# Taller Ensamble por referencia 2025-1

Para realizar el ensamble por referencia es necesario tener instalado y funcionando el siguiente software:
**NOTA:
Se requiere tener Bioconda para comenzar con la instalación.**

## Instalación de software y links:
* Link para ensamblador bowtie2: [http://bioconda.github.io/recipes/bowtie2/README.html]

* Link para paquetería samtools: [https://anaconda.org/bioconda/samtools]

* Link para vizualizador Tablet: [https://anaconda.org/bioconda/tablet]

#### Secuencias generadas por el sistema de secuenciación Illumina MiSeq de 300 bases de longitud paired-end para el ensamble por refrerencia.

* Link para descargar las secuencias forward: [https://drive.google.com/open?id=1aROWsQcKYJs9Z7eZHOQluPx5HFhJYcCi]

* Link para descargar las secuencias reverse: [https://drive.google.com/file/d/1U2bmcTn3VopkYSK0zuE_pP7nCL5rZB-w/view?usp=sharing]
**Entregables:**

% de lecturas sobrevivientes totales:
% de lecturas sobrevivientes en archivo R1:
% de lecturas sobrevivientes en archivo R2:
Gráficas del Quality Scores de los archivos r1 y r2, antes y después de correr trimmomatic.

## Pasos del pipeline para ensamble por referencia:

1.- Indexar el genoma que se usará como referencia con el comando bowtie2-built, el genoma de referencia (el genoma de referencia es el que se obtuvo de la primer parte del taller) y un nombre de salida para el indexado como argumentos, como se muestra enseguida:

***bowtie2-build Genoma_Referencia.fasta referencia***

En el directorio Ensamble_por_referencia deberán generarse 6 archivos con terminación .bt2 que corresponde al indexado como se muestra en la siguiente imagen:


2.- Alineamiento con el comando bowtie2, el nombre del indexado, secuencias forward, reverse y nombre de salida con terminación .sam.

Ejemplo:

***bowtie2 -x referencia -1 ref_reads_R1.fastq -2 ref_reads_R2.fastq -S ensamble.sam***

Al terminal el proceso de alineamiento se genera un archivo llamado ensamble.sam

3.- Cambiar de formato .sam a .bam el archivo ensamble.sam como se muestra enseguida:

***samtools view -bS ensamble.sam > ensamble.bam***

Este comando genera un archivo con nombre ensamble.bam

4.- Ordenar (sort) el alineamiento con el siguiente comando:

***samtools sort ensamble.bam -o ensamble.sorted.bam***

Este comando genera un archivo con nombre ensamble.sorted.bam

5.- Indexar el archivo ensamble.sorted.bam con el siguiente comando:

***samtools index ensamble.sorted.bam***

Este comando genera un archivo con nombre ensamble.sorted.bam.bai

6.- Visualizar el ensamble en la terminal con el siguiente comando:

***samtools tview ensamble.sorted.bam Genoma_Referencia.fasta***

Este comando despliega en la terminal el alineamiento como se muestra en la siguiente imagen:


Para navegar el alineamiento en la terminal puedes utilizar las teclas de flechas o la barra espaciadora, para salir del alineamiento presiona la tecla q.

7.- Visualizar el ensamble por referencia con TABLET viewer.

Link información de TABLET viewer [https://ics.hutton.ac.uk/tablet/]

Entregables:

-Captura de pantalla de lo que despliega la terminal al correr cada uno de los comandos del ensamble por referencia.
-Captura de pantalla del el alineamiento de las lecturas con el genoma de referencia que arroja el programa Tablet.
-Cuántos SNPs se encontraron?