# 110中榮陽交大智慧醫療計畫-Hip-fracture_v5

## 英文名詞
- Pelvic - 骨盆
- abdominal - 腹部的
- osteoporotic - 骨質疏鬆
- Fragility Fractures - 骨質疏鬆性骨折
- osteoporotic hip Fragility Fractures - 骨質疏鬆性髖部骨折

## 髖部骨折 hip fracture


## Meeting

開會時間禮拜4下午三點半

### 2021/9/6
決定開會時間為禮拜4下午三點半，下次開會時間 9/16

### 2021/9/16
沒開會，不知道下次的開會日期

## DICOM Data

### 資料夾架構

以陳主任給的資料為例，20210915 資料夾下總共有 6 個資料夾，分別是:
- 2694887I
- PAT00001
- DICOMDIR
- 2049242G
- 1463746I
- 958032J
- 925399A
- 578165H
- 這些名稱是 `病人的病歷號碼`，這些資料夾底下都有個 PAT00001 資料夾以及一個 DICOMDIR 檔案，此 PAT00001 對應上圖的就是 Patient
- PAT00001 裡頭又有 STD00001、STD00002、...... 資料夾，此 STD 對應上圖的就是 Study而 Patient 底下有可能只有一份 Study，或是多份 Study
- 而 Study 底下又有好幾個 Series 資料夾，每個 Study 的 Series 數可能是不一樣的
- 再來 Series 底下有好幾個名為 IMG00...... 的檔案，這些是 Instance，每個 Series 所擁有的 Instance 數量也不一樣
- 一個 instance 所包含的資訊除了 `拍攝的影像` 外，還有額外的資訊

### [DICOM element keyword](http://dicom.nema.org/medical/dicom/current/output/chtml/part06/chapter_6.html)

#### Some element
- Transfer Syntax
- Photometric Interpretation
- Rescale Slope、Rescale Intercept
- Rows、Columns
- Number of Frames
- Lossy Image Compression
- Pixel Representation
- Pixel Spacing
- 假設 Pixel Spacing 是 (0.12, 0.34)，在校正後的影像中一個 row pixel 的距離代表 0.12 mm
- 
- Imager Pixel Spacing
- 校正前的影像 Row / Column 像素(Pixel)換算 mm 的換算比例
- Spacing Between Slices
- 兩個 Slices 之間的實際距離，和 Pixel Spacing 一樣，只是 Pixel Spacing 是 x、y方向的距離，Spacing Between Slices 是 z 方向的距離
- Slices Thickness

### 陳主任提供的資料

#### 20210915 資料夾有哪些資料?
#### 有哪些種類的 CT 腹部圖?
- 從前往背的 CT 圖 OR 從背往前的 CT 圖
- 
- 側面的 CT 圖
- 
- 從頭往下 CT 圖
- 
- 不知道怎講的圖 ( x 光 ? )
- 依陳主任說的 : 這是在做掃描之前先做的一個簡單影像，用來定位用的，根據這張影像的解剖位置來決定要掃描的範圍
- 
- 總共有 11 個 study
- 總共有 40 個 series ( 40 個拍攝影像 )
- 總共有 2237 個 instances
- 40 個 series 中有 9 個是一張的 x 光 (pilot view)， 31 個 CT 圖
- 所有 instances 的 Transfer Syntax UID 都是 Explicit VR Little Endian
- instance 的 Photometric Interpretation 是 RGB
- 一個 instance 的 pixel_array 的 shape 是 (H x W x C)，值的範圍是 0 ~ 255
- 每個種類的 instance 的 pixel_array 的 H and W 有可能是不一樣的，例如:
- 不同種類的 CT 圖的 H 和 W 是不一樣的，從上面的圖就知道
- 同種類的 CT 圖的 H 和 W 也有可能是不一樣的，如:下圖是同一個病人 2049242G，不同的 study 下同一個種類的 CT 圖，所以應該預期不同 Study 的 CT 圖是不一樣的
- Study 1
- 
- Study 2
- 
- Rescale Slope 是 1
- 沒有 Rescale Intercept 這個 element
- 有些 instance 沒有 Lossy Image Compression 這個 element
- 沒有`性別` ( Patient's Sex )、`年齡` ( Patient's Age ) 資料
- 底下這張是讀取所有資料夾的 DICOMDIR print 出來的
- 依陳主任說的 `有一個病人有二次檢查，一個有五次，剩下都是一次`，可以看到下面 5 個 patient，有一個 patient 有 2 個 study，另一個 patient 有 5 個 study，而其他人都是一個 study
- 依陳主任說的 `每個檢查(study)大多會有1-2 張的 pilot view 序列 (series)`，幾乎每個 study 都有一個 series 包含一個 instance，那個就是 pilot view，可以看到，有一個 study 底下沒有 pilot view
- 
- Slice Thickness 不是 5 的
- 958032J/PAT00001/STD00001/SER00001/IMG00001
- 2049242G/PAT00001/STD00001/SER00001/IMG00001
- 2049242G/PAT00001/STD00002/SER00001、2、3 的 所有 IMG
- 1463746I/PAT00001/STD00001/SER00001/IMG00001
- 1463746I/PAT00001/STD00002/SER00001/IMG00001
- 1463746I/PAT00001/STD00003/SER00001、2、3 的 所有 IMG
- 1463746I/PAT00001/STD00004/SER00001 的 所有 IMG
- 1463746I/PAT00001/STD00005/SER00001、2 的 所有 IMG
- 2694887I/PAT00001/STD00001/SER00001/IMG00001
- 578165H/PAT00001/STD00001/SER00002、3 的 所有 IMG
- 925399A/PAT00001/STD00001/SER00001、2、3、4 的 所有 IMG
- Row 不是 512 的
- 958032J/PAT00001/STD00001/SER00001/IMG00001
- 958032J/PAT00001/STD00001/SER00005、6 的 所有 IMG
- 2049242G/PAT00001/STD00001/SER00001/IMG00001
- 2049242G/PAT00001/STD00001/SER00003 的 所有 IMG
- 1463746I/PAT00001/STD00001/SER00004 的 所有 IMG
- 1463746I/PAT00001/STD00002/SER00003、4 的 所有 IMG
- 1463746I/PAT00001/STD00004/SER00001/IMG00001
- 2694887I/PAT00001/STD00001/SER00001、3 的 所有 IMG
- 925399A/PAT00001/STD00001/SER00001/IMG00001
- 925399A/PAT00001/STD00001/SER00005、6 的 所有 IMG
- Column 不是 512 的
- 958032J/PAT00001/STD00001/SER00005、6 的 所有 IMG
- 2049242G/PAT00001/STD00001/SER00003 的 所有 IMG
- 1463746I/PAT00001/STD00001/SER00004 的 所有 IMG
- 1463746I/PAT00001/STD00002/SER00003、4 的 所有 IMG
- 2694887I/PAT00001/STD00001/SER00003 的 所有 IMG
- 925399A/PAT00001/STD00001/SER00005、6 的 所有 IMG

### 問題
1.
2. 不同的 series 的影像大小 ( Row and Column ) 會不一樣，例:`從背往前` 和 `從頭往下` 的 CT 圖的影像大小不一樣，要怎麼設計模型?
3. 一次是輸入一張 instance 的圖片還是一個 series 的所有 instances?
4. 不同 series 的 Slice Thickness 有可能不一樣，會有問題嗎?
5. 不同 series 的切片數量 ( instance 數量 ) 也不一樣
6. 有些從頭往下 CT 圖沒有拍到骨盆是需要的嗎? 例: 925399A 有兩個從頭往下沒有拍到骨盆的 CT 圖
7. 也有拍攝範圍太小沒有拍到骨盆的 CT 圖，例: 925399A
- 
8. 雖然有側面 CT 圖但不是每個 patient 都有，也要做為 training data?
9. 有期望 model 的運算時間嗎?