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# System prepended metadata

title: 'Ejercicio: Ensamble de genomas por métodos  *De Novo* '

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# Taller: Ensamble de genomas con megahit y a5 pipeline


## Bioinformática @ Bioingeniería FIAD UABC Ensenada 2024-1
#### Instructor: Dante Alberto Magdaleno Moncayo

# Instrucciones:
Este ejercicio los vamos a plantear en un contexto aplicado.

Supongamos que se diagnostica una nueva enfermedad y que de los pacientes infectados se tomaron muestras para realizar la secuenciación e identificar el genoma del patógeno que causa esta nueva enfermedad. Al tomar las muestras vamos a tener DNA del paciente y de los microorganismos que se encuentran en la zona del cuerpo que muestreó, incluyendo al patógeno de interés.

En este ejercicio vamos a suponer que tienen al patógeno aislado y llevan a cabo la secuenciación con el sistema Illumina MiSeq.


En este ejercicio realiza el ensamble *De Novo* con el programa megahit y con pipeline a5, el cual se utilizó en el taller pasado.


## Instalación de software y links:

#### Instalación de ensamblador MEGAHIT
* Link paper MEGAHIT : [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25609793]

En la terminal correr el siguiente comando:

***conda install -c bioconda megahit***



#### Secuencias generadas por el sistema de secuenciación Illumina MiSeq de 300 bases de longitud paired-end para el ensamble *De Novo*.

* Link para descargar las secuencias forward: [https://drive.google.com/file/d/1lXK2An4P7nmtQ5J8nwoeGHcc8sc62Rvr/view?usp=sharing]

* Link para descargar las secuencias reverse: [https://drive.google.com/file/d/1l3fm3guv_3BnWFXZQwSAGXJ92XrNS6Ru/view?usp=sharing]



**Entregables:**
- Número de lecturas R1 y número de lecturas R2.
- Longitud de las lecturas.
- Captura de pantalla de la terminal cuando se esté corriendo el ensamble.
- Número de contigs obtenidos del ensamble. megahit y a5 pipeline
- Longitud de los contigs. megahit y a5 pipeline
- Nombre del organismo al que pertenece el genoma ensamblado con evidencia.


**El contig con mayor longitud se utilizará para el ensamble por referencia en el próximo taller.** 



