# Taller búsqueda de secuencias de reconocimiento de enzimas de restricción. # Bioinformática 2025-2 @Bioingeniería FIAD UABC Ensenada #### Instructor: Dante Alberto Magdaleno Moncayo ## Instrucciones: #### 1. Descargar los archivos fasta del siguiente link: https://drive.google.com/drive/folders/1b_Pdz-2VIU4aD5574keZHnUBQ97sfgRd?usp=sharing #### 2. Instalar bioawk por medio de conda https://anaconda.org/bioconda/bioawk Si surgen problemas con la instalación, también se puede utilizar el siguiente comando: `sudo apt install bioawk` #### 1. Contar el número de nucleótidos del archivo E1.fasta y E2.fasta. #### En el siguiente link encontrarás información para realizar el conteo: https://bioinformaticsworkbook.org/Appendix/Unix/bioawk-basics.html#gsc.tab=0 Número de nucleótidos E1.fasta = 4639675 Número de nucleótidos E2.fasta = 2158963 #### 2. Calcular el % de GC del archivo E1.fasta y E2.fasta. %GC E1.fasta = 50.7897% %GC E2.fasta = 68.0967% #### 3. En su cuaderno, calcular la probabilidad de encontrar las secuencias de reconocimiento de las siguientes enzimas de restricción en los archvios E1.fasta y E2.fasta: * Eco RI 5'GAATTC3' * Eco RV 5'GATATC3' * Bam HI 5'GGATCC3' * Not I 5'GCGGCCGC3' #### 4. Realizar por medio de la terminal un conteo de las veces que se repiten las secuencias de reconocimiento de las enzimas de restricción en los archivos "E1.fasta" y "E2.fasta": * Eco RI 5'GAATTC3' * Eco RV 5'GATATC3' * Bam HI 5'GGATCC3' * Not I 5'GCGGCCGC3' #### En el siguiente link encontrarás información para realizar el conteo: https://bioinformaticsworkbook.org/Appendix/Unix/unix-basics-3grep.html#gsc.tab=0 #### 5. Con los resultados obtenidos del taller, llenar la siguiente tabla y realizar una discusión en equipo. | Genoma | E1 | E2 | | ---------------- | --- | --- | | # de Nucleótidos |4639675 |2158963 | Cálculo teórico | Eco RI GAATTC | 1132 | 527 | | Eco RV GATATC | 1132 | 527 | | Bam HI GGATCC | 1132 | 527 | | Not I GCGGCCGC | 70 | 32 | | Cálculo Terminal | | | | Eco RI | 598 | 13 | | Eco RV | 1860 | 59 | Bam HI | 444 | 526 | | Not I | 21 | 75 #### 6. Exponer los resultados, discusión y conclusión al grupo. ## Fecha límite de entrega: jueves 4 de septiembre a las 10:59 am.