ ] Verificar a frequência e as palavras chaves utilizadas nos meus alarmes do Google Scholar

Para 04/09:

**Artigos escolhidos**

Primeiro passo:

Achando as melhores revistas

https://jcr.clarivate.com/jcr/browse-journals

Coloquei como filtro 2021 e Evolutionary Biology, tendo como resultado 52 journals.

Desses 52 vou pegar os 20% com maior IF - 10 ou 11 primeiras

[Molecular evolutionary analyses of tooth genes support sequential loss of enamel and teeth in baleen whales (Mysticeti)](https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S1055790322000768?token=7BA912F232B1E2DC13A5A658106A6973C7FB20397AF90817DA050ABBD3510B391ADFFB130AA1B3B896F65AA535240DA9&originRegion=us-east-1&originCreation=20220823232948) - Journal: Molecular Phylogenetics and Evolution - 2021 JOURNAL IMPACT FACTOR: 5.019

[Positive Selection and Inactivation in the Vision and Hearing
Genes of Cetaceans](10.1093/molbev/msaa070) - Journal: Molecular Biology and Evolution - 2021 JOURNAL IMPACT FACTOR: 8.800

[Phylogenomic Resolution of the Cetacean Tree of Life Using Target Sequence Capture](10.1093/sysbio/syz068) - Journal: Systematic Biology - 2021 JOURNAL IMPACT FACTOR: 9.160

[The bottlenose dolphin epigenetic aging tool (BEAT): A molecular age estimation tool for small cetaceans](10.3389/fmars.2019.00561) Journal: Frontiers in Marine Science - 2021 JOURNAL IMPACT FACTOR: 5.247

## 25/08/2022 - Aula 2: Sentences

Temos duas atividades para entregar até o próximo domingo (04/09)

Revista Predatória - revistas que ficam mandando e-mail e cobrando dinheiro, mas é péssimo publicar nelas (olhar o JCR).

Organização das frases

Sentence: grupo de palavras que faz sentido completo

Ex - This approach requires more instruments in the lab.

Clause: grupo de palavras que contém um verbo sendo parte de uma sentença ou a sentença completa

Ex - Athough methodological advantages were evident, this approach requires more instruments in the lab. (Independent clause)

Phrase: pequeno grupo de palavras que forma uma unidade significativa sem uma 'cluase'. Palavras agrupadas, sem sujeito ou verbo.

Does size matter?

Uma frase longa impacta diretamente na compreenção do leitor. Muitas vezes quando a frase é muito longa perde-se clareza.

O mesmo pode acontecer com frases muito curtas.

That-clause - Dependent Clause

Whether - mesmo significado de if, quase uma versão mais formal (verificar qual é mais utilizado na sua área)

Wh-Word Clause: what, when, why and where

Sempre que tivermos essas palavras com wh o verbo vai parar no final da frase.

Ex - We aimed to identify what the limiting factor was.

NOT: We aimed to identify what was the limiting factor.

Exemplo do google translate: Além desse erro vemos também que Our objective foi utilizado no lugar de We aimed, que não é geralmente utilizado em artigos.

Subjunctive Clause: Ligado ao sentimento de urgência e necessidade.

Fazer o exercício entregue pelo professor (correção no moodle)

Diferença entre that e which

THAT - Restrictive clauses: relacionado a informações que são necessárias para a frase funcionar

WHICH - Non-restrictive clauses: Adiciona uma informação além, mas não faz parte da definição da frase

Antes do which sempre vem vírgula.

No caso de in which a vírgula não é necessária.

Voz passiva e ativa:

ATIVA - Wild penguins attacked my sister.

Razões para utilizar:

1. Emphasizes author responsibility
2. To emphasize the subjecst of the sentence
3. Mais fácil de ser lida

PASSIVA - My sister was attacked by wild penguins.

Na metodologia a voz passiva se torna irrelevante, melhor usar a ativa nesse caso.

Contudo, a voz passiva é muito utilziada em momentos como o abstract.

O I não é muito utilizado, na linguagem acadêmica utiliza-se mais o We.

Verbos - não copiei, olhar depois

, > : > - > () > ; > .

comma > colon > dash > parentheses > semicolon > period

Do mais fraco no sentido de separação.

Existe uma gray area entre colon e semicolon, o dash e o parentheses poderiam estar trocados, por exemplo.

O semicolon tem todo esse poder no inglês pois ele pode separar independent clauses. Diferente de comma.

Para identificar onde usar o colon tem que ter uma independent clause antes (troque por um ponto final e veja se funciona).

*Revisando*

* Sentence (sentença): Um grupo de palavras que faz sentido completo. Contém um verbo principal e expressa uma idea completa. Uma sentença precisa conter um verbo.
> This approach requires more sophisticated instruments in the lab.
* Clause (oração): Um grupo de palavras que contém um verbo e normalmente outros componentes também sendo que esta pode ser parte de uma sentença ou pode ser uma sentença completa.

subordinate clauses

> Although methodological advantages were evitent, this approach requires more sophisticated instruments in the lab.

independent clauses prepositional phrase

* Phrase (locução): é um pequeno grupo de palavras que forma uma unidade significativa sem uma 'clause'. Uma 'phrase' é formada por palavras agrupadas, mas sem um sujeito ou um verbo.

**That-clauses** commonly appear in introductions, framing the larger context in which a study is situated. That-clauses typically follow an introductory independent clause as in the examples below. The noun clause is boldface.

> It is widely believed **that climate change may have major negative consequence.**
> It is well known **that climate change is one of the greatest challenges of the 21 st century.**
> Olivera has shown **that climate change has increased average temperatures of the polar regions by eight degrees.**

**If/whether clauses** highlight an issue or problem, to considervarious alternative findings, plans, interpretations, systems, or reactions, as well as to annonce the purpose of a paper.

> Few studies have considered **whether climate change may have been a factor in the hurricane that devastated New Orleans.**
> Therefore, this study aimed to determine **whether hurricane Katrina was a typical storm for New Orleans.**

A **wh-word clause** is a dependent clause that begins with a pronun such as **what, why, and where.** Wh-word clauses must follow the subject-verb pattern of statement rather than the inver verb-subject pattern of a question.

> We aimed to identify **what the limiting factor was.**
> NOT: We aimed to identify **what was the limiting factor.**


The use of the subjunctive form on a that-clause communicates a message of **urgency and necessity.** The subjunctive voie requires the verb to no inflection or tense form. In the case of the verb to be, the subjunctive appears as be.

> It is critical that the reduction of moisture penetration of the concrete surface **be** effective for many years.
> FDA guidelines requires that all samples **be** sealed in a water-proof container.
> Emergency flight evacuation protocols requires that the aisle of egress **remain** accessible at all times.


Relative clauses are dependent clauses that combine with an independent clause to form a complex sentences.

* Relative clauses refer back to a noun (also referred to as the antecedent) in the independent clause they follow.
* They function like an adjective, giving more information about the antecedent by answering the questions what kind of ? or which one?
* Relative clauses are introduced by relative pronouns such as which, that, whose, who, and whom

Relative clauses can be restrictive or non-restrictive.

Restrictive clauses are introduced by the subordinator pronoun that. Unlike nonrestrictive relative clauses, they take no comma.

> Bioremediation is a technique that uses micro-organisms to remove pollutants and toxic materials
from the environment.

Non-restrictive clauses, in contrast, simply add more information about the noun they refer to, which has already been clearly defined. Non-restrictive relative clauses are introduced by the subordinator which preceded by a comma:

> Lake Baikal, which is located in Siberia, is the deepest freshwater lake in the world.

The Portuguese pronoun ‘que’ is mistranslated to what in cases where which or that are
required.

> In the English alphabet, the letter n is a nasal consonant, which means that air escapes through the nose during articulation.
> NOT: In the English alphabet, the letter n is a nasal consonant, what means that air escapes through the nose during articulation.

When and where are mistakenly substituted for which or that:

> This study investigated the inflammatory response in a two-hit model, in which the first injury is represented by ischemia and reperfusion.
> NOT: This study investigated the inflammatory response in a two-hit model, where the first injury is represented by ischemia and reperfusion.

The preposition is mistakenly omitted as in Portuguese or the wrong preposition is used.
> Western Blotting is a technique in which genetic material is filtered by nitrocellulose, and then identified by chemiluminescense, or auto radiography.
> NOT: Western Blotting is a technique which/to which genetic material is filtered by nitrocellulose, and then identified by chemiluminescense or auto radiography.

Restrictive that and non-restrictive which are confused:
> Black holes, which emit intense radiation, are not visible to the human eye.
> NOT: Black holes, that emit intense radiation, are not visible to the human eye.

That is used where who is required to refer to a human subject:
> He is the doctor who was nominated for a Nobel prize.
> NOT: He is the doctor that was nominated for a Nobel prize.

The object pronoun whom and subject pronoun who are confused:
> The chancellor of the university is the person to whom you should direct the blame.
> NOT: The chancellor of the university is the person to who you should direct the blame.

**Write with verbs**

➤ use strong verbs.
➤ avoid turning verbs into nouns.
➤ don’t bury the main verb.

Pick the right verb!

> The WHO reports that approximately two-thirds of the world’s diabetics are found in developing
countries, and estimates that the number of diabetics in these countries will double in the next 25
year.
> The WHO **estimates** that two-thirds of the world’s diabetics are found in developing countries, and **projects** that the number of diabetics in these countries will double in the next 25 years.

Use “to be” verbs purposefully and sparingly.

Avoid weak verbs (occur, see, exist, observe); favor stronger words that describe the relationship in the sentence.

Don’t kill verbs by turning them into nouns.

> During DNA damage, recognition of H3K4me3 by ING2 results in recruitment of Sin3/HDAC and repression of cell proliferation genes.
> During DNA damage, H3K4me3 **recruits** ING2 and Sin3/HDAC, which together **repress** cell proliferation genes.

Don´t turn verbs into nouns



**Punctuation**

, > : > - > () > ; > .

comma > colon > dash > parentheses > semicolon > period

**Semicolon**

Original: Many types of cells and tissues develop a kind of directionality. Certain events happen toward one end of the cell or tissue or the other. It’s a phenomenon called cell
polarity.

Using a colon: Many cells and tissues develop a kind of directionality called cell polarity; certain events happen toward one end of the cell or tissue.

The semicolon connects two independent clauses.

> As far as funding is concerned, it must remain an essentially public matter; it must not be subjected
to economic rules of quick profit maximization or politically opportunistic considerations.

Also used to separate items in lists that contain internal punctuation.

> These principles have withstood the test of time and are quite simply to support people, not projects; to look for the very best; to not believe in quotas — not for countries, disciplines, gender or age; and to not get involved in short-term project funding dictated by the fashion of the day.

**Parenthesis**

Parenthesis (parenthetical expression): Use parentheses to insert an afterthought or explanation (a word, phrase, or sentence) into a passage that is grammatically complete
without it.

If you remove the material within the parentheses, the main point of the sentence should not change.

Parentheses give the reader permission to skip over the material.

Use the dash to add emphasis or to insert an abrupt definition or description almost anywhere in the sentence. Just don’t overuse it, or it loses its impact.

> “A dash is a mark of separation stronger than a comma, less formal than a colon, and more relaxed
than parentheses.”—Strunk and White
> “Use a dash only when a more common mark of punctuation seems inadequate.”—Strunk and White i.e. Reserve this tool for the really tough jobs!

It was the apparently random ‘trials’ that led to Röntgen’s discovery of Xrays, and a curiosity driven exercise par excellence that allowed Watson and Crick to elucidate the structure of the DNA double helix — a finding that has revolutionized the life sciences as a whole.

> We promote people — individuals — and have very good evidence to suggest that this is indeed the best policy to support research.
> Young scientists and scholars need space to pursue their quest for knowledge and to test themselves and their ideas — too much control and too many restrictions are fatal.
> Basic research — like writing an opera — is first of all a cultural undertaking, not a luxury, and
certainly essential.

**Colon**

Use a colon after an independent clause — subject and a verb — to introduce a list, quote, explanation, conclusion, or amplification.
> Actually, in many countries, basic research has come under pressure to justify itself: it is endangered and has become vulnerable.
> Although Gladstone himself did not live to see the rise of the electrical industry or benefit from the tax revenue it generated, the salient point is that returns on research investment are longterm and can be massive: up to 60% per year according to recent estimates.
> So let us be in no doubt: basic research that, sooner or later, enables further discoveries or inventions and spawns applications that benefit society is a public good.

**Comma**

Use a comma to separate a series of three or more items:

> I take a dictionary, a notebook and some paper to class every day.

Use a comma before words like and, but, or, so, and yet to separate two parts of a sentence that each have a subject and a verb.
> She needed some work experience, so she got a part-time job.
> He did not study at all, but he still got 87% in the test.

Use a comma after an introductory word or expression, such as However, Therefore, and In conclusion:

> However, the high price of electric cars means that most people cannot afford one.

**TIPS FOR CLEAR SENTENCES**

1. Each sentence or clause presents one main idea.
2. The beginning of the sentence supplies context, the link to what is already known.
3. The end of the sentence has the new information, the information you want to emphasize.
4. Keep subject and its verb close together.
5. Write with strong nouns and action verbs.
6. Omit needless words.
7. Place modifying phrases and clauses correctly. Do not dangle modifiers.
8. Let the subject fit the verb.
9. No sentence fragments.
10. Use parallel constructions.
11. Avoid strings of nouns (nominalisation).
12. Avoid unclear pronoun references.

## 01/09/2022 - Aula 3: Paragraph

A ideia básica é manter toda uma ideia em um parágrafo. Se estiver muito grande mantendo essa mesma ideia em um único parágrafo você pode dividi-la entre subtópicos (Ex: se temos uma ideia com pros e contras esses dois pontos podem se transformar em dois parágrafos).

Problemas comuns ao construir parágrafos:

* Tamanho: muito longo ou muito curto;
* Tema principal não está claro - um bom parágrafo deixa na cara qual sua ideia desde o começo;
* Lembrar de utilizar bem os linking devices (Furthermore, consequentialy, in adittion...)

Propriedades de um bom parágrafo:

Unidade: Sobre o que aquele parágrafo vai falar, suporte e desenvolvimento da ideia e uma sentença resulmindo o que foi dito no final é interessante também;
* TOPIC SENTENCE: frase que dá o principal tema do parágrafo, geralmente encontrada no começo, ajuda o leitor a saber sobre o que será dito.

Signpost words - SW

Linking back devices - LBD

Repetitions - R

*Revisando*

**What is a paragraph?**

* A group of related sentences developing (logically) a single idea.
* Good paragraphs help you as a writer to stay on track during your writings and your reader to follow your writing.

What makes a good paragraph?

* unfied - all sentences relate to the main idea;
* well developed - there is apt and sufficient supporting detail;
* coherent - ideas and sentences flow logically and smoothly.

The basic rule: keep one idea to one paragraph. If you begin to transition into a new idea, it belongs in a new paragraph. You can have one idea and several bits of supporting evidence within one single paragraph. You can have several points in a single paragraph as long as they relate to the overall topic of the paragraph.

**What constitutes a new idea?**

* A paragraph may introduce an idea that’s entirely new, or it may take a new perspective on something already under discussion. For instance: shifting from advantages to disadvantages of a procedure, or from evidence supporting a hypothesis to that opposing.

**Properties of a good paragraph**

**UNITY:**

Topic sentence: Thos sentence gives the main theme or idea for the paragraph. Usually found at the beggining, but not always explicit. One great advantage: it helps YOU as the writer to establish what information needs to be included.

* Ilustrate the central theme of the paragraph;
* Act as a platform for the rest of the paragraph;
* Get the reader interested and give an idea of the direction in which the paragraph is going.

Example:


Subject development: supportug ideas, logical reasoning, use of sources, details, example, statistics to support, argument and authenticate the initial idea in the topic sentence

Summary sentence

COHERENCE AND COHESION: Coherence refers to the way a text makes sense to the reader through the organization of its content and the relevance and clarity of its concepts and ideas. It also refers to the linking of ideas from one sentence to another.


3 ways of improving COHESION:

* Signpost words/phrases (SW) - link the previous sentence and indicate what kind of information will be give in the next sentence (e.g. however, moreover, on the other hand);
* Linking back devices (LBD) - link back the words earlier in the same sentence or is a previous sentences (e.g. this, any, their, etc);
* Repetition (R) - IT'S OK TO REPEAT!



ADEQUATE DEVELOPMENT:Be careful with paragraphs with only two or three sentences! The topic should be discussed fully and adequately.


Topical Progression:

* Constant topic: when the writer uses the same topic in a series of sentences.
* Progressive topic: an element of the comment of the previous sentence becomes the topic of the next.
* Hypertopic: the first sentence introduces a general topic, the 'hypertopic', using a superordinate term. The topics of the following entences form sub-topics of the hypertopic.
* Slit topic: two or more elements of the 'comment' in the first sentence are picked up as the topics of the following sentences.

Other organization patterns:

* Spatial or temporal: it works well for description. For instance, of a stratigraphic section from bottom to top, or an experimental procedure from beginning to end.
* General to specific: this scheme introduces a general topic and then narrows it to finer and finer detail. This is particularly effective in an Introduction.
* Specific to general: this scheme reverses the previous one, building from details to a broader conclusion. This scheme is particularly effective in a discussion or conclusion.
* Certain to uncertain: conventional wisdom before showing its limitations or providing a competing new model.

**When do I start a new paragraph?**

* When you begin a new idea or point;
* To contrast information or ideas - separate paragraphs can serve to contrast sides, different points;
* When your readers need a pause (when the paragraph becomes too long…);
* When starting your conclusion (always new paragraph).



## 08/09/2022 - Aula 4: Planning your writing

> "Writing can present a challenge for some students as it is cognitively demanding and invokes a deep and powerful kind of learning"

Começar a escrever envolve várias coisas, como por exemplo, como ler artigos e fazer anotações de maneira mais sistematizada.

**Writing for discovery isn´t equal to writing for presentation.**

Zotero - talvez seja melhor que o kami, dar uma olhada (consegue separar seus highlights em um arquivo txt)

Manuscript.yo - Uma versão do googledocs focada em artigos científicos

Bibliographic tools - Zotero e mendeley

Evitar: colocar nome dos autores como sujeitos nas suas sentenças, a não ser que essa informação seja de fato relevante (Exemplo: duas ideias contrárias em relação a um tópico, João disse x e Hnerique disse y).

Suas anotações tem que conseguir voltar para o artigo que disse aquilo (referências com link, anotações sistematizadas).

**Fazendo citações usando revisões: se for o que foi feito no laboratorio, métricas, é melhor citar o paper original. Se forem ideias, algo mais geral, cita o artigo de revisão.**

Outra ideia em relação a citações, ao falar sobre o tópico que você trabalha é interessante citar o seu trabalho e do seu grupo e de grupos que também trabalham com isso. Além disso, também é interessante que na tradução um parágrafo introduza como o seu trabalho se encaixa no trabalho do seu grupo.

Deixe bem separado o que é uma ideia SUA e o que é algo escrito por OUTRAS PESSOAS em suas notas.

Pesquisar as palavras chaves usadas nos artigos que foram mais importantes pro desenvolvimento do meu trabalho.

Ler a conclusão do paper é bem importante, talvez mudar a minha estratégia para ler a conclusão primeiro.

Ver a cara do paper > olhada inicial no geral > ler conclusão.

Miro - estruturação de esqueleto

Take Home Message (slide importante)

A cover letter que você manda para uma revista é de extrema importância. Você irá convencer o editor da revista que vai ler seu artigo expondo o que você fez e descobriu de forma clara.

Imprimir os textos que foram escolhidos.

THM - Vai estar no resumo (na penúltima frase, pode estar na última também mas é melhor colocar na penúltima), título, conclusão, final da introdução e objetivos.

Exercício 1

Identify the THM in the articles you brought

1. Molecular evolutionary analyses of tooth genes support sequential loss of enamel and teeth in baleen whales (Mysticeti)

R
> These results imply that some stem mysticetes, and even early crown mysticetes, may have had vestigial teeth comprised of dentin with no enamel.

C
> In summary, nine of 14 odontocete species that were included in our study have one or more inactivating mutations in their battery of seven enamel genes.

2. Positive Selection and Inactivation in the Vision and Hearing Genes of Cetaceans

R
> By using contingency tables incorporating taxon- and gene-based controls, we show that, although numbers of positively selected hearing and nonsyndromic hearing loss genes are disproportionately high in cetaceans, counts of vision genes do not differ significantly from
expected values.

I
> large-scale analyses of selection targeting genes related to hearing and vision and incorporating a diverse group of cetaceans as well as their closest living relatives, the hippopotamuses, have not been attempted.

Resumo da ópera: a repetição não é algo ruim. No primeiro exemplo encontrei a THM em 3 pontos do artigo diferentes, pelo menos, isso faz com que o ponto principal do seu artigo fique ainda mais exposto e rico.

O ponto aqui é aprender o que faz mais sucesso e funciona melhor na minha área para mimetizar nos meus trabalhos.

Tentativa de definir minha THM: A predição de microRNAs presentes em cetáceos e a anotação funcional através da predição de alvos (mRNAs) de forma in silico, trará novos insights em relação ao funcionamento da regulação gênica no táxon e sua evolução.

**Mind Mapping**

> A mind map allows a user to record a great deal of information in the form of linked ideas with keywords and images.

Mind Map de projeto - no centro temos o objetivo do trabalho

Mind Map de paper - no centro temos a THM do trabalho

GitMind - site para fazer mindmaps

Fazer o mindmaps do meu projeto e de um paper antigo ou em andamento.

Mindmap > Outline do paper (dicas): agrupar juntos os resultados que fazem sentido juntos e que provam algo para o leitor.

## 15/09/2022 - Aula 5: Abstract

> It's the small pieces that make the big picture

* O resumo gira em torno de 150 a 250 palavras;
* A maioria das pessoas lê o resumo depois de ler o título;
* Tem que ser consiço, mas completo.



Colar aqui prints dos slides com os identifying moves 1 e 2

Temos 2 tipos de abstracts: **Informativo ou descritivo.**

No primeiro exemplo temos uma forma mais informativa de passar a informação. (Informativo)

O segundo exemplo é nos slides é algo bem geral, onde o trabalho ainda não foi feito, provavelmente. (Descritivo)

O que não pode ser feito são os "fabstracts", onde inventam-se dados sem termos aqueles resultados ainda.

Sempre tentar deixar claro para quais propósitos tais metodologias serão utilizadas, caso ainda não tenha sido feito utilize sempre o verbo no futuro "vai usar" e não "foi usado". Isso deve ser feito para evitar os problemas relacionados a escrever algo que posteriormente pode não ser feito.

Um terceiro tipo é o abstract estruturado, que agora está ganhando mais força, nele, fica explicito quais frases se tratam de cada parte do artigo (INTRODUCTION, OBJECTIVES, METHODS, RESULTS AND DISCUSSION).

A tarefa dessa semana é tentar descobrir qual tipo de abstract foi feito nos artigos escolhidos.

Abstract template 1: Princial objectives and scope of investigation, Methods employed, Summary of results and Principal Conclusions.

Abstract template 2: Aim, Focus, Framework, Organization, conclusion (parecido com o primeiro exemplo - fora da nossa área de educação).

Abstract template 3: Some background information, The principal activity (or purpose) of the study and its scope, Some information about the methods used in the study, The most important results of
the study, A statement of conclusion or recommendation.

Abstract template 4: State concisely the question that was asked, the experiments that were done to answer the question, the results that were found that answer the question, the answer to the question.

**Be concise and complete:**

1. Why you did the experiment?
2. How you did your experiment?
3. Your major finding or findings.
4. Your major conclusion or conclusions about those finding.

**Verbal Signals**: sinais verbais que caracterizam cada pedaço do texto.

1. Transition: to show the reader when you move from one section to the next,
2. Identify: to identify the next point,
3. Relationship: to indicate what the relationship is betweeen the points that you make.

**Identifying a point** (colar do slide aqui)

Essa parte será a chave para construir o trabalho final da disciplina (portifólio)

> A well prepared abstract enables readers to identify basic content of a document quicly and accurately, to determine its relevance to their interests, and thus to decide whether they need to read the document in its interely

Quando usar passado ou presente?

> The most commonly used tenses in abstracts are the present simple (we show) and the past simple (we showed)

Quando o passado é utilizado no abstract it sounds more conservative (what you did) (simple past).

Quando usamos o presente fica mais dinâmico e convincente.

Isso é puramente estilo. Depende da revista e de quem esta escrevendo.

**Choosing the journal**

1. Make a list - várias revistas em que você pode publicar
2. Readership - para quem você está comunicando? para quem essa técnica é interessante? não adianta publicar em uma revista de fator de impacto alto mas não ser o público que interage e le seu paper. Onde a sua THM seria mais valorizada?
3. Current hot topics - hot topics é algo que vai aparecer em tudo quanto é revista, você tem que ver quais revistas são mais especializadas para publicar aquele tópico - misleading
4. Guide to authors - sempre leia o author's guide, onde a revista fala suas regras (exemplo: X número de figuras, highlights - frases curtas e outras estranhezas que são específicas daquela revista)

Olhar suas referências - se você está usando muito referências de uma revisasta pode ser interessante publicar nela.

Abstract tools - lista dos resources nos slides. Maneiras de evitar jornais predatórios, revistas que não são indexadas...

Impact factor - é interessante leva-lo em consideração, mas não tem estrita relação com qualidade, deve ser ponderado.

A frequência em que a revista publica é muito importante, por exemplo, uma revista que publica anualmente não é o que procuramos atualmente. Agora, uma bimensal é muito mais interessante pois ela é publicada duas vezes ao mês. Isso mostra como o impact factor é tricky pois uma revista que publica com mais frequência é mais interessante.

**Importante: Começar a criar o portifólio**

## 22/09/2022 - Aula 6: Introduction

Alguns pontos importantes:

1. Logic
2. Background
3. Relevant but short review
4. General to focuses

> Typically an introducttion starts with general ideas and then focuses down to ask the specific questions addressed by the study.

Leia as introduções dos artigos escolhidos e:

Positive Selection and Inactivation in the Vision and Hearing (...)

1. Conte os parágrafos: 4

A maior parte dos papers apresenta entre 3 a 5 parágrafos na introdução. Contudo, um número relevante de artigos apresentou 6 ou mais parágrafos. Na minha área esse número foi relevante e faz sentido pois nas áreas de evolução e genética muita vezes percebe-se uma "romantização", contar uma história, etc...

2. In one sentance, describe what the meaning of each paragraph (moves)

1 - Apresentação do tema (história evolutiva do grupo e caracterização) - Cetáceos, visão e audição
2 - Mais background - Diferenciação dessas características dentro do táxon e períodos em que essa diferenciação pode ter ocorrrido
3 - Informações específicas - Challenges for the perception of light in water e genes correlacionados
4 - Lacunas na literatura, propósito do artigo

3. Look for signal words

Over the course of..., with the exception of..., have not been attempted..., Here we assembled..., We predict that...

4. Take a closer look into the verbal tenses

Present perfect - have been, has been, oq vem acontecendo - o presente que arrasta (pesquisar mais para entender sobre depois)

Simple past - o que foi feito para chegar naquela resolução da problemática

**Metodologia da pirâmide invertida** - Known > Unknown > Question

**Moves**

First Move: Estabilishing a research territory

Think about:

* start with familiar background information
* identify the larger scope or field in which the research is situated
* why the manuscriot is important to the reader?
* think about the audience
* use logic to convince your reader

Idealmente, na introdução você tem que atacar a questão específica, chegando com o leitor até essa especificidade e além disso fazer com que o leitor enxergue a contribuição do seu trabalho para o campo estudado.

In the beginning...

1. General definition of a key term
2. Harmful or negative social implications
3. Review previous research

Second Move: Estabilishing a niche

Here you should:

* hook to gain reader's attention and draw them into the paper
* search for: paradox, error, inconsistency of previous literature, the lack of knowledge in the subject, general misunderstanding of the problem

Move 2 connects with 1 (what has been done) to Move 3 (what the present research will do); thus, establishing the reason for this study

Example: Yet, although significant advances have been made in deciphering the proteomic composition exosomes from various cell types (6, 11, 12, 16), **their interactions with various cellular and non-cellular components remain largely unexplored.**

Third Move: Occupying the niche

Move 3 is the final step and it shows you want to fill the gap (answer the question) created in Move 2.

* After the backgroud and the twint (the however sentence) the readers antecipate the response,
* you can be vague or cagey about it, but give them some expectation of what the paper purpose of the paper is,
* How you are going to address the problem and resolve the conflict (avoid the tendency to include too much information about the results in the introduction. Some papers give away the punchline too early, so few surprises are left to the reader).

O move 3 (final da introdução) pode ter tanto um "esqueleto" do que foi feito, tipo um resumão e pode ter a THM também.

Watch out for some problems

* coverage not well defined (too little or too much)
* no synthesis or discussion (just the facts)
* significance not discussed (If the problem is not stated in a reasonable, understandable way, readers will have no interest in your solution.)
* poor structure (The grocery list) - não conseguir conectar as ideias
* temporal myopia (last 10 years) - esquecer papers antigos que tem um impacto alto para o assunto (mais citados)

Paper seminal - paper que deu origem para uma nova linha de pesquisa

**When shoul I write my introduction?**

* outline (mind map)
* keep collecting information: relevant background information, construct your arguments, find a good way to convey your work
* abstract and introduction are best written last - finalizar, deixar pra escrever tudo no final é ruim

**Challenges**

* falar coisas que ja foram ditas várias vezes de uma forma diferente e interessante;
* ser sucinto: fazer com que diferentes tipos de leitores se interessem pelo seu paper
* imprecisão: ser muito geral, tomar cuidado

**Template da introdução**

(colar aqui)

## 29/09/2022 - Aula 7: Methods

Basic Template:

* Background: descrição do local, material, amostras que foram usados
* Experiments and observations
* Analysis

Some papers are more complex...

Whatever organization works best for you it is a good idea to sign it clearly: sub-titles

Can be written while you´re planning or conducting the research:
* is a great place to get your writing under way and build up some confidence
* does not require that much interpretation
* what you did was what you did, and you can´t change that * simple grammar and simple rules

> The task is to describe what you did in such a way that an informed colleague in the field could repeat the experiment based on the information you provide.
- David Lindsay

- [ ] Scientific writing = Thinking in words

Objetivos:
* ser um guia para os autores
* ajudar na publicação do paper (convencer os editores que o que foi feito está correto)
* replicabilidade

Aprpropriate detail:

* There is no straightfoward answer
* Give what your editor wants

O suficiente para entender o resultado, muitas vezes não o necessário para replicar.

O suficiente para provar a plauzibilidade.



1. Orient your reader to the big picture;
2. Use connectors: Next, First, Secondly, Finally...;
3. Using purpose is common;
4. To determinate, to obtain and others are frequently seen too;

**Conventional patterns**




**Action Verbs**


**Vocabulary**






- [ ] Copiar os book words para o portifólio

**Connecting Methods and Results**

* STRATEGY 1: Use identical or similar subheading in the Methods and the Results sections (e.g. Physicochemical characterization of nanoparticles)
* STRATEGY 2: Use introductory phrases or sentences in the Methods that relate to the aims (e.g. To generate an antidoby to XXX, a 236-bp DNA fragment was amplified using the PCR...)

## 06/10/2022 - Aula 8: Figures and Conciseness

**Figures, tables and graphs**

* Check the instructions of your target journal (that's why you have to think about the journals that you want to get published before)
* Question yourself: DO I REALLY NEED A FIGURE/TABLE? (if you have a graph showing 2/3 results it can be translated into the text with a good flow)

(copiar os exemplos de transformação de dados de tabela para texto em paper)

Figure or Table?

Para dados de seleção, por exemplo, uma tabela seria mais interessante que um dado. Mas esse tipo de decisão demanda tempo e reflexão.

**Importante notar:** Não é para falar "Na figura 4 os resultados são demonstrados." e sim explicar o que você quer que seja visto naquela figura.

(copiar exemplo do slide do grain size X distance)

**Table**

Pros:

* Give precise values (raw data)
* Display many values/variables

**Graphs**

Pros:

* Visual impact
* Show trends and patterns
* Tell a quick story
* Highlight a particular result

(copiar próximos slides sobre pros and cons)

Tabelas devem ser lidas de cima para baixo (copiar o exemplo)

Colocar sempre as variáveis dependentes mais a esquerda e as variáveis dependentes após.

Números devem sempre estar justificadas a direita. A única coisa que pode ser centralizada é o nome das variáveis.

(copiar a transformação da tabela da forma errada para a bonitinha)

Em figuras os pontos so devem ser ligados por linhas caso exista uma linha de tendência estatística ou se o mesmo ponto esta sendo representado mais de uma vez (mesmo espécime em uma linha variável de tempo).

---

**Conciseness**

* Be brief - less is more;
* Your writing need to be clear and concise - ideias complexas não precisam ter escrita complexa;
* Being robust isn't equal to longer alternatives (e.g. It is suggested that the relationship may exist - is related to);

(copiar exemplos ways to be brief)

- [x] USAR O GRAMMARLY NO GOOGLE DOCS
- [ ] OLHAR O HEMINGWAY

## 13/10/2022 - Aula 9: Results

(copiar os slides do começo)

Why - INTRODUÇÃO

How - METODOS

Discuss - DISCUSSÃO

## 10/11/2022 - Aula 11: Revisão

**SELF-REVISION:**

Não mandar para revisarem antes de fazer uma curação própria, o ideal é escrever tudo e esperar uma semana antes de enviar, para olhar seu texto de uma forma diferente. Ver seu texto como um leitor, e não como quem escreveu.

TYPS:

self-revision doesn´t mean a little polishing;

murder your darlings: self-destruiction and reconstruiction.

Essa revisão deve ser feita com a cabeça de boas, tipo a primeira tarefa do dia (ou a primeira tarefa dificil do dia).

Mudar a fonte etc fica parecendo que é algo diferente do que você escreveu.

REVISION FOR CITATIONS

**FRIENDLY-REVISION:**

Pedir não apenas para o seu orientador mas também para amigos e outras pessoas interessantes (outras pessoas da sua profissão).

Se demorar muito tempo (mais de 1/2 semanas) lembrar de forma cordial.

Como receber esse review? Aceitar que você vai precisar reescrever mesmo se achar que está muito bom.

**FORMAL-REVISION:**

Existem alguns filtros:

O primeiro diz se é suitable ou não para aquele journal.

O segundo diz respeito aos reviewers que vão olhar seu paper e isso pode demorar muito tempo (até anos).

O revisor geralmente é anônimo e geralmente ele quer te ajudar!

RESPONSE TO REVIEWERS: sempre ser muito polite, tem que falar sendo muito muito educado.

PNAS (pesquisar mais sobre)

**FEEDBACK:**

praise makes you feel good, critique makes you feel better

## Minicurso - Redação Científica

### 20/07/2023

Versão completa do curso:

https://redacaocientifica.weebly.com/

#### Fundamentos do método científico

Através de uma observação deve-se definir uma pergunta, uma hipotese e fazer predição. Esse é o começo da roda pra fazer um trabalho de qualidade.

Fato é diferente de interpretação - Na observação é crucial ter segurança que o que estamos vendo é um fato e não uma interpretação.