# Instalación de software 2025-1 ### Instalar de la siguiente forma: En la terminal correr el siguiente comando para generar un ambiente. ***conda create --yes -n var samtools bamtools freebayes bedtools vcflib rtg-tools bcftools matplotlib*** Terminado el proceso de instalación, activar el ambiente de la siguiente forma: ***conda activate var*** Correr para cada programa instalado help, por ejemplo ***rtg --help*** Desactivar el ambiente corriendo en la terminal ***conda deactivate*** ### Instalación de software Prokka En la terminal correr el siguiente comando para generar un ambiente. ***conda create --yes -n prokka prokka*** Terminado el proceso de instalación, activar el ambiente de la siguiente forma: ***conda activate prokka*** Correr ***prokka --help*** para desplegar el menu de ayuda. Desactivar el ambiente corriendo ***conda deactivate*.** Desplegar los ambientes generados con el comando **conda *info --envs*** ## Instalación del visualizador IGV. Correr en la terminal el comando: ***conda install -c bioconda igv*** Cerrar la terminal, volver a abrir la terminal y correr ***igv*** que abrira el programa con interface gráfica. ## Instalación del visualizador UGENE. Descargar la versión adecuada al sistema operativo del siguiente link: http://ugene.net/download-all.html Los programas instalados se utilizarán en la próxima sesión del jueves 16 de mayo, también para la sesión necesitan los resultados obtenidos del ejercicio que se encuentran trabajando esta semana.