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# System prepended metadata

title: 'Taller: Conteo de k-mers'

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# Taller: Conteo de k-mers


#### Instructor: Dante Alberto Magdaleno Moncayo



Instalar el siguiente software:


Link kmc:
[https://anaconda.org/bioconda/kmc]

https://github.com/refresh-bio/kmc



Datos:
* Link para descargar las secuencias forward: [https://drive.google.com/file/d/19nc-NcEEAnUtZt5lbceVc5uWMaziUH-k/view?usp=sharing]

* Link para descargar las secuencias reverse: [https://drive.google.com/file/d/1tBO6-g_kVEQGu2wY5CUVTyA5fC2SNTC4/view?usp=sharing]

* Link para descargar genoma:[https://drive.google.com/file/d/1Lcv6Po9JhADaY4ol9PGTCPoR3ACcvRdV/view?usp=sharing]

#### Realizar el conteo de k-mers de 21,31,41,51



Ejemplo para correr el programa kmc:

```
kmc -k21 lecturas.fastq resultado.res . > resultado.txt
```
#### Para formato fasta
```
kmc --k21 -fa genome.fasta  21mers.res . > 21resrange.txt
```
#### Con los resultados, llenar la siguiente tabla.



| Muestra           | kmer | # Total de kmers | Conteo de kmers únicos | # de kmers únicos |
| ----------------- | ---- | ---------------- | ---------------------- | ----------------- |
| for_p1.fastq |   9949    |     111965             |       5497                |                   |
|   rev_p2.fastq                |   10255   |      112000            |      5463                  |                   |
| genoma.fasta |     5361    |           5420        |        59                |                   |


#### Realizar el conteo de k-mers en el rango de 31 hasta 131  de los Datos_A.

#### Realizar histogramas de frecuencia e indicar el número de k-mer que presenta mayor diversidad para cada una de las muestras.

| Muestra      | kmer | # Total de kmers | Conteo de kmers únicos | # de kmers únicos |
| ------------ | ---- | ---------------- | ---------------------- | ----------------- |
| muestra1_R1.fastq |  61 |   1326679852 |     164432726          |      364832198    |
| muestra1_R2.fastq |  31 |   1482234904 |     152010025          |      578503739    |
| muestra2_R1.fastq |  31 |   2049924854 |     200708290          |      589701183    |
| muestra2_R2.fastq |  31 |   2041417793 |     175558567          |      922492563    |




#### Realiza la captura de pantalla de cada uno de los comandos que se corrieron en la terminal, colocalos en un archivo PDF y agrega los estadísticos y gráficas.