# *Metabarcoding* para bactérias 🦠 (16S rRNA) e fungos 🍄 (ITS)

## Colaboradores

* :female-scientist::female-technologist: MSc. Kelly J. Hidalgo Martinez
Microbióloga
Doutoranda em Genética e Biologia Molecular
Instituto de Biologia - UNICAMP
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* :male-scientist::male-technologist: Victor Borin Centurion
Biomédico
Doutorando em Genética e Biologia Molecular
Instituto de Biologia - UNICAMP
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* :male-scientist::male-technologist: Dr. Tiago Palladino Delforno
Biólogo
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*Barcodes* ou códigos de barras de DNA 🧬 são sequencias curtas de DNA 🧬, que podem ser utilizadas para identificação de espécies. A seleção destas sequências está baseada na existência de uma distância entre variações intrasespecíficas (dentro de uma mesma espécie) e interespecíficas (entre espécies diferentes), de modo que as primieras variações devem ser menores que as segundas. As *barcodes* mais usados para caracterizar a diversidade de bactérias 🧬 e fungos 🍄 são o gene 16S rRNA e ITS, respeitivamente.

## Gene 16S rRNA
O qué é o gene 16S rRNA?. O ribossomo de organismos procariontes está composto por uma subunidade grande (*LSU - Large Subunit*) ou 50S e uma subunidade pequena (*SSU - Samll Subunit*) ou 30S. Dentro da subunidade 50S se encontram os genes 23S e 5S rRNA. O gene 16S rRNA codifica o componente de RNA da subunidade 30S do ribossomo. Está amplamente presente em todas as espécies bacterianas, as quais podem ter de uma a várias cópias do gene 16S rRNA. Este gene é usado como marcador filogenético graças a suas baixas taixas de evolução (gene conservado). A estrutura do gene 16S rRNA (Ver figura) comprende nove regiões variavéis (V1-V9) e oito regiões conservadas.O tamanho total do gene é de 1542 bp.
Dentro de cada região variável existe uma pequena região hipervariável. As regiões variáveis (cinza) permitem determinar os níveis taxonómicos mais altos (*phylum, class, order, family*) enquanto que com as regiões hipervariáveis (vermelho) é possível determinar os níveis taxonómicos mais baixos (*Genus, species*).


As regiões V3 e V4 são as mais comumente usadas no sequeciamento do gene 16S rRNA. Tem primers amplamente usados para o sequenciamnto de cada região ou regiões.

## ITS (*Internal transcribed spacer*)
O ITS é uma região intergênica do DNA ribossômico de eucariotos. É a região mais sequenciada para identificar taxonomica de fungos 🍄. É uma região não codificante. Tem um grau de variação maior quando comparado com as SSU e LSU.


Está organizada em unidades repetitivas, multiplás cópias ao longo do genoma. Em fungos tem um tamanho entre 400 e 800 bp aproximadamente.

Existem diferentes *primers* para amplificar diferentes regiões do ITS de fungos 🍄. Os mais usados são ITS1 e ITS4 que amplificam o ITS1-5.8S-ITS4 (Ver figura). No entanto sabe-se que estão regiões são melhores para Ascomycetes que para Basidiomycetes (ITS2).


## Referências
* [16S](https://help.ezbiocloud.net/16s-rrna-and-16s-rrna-gene/)
* [ITS](https://mycology.adelaide.edu.au/descriptions/)

**FIM** :sparkle: